益州把公孙述留下的盲人乐师、祭祀用的乐器、装饰华丽的车子都送到了京师，皇家的礼乐仪式用品这下才算齐全。现在仗不打了，国家要处理的事儿也少了，公文往来和征调劳役能省就省，比以前减少了十分之九。
接下来，刘秀就任命冀州牧窦融做大司空。窦融觉得自己不像那些很早就追随刘秀打天下的老臣，现在突然进入朝廷，官职还在众多功臣之上，心里就很不踏实。所以每次被刘秀召见时，他的态度都特别恭敬，说话也小心翼翼的，生怕有一点不妥之处，而刘秀反而因此对他越发亲近优待。
窦融这人做事一贯小心谨慎，长时间处于高位，心里总是七上八下的。他好几次向刘秀提出辞去官职爵位，还上奏章说：“我窦融有个儿子，我每天都督促他学习儒家经典，从不让他去研究天文知识，也不让他读那些谶纬预言的书。我就盼着他能老老实实、规规矩矩的，本本分分走正道，压根不指望他有啥特别出众的才能，更没想过让他继承我的封地，享受诸侯王那样的待遇。”之后，窦融还想找机会单独面见刘秀，当面再提辞职的事儿，可刘秀一直没答应。
有一次朝会结束，别人都走了，窦融却留在原地磨磨蹭蹭的不想走。刘秀一看就明白他还是想辞职，这次没等他开口，刘秀就示意身边的侍从把他“请”出去了。过了几天，两人再次见面，刘秀直接就对窦融说：“前几天我就知道你想辞官、还封地，所以故意让你趁着天热好好休息休息。今天咱们见面，就聊点别的，辞职这事儿以后你就别提了。”窦融听刘秀都把话说到这份上了，也就不敢再提辞职的事儿了。
公元38年的夏季，邛谷王任贵派遣使者呈上三年的计簿，随即他就被任命为越巂太守。
在这一年的秋天，会稽地区突然被一场可怕的瘟疫所笼罩。这场瘟疫来势汹汹，而且迅速蔓延，给当地的居民带来了巨大的灾难和痛苦。人们惊恐地发现，身边的亲朋好友纷纷病倒，症状严重且相似，许多人因此失去了生命。
莎车王贤和鄯善王安派使者到汉朝进贡。西域各个国家被匈奴征收的赋税压得喘不过气，日子过得特别艰难，所以都想归附汉朝，他们还请求汉朝重新设置都护府来管理西域。但刘秀觉得中原地区刚刚安定下来，目前还顾不上西域那边，所以就没答应他们的请求。
这时，太中大夫梁统给刘秀上书说：“我仔细研究发现，汉元帝初元五年的时候，国家减少了三十四项死刑罪名；汉哀帝建平元年时，又减少了八十一项死刑罪名，其中有四十二项涉及亲手杀人的，把死刑减为了次一等的刑罚。从那以后，这些就成了惯例，结果导致老百姓不把犯法当回事，官吏有时也随随便便的就杀人。我听说治理国家，要以仁义为本，仁就是爱护百姓，义就是匡正事理。爱护百姓就要铲除残暴的人，匡正事理就要消除混乱的局面，刑罚的轻重一定要合适，不能太宽松。当年汉高祖顺应天命，制定的法律就很恰当；汉文帝只废除了肉刑和连坐法，其他的基本都沿用旧制。等到汉哀帝、汉平帝即位时，他们在位时间不长，处理的案子也少。丞相王嘉却随随便便修改法律，从而破坏了先帝定下的规矩，短短几年时间就改了一百多项，有些改得既不合道理，又让百姓不满意。现在我把其中那些对国家制度危害最大的部分，都附在了奏章后面。希望陛下能下令让相关部门，仔细研究筛选出合理的部分，制定成不能轻易改动的法典。”随后，刘秀就把这事交给公卿大臣们去讨论。
光禄勋杜林也上奏说：“汉朝刚建立的时候，废除了秦朝那些严苛的法令，因此天下百姓都特别高兴。可是后来，法律却越来越繁琐。就连送点水果、桃子、蔬菜这样的小事，都能被当成贪污受贿，一些本来没什么大危害的小事，却要受到重罚。结果搞得法律根本管不住人，朝廷发布的命令也没人听，官员上下互相推卸责任，问题是越来越严重了。我觉得现在应该恢复以前的旧制度，别轻易改动。”
梁统又一次上奏说：“我提这些建议，可不是主张用严刑峻法。《经》书上说：‘治理百姓，刑罚要适中。’适中的意思，就是既不能太重，也不能太轻。从汉高祖到汉宣帝的时候，天下治理得很好；可到了初元、建平年间，盗贼却越来越多，就是因为刑罚不合适，让那些心存侥幸的人觉得犯法成本低，所以才敢轻易去犯罪。这么看来，刑罚太轻反而会带来大麻烦，这就是在纵容坏人，却害苦了老实的老百姓啊！”但梁统的这些建议，最后还是被搁置在一边，刘秀也没给出明确的答复。
公元39年的春天正月，大司徒韩歆被罢官。韩歆这人性格直爽，说话直来直去，想到啥就说啥，就连刘秀有时候都受不了他这么直白的说话方式。有一次，韩歆当着刘秀的面预测会发生饥荒和灾祸，说得特别激动，又是指天又是画地的，结果就被罢官，最后被打发回了老家。可刘秀还是气不过，就又派使者去责问他，韩歆和儿子韩婴受不了，就自杀了。韩歆向来很有名望，他又没犯啥大罪，就因为说话直落得这个下场，很多人都为他感到不值。刘秀后来也有点后悔，就给他追赐了钱粮，还按礼节安葬了他。
司马光说：以前商王武丁对傅说说过，“药要是喝了不觉得晕乎乎，病就好不了”。说实话、提意见虽然对臣子来说可能有危险，但对国家是有好处的。所以君主应该日夜盼着臣子说实话，就怕听不到。可惜在刘秀当皇帝的时候，韩歆因为直言进谏丢了性命，这难道不是刘秀英明统治下的一个污点吗？
过了几天，天上出现了彗星，位置在昴宿附近。之后，刘秀就任命汝南太守欧阳歙为大司徒。
那时候的匈奴越来越嚣张，经常来骚扰边境，地方上的州郡根本拦不住。到了二月，刘秀就派吴汉带着马成、马武等人北上攻打匈奴，还把雁门、代郡、上谷这几个地方的六万多百姓，迁到了居庸关、常山关以东的地区，免得他们再被匈奴欺负。这么一来，匈奴左部又趁机跑到塞内来了，朝廷对此也是特别头疼，只好在边境增加兵力，每个据点都驻扎着几千人。
到了夏天四月，刘秀就开始封自己的儿子们当公爵，刘辅为右翊公，刘英为楚公，刘阳为东海公，刘康为济南公，刘苍为东平公，刘延为淮阳公，刘荆为山阳公，刘衡为临淮公，刘焉为左翊公，刘京为琅邪公。完事后，刘秀又追谥自己的哥哥刘演为齐武公，刘仲为鲁哀公。刘秀心里一直惦记着刘演没完成的事业，所以就把刘演的两个儿子刘章和刘兴当亲儿子养，还特别疼爱他们。因为刘章和刘兴年纪轻轻就身份显贵，刘秀想让他们多锻炼锻炼，就安排刘章去当平阴县令，刘兴去当缑氏县令。后来，刘章升官做了梁郡太守，刘兴做了弘农太守。
这时的刘秀发现各地报上来的开垦土地数量好多都是虚假的，人口数量和年龄也不符合实际情况，于是就下令让各州郡重新核查。结果刺史和太守们不少都在糊弄事儿，他们借着丈量土地的由头，把老百姓都赶到田地里，就连人家的房子、村子都要量，老百姓被逼得在路上哭喊。还有的官员专门帮着当地的豪强，欺负普通老百姓。当时各郡派使者到朝廷汇报核查的情况，刘秀看到陈留郡的奏章上写着一句奇怪的话：“颍川、弘农可以查问，河南、南阳不可查问。”刘秀就问陈留来的官吏这话是啥意思，那官吏却是死活不承认，还撒谎说是在长奉街上捡来的。这可把刘秀气得不行。就在这时候，年仅十二岁的东海公刘阳在帘子后面说：“这肯定是官吏按郡守的意思写的，想在丈量土地的时候偏袒某些人。”刘秀又问：“那为啥说河南、南阳不能查问呢？”刘阳回答说：“因为河南是京城，有很多皇帝身边的近臣；南阳是皇帝老家，有很多皇亲国戚，他们的田地和房子肯定超标了，所以就不能按他们的标准来查。”随后，刘秀就让虎贲将去审问那个官吏，结果真跟刘阳说的一样。从这以后，刘秀就更喜欢刘阳了。接着，刘秀又派使者去彻查那些在丈量土地时徇私枉法的地方官员。
冬天十一月，大司徒欧阳歙出事了。原来他之前当汝南太守的时候，丈量土地弄虚作假，还贪污了一千多万钱，结果就被关进了监狱。欧阳歙家里世代传授《尚书》，其中八代人都做过博士，他的学生们有一千多人守在宫门外，都为他求情，还有人剃光头发表示自己的悲痛。平原人礼震才十七岁，甚至提出愿意替欧阳歙去死的话。可是刘秀最后还是没赦免欧阳歙，最后他死在了监狱里。
本年十二月，刘秀又任命关内侯戴涉为大司徒。此时的卢芳从匈奴那边又跑回高柳住下了。这一年，骠骑大将军杜茂因为纵容手下军吏杀人，结果被罢了官。刘秀就让扬武将军马成接替杜茂的职位，让他负责修缮边防工事，每隔十里就设一个哨所，以此来防备匈奴。还派骑都尉张堪接管杜茂的军队，张堪在高柳把匈奴打得大败而逃。刘秀就任命张堪为渔阳太守。张堪在任八年，把匈奴打得不敢靠近边境，还鼓励老百姓种地，让渔阳变得富裕起来。当地百姓都编了歌谣夸他：“桑树没有多余的枝条，麦穗长出两穗。张君治理渔阳，百姓乐不可支！”
这一年，安平侯盖延也去世了。在交趾麊泠县，有个叫征侧的女子，是雒将出身，打仗特别勇猛。交趾太守苏定就按法律惩治她，征侧心里就特别怨恨，后面估计要出事儿。至于她会不会干出一些惊天地泣鬼神的事，咱们后面再说。