到了辛未这天，刘秀下了一道诏书，封更始帝做淮阳王，还说不管是谁，要是敢伤害更始帝的，就按大逆不道罪处理；要是把更始帝送到官府的，就封为列侯。
早先有个宛城人叫卓茂，为人特别宽厚仁爱，喜欢过悠闲自在的日子，为人也很实在，做事也不极端。从年轻到年老，跟谁都没红过脸吵过架，就算是老乡、老相识里那些跟他性格不同的人，也都很喜欢他。在汉哀帝、汉平帝那时候，卓茂担任密县县令，他对待百姓就像对自己的孩子一样，他经常鼓励大家做好事，又从来不说狠话，所以县里的官吏和百姓都很爱戴他，不忍心骗他。有一回，有百姓来告状，说村里的亭长收了他们送的米和肉。卓茂就问：“亭长是跟你强要的，还是你有事求他他才收的，还是平时关系好你自愿送的？”百姓说：“是平时送着玩的。”卓茂就说：“你自愿送，人家收了，这有啥好说的？”百姓说：“我听说好的君主，能让百姓不怕官吏，官吏也不跟百姓要东西。我是怕他，才送的；他收了，我就得来告诉您。”卓茂说：“你这想法不对啊！大家之所以能聚在一起过日子不乱套，就是因为我们跟禽兽不一样，我们是懂仁爱、讲礼义的，而且知道互相尊重。如果你自己不想学好，难道还能飞到天上去、跑到深山里，不在人间待了？当然，官吏也不该仗着权势硬要东西。这个亭长平时是个好官，逢年过节送点东西，这是人情往来。”百姓又问：“要是这样的话，那法律为啥还禁止呢？”卓茂却笑着说：“法律是定大规矩的，礼是顺着人情来的。我跟你讲礼，你不会有怨言；要是按法律治你，你可就麻烦大了！就说咱们这一件事，往小了说是教育你，往大了说能判你死罪。你回去好好想想吧。”卓茂刚到密县当县令的时候，推行了一些新做法，县里的官吏和百姓都笑话他，邻城的人听说了也笑他没本事。河南郡还专门给他派了个代理县令；但卓茂不在乎，该咋干还咋干。等过了几年，他把密县治理得特别好，路上有人掉了东西都没人捡；后来他升官做京部丞，密县的男女老少都哭着送他。等到王莽把持朝政的时候，卓茂就因为生病辞官回家了。等到刘秀当上皇帝后，第一个就打听卓茂的下落，那时候卓茂已经七十多岁了。甲申日，刘秀就下诏书说：“名声天下第一的人，就该享受天下最重的奖赏。现在任命卓茂为太傅，封他为褒德侯。”
司马光说：孔子说“推举善良的人并教导能力不足的人，人们就会相互勉励”。所以舜推举皋陶，汤推举伊尹，那些不仁义的人就远离了，这都是因为有德行的缘故。刘秀刚当上皇帝的时候，各路英雄相互争斗，天下一片混乱，那些能攻破坚固城池、擅长权谋诡辩的人，正被世人所看重。但刘秀却偏偏选拔忠厚的大臣，表彰奉公守法的官吏，把他们从民间提拔上来，甚至让他们位居百官之首。也正因为如此，刘秀才能恢复汉朝天下，国运长久，这是因为他懂得治理国家的首要任务，抓住了根本。
刘秀的将领们围攻洛阳都好几个月了，但是朱鲔坚守城池，就是不投降。刘秀因为廷尉岑彭以前曾是朱鲔的下属，就派岑彭去劝降朱鲔。朱鲔站在城墙上，岑彭在城墙下，跟朱鲔分析当下形势，说投降才有出路。朱鲔说：“大司徒刘演被杀的时候，我参与了谋划，还劝更始帝不要派萧王去北伐，我心里清楚自己有多大的罪，所以不敢投降！”岑彭回去后，就把朱鲔的话一五一十地告诉了刘秀。刘秀说：“干大事的人不会计较小小的恩怨，朱鲔要是现在投降，他不仅能保住他的官爵，更不会受到惩罚！我对着河水发誓，绝不食言！”岑彭又回去把刘秀的话告诉了朱鲔，朱鲔就从城上放下了一根绳索，还说：“你要是说话算数，就顺着绳子爬上来。”岑彭立刻就抓住绳子往上爬，朱鲔看到他的诚意，就答应投降了。到了辛卯日，朱鲔就把自己绑起来，跟着岑彭来到河阳面见刘秀。刘秀则是亲自解开了他的绳索，并召见了他，之后又让岑彭连夜把朱鲔送回洛阳城。第二天一早，朱鲔就和苏茂等人带着全部人马出城投降了。刘秀就封朱鲔为平狄将军，扶沟侯；后来朱鲔还做了少府，他的爵位世代相传。随后，刘秀就派侍御史杜诗去安抚洛阳的军民。将军萧广纵容手下士兵胡作非为，杜诗劝告他也不听，杜诗就直接把萧广给杀了。杜诗回去后，就把事情的经过给刘秀做了汇报。刘秀召见杜诗，还赏赐了他棨戟（一种表示地位的仪仗器具），又提拔重用了他。
这年冬天十月，刘秀的车驾进入洛阳，住在南宫，并把洛阳定为都城。
这时赤眉军发出通告说：“刘玄要是投降，就封他做长沙王；等到过了二十天，我们就不再接受投降了。”看到通告的刘玄就派刘恭去请求投降，赤眉军就派将领谢禄去接刘玄。刘玄跟着谢禄，光着上身，并把玉玺和绶带献给了刘盆子。随后，赤眉军就让刘玄坐在院子里等着；刘恭和谢禄为他求情，一开始没成功，刘玄就被拉了出去。这时刘恭追着喊：“我真的尽力救他了，请让我先死吧！”说完拔剑就要自杀。樊崇等人赶忙拦住救他。最后赤眉军赦免了刘玄，封他为畏威侯。刘恭又再三坚持，最终刘玄被封为长沙王。此后，刘玄就一直住在谢禄那里，刘恭也一直在保护他。
这时的刘盆子住在长乐宫，三辅地区的郡县和军营长官都派使者来进贡，他们的士兵们经常干一些抢劫的事，还多次掠夺官吏和百姓的财物，因此各地都再次固守城池。百姓也不知道要归附谁，他们听说邓禹乘胜攻克了敌军而且军纪严明，所以大家都带着家人去迎接他的军队，投降的人数每天数以千计，号称百万。邓禹每到一处，就停车拄节慰劳百姓，老人和小孩，垂发和白发的人都挤到了他的车下，百姓没有一个不感动喜悦的，于是邓禹的名声就在关西地区传播了出去。这时众将领和豪杰都劝邓禹直接攻打长安，邓禹却说：“不行，现在我们的人虽然多，但是能战斗的少，前方也没有足够的粮草储备，后方又没有转运的物资；赤眉军才刚刚攻下长安，财物和粮食也十分充足，他们的锋芒不可抵挡。盗贼们又聚集在一起，但是他们没有长远的计划，财物和粮食虽然多，但变化多端，怎么可能长久坚守呢！如今的上郡、北地、安定三郡，土地广阔，人口稀少，而且粮食丰富，牲畜多，我们就暂且在北道休整军队，就地取粮养兵，然后慢慢观察他们的破绽，这样才能图谋长安。”于是就带领军队向北到了栒邑，所到之处，各营堡和郡县都开门归附。
这时的刘秀派岑彭前去攻打荆州的群贼，很快就攻下了犨、叶等十多座城池。到了十一月，刘秀就到了怀县。随后，梁王刘永在睢阳称帝。
到了十二月，刘秀才回到洛阳。
三辅地区的老百姓被赤眉军欺负惨了，心里都很同情更始帝刘玄，就想着偷偷把他救出来。可张卬这些人知道后就特别担心，于是就指使谢禄把刘玄给勒死了。刘恭则在夜里偷偷去把刘玄的尸体收殓了起来。刘秀知道后，就下令让邓禹把刘玄葬在了霸陵。中郎将赵熹是宛城人，他打算出武关，但是在路上碰到了刘玄的亲属，这些人当时衣衫褴褛、又饿又累，赵熹就把自己的钱财和粮食都拿出来给他们，还一路护送。宛王刘赐听说后，直接把这些人接回了家乡安顿。
再说隗嚣逃回天水后，又重新召集起自己的人马，恢复了以前的势力，还自称是西州上将军。因此，三辅地区那些为了躲避战乱的士大夫都来投奔隗嚣。隗嚣则是亲自接待他们，和这些人以朋友相称。他还请平陵的范逡做自己的师友，让之前的凉州刺史郑兴当祭酒，申屠刚、杜林负责文书工作，又任命马援为绥德将军，杨广、王遵等人为大将军，班彪等人为宾客。这么一来，隗嚣在西州名声大噪，就连东边的人都听说了他。马援年轻的时候，因为家里经济不宽裕，就跟哥哥马况说想去边郡种地放牧。马况就对他说：“你是大器晚成的人，好工匠不会把没做完的东西拿给人看，你就按自己的想法去做吧。”于是马援就去了北地种田放牧。他放牧时常对身边的人说：“大丈夫立了志向，越是穷困越要坚定，年纪越大越要做出一番大事业。”后来他有了几千头牲畜、几万斛粮食，却感慨道：“大丈夫积攒财富，重要的是能用来帮助别人，不然就跟守财奴没两样！”于是就把财产都分给了亲友。他听说隗嚣喜欢结交有才能的人，于是就去投奔了隗嚣，隗嚣也特别看重他，经常和他一起商量大事。
早在王莽那会儿，平陵的窦融家族好几代人都在河西做官，窦融对当地风土人情特别了解。他和刘玄手下的右大司马赵萌关系很好，就私下里对兄弟们说：“现在天下局势不明朗，河西这个地方物产丰富，背靠黄河，地势险要，张掖属国还有上万精锐骑兵。国家一旦出了事，我们只要守住黄河渡口，完全就能自保，这是个能让家族延续下去的好地方！”于是他就通过赵萌申请去河西任职。赵萌向刘玄推荐了窦融，刘玄就任命窦融为张掖属国都尉。窦融到任后，就和当地的豪杰交朋友，同时安抚羌人，因此大家都很喜欢他。当时的酒泉太守梁统、金城太守库钧等都是当地有才能的官员，而窦融和他们的关系都不错。等到刘玄政权垮台后，窦融就和梁统他们商量说：“现在天下大乱，我们也不知道该投靠谁。河西夹在羌人和胡人中间，要是不团结起来就没法自保，但大家权力都差不多，又没个领头的，我们得选个人来当大将军，一起守住河西五郡，再看看天下局势怎么变吧。”大家商量好了要推选带头人，可都互相谦让。要是按资历本该梁统当这个领头人，但是他坚决推辞，最后大家就推举窦融暂代河西五郡大将军一职。武威太守马期、张掖太守任仲因为没什么势力，窦融就给他们写了封信说明情况，这两人马上就交出官印走了。之后窦融又任命梁统为武威太守，其他人也分别担任了其他几个郡的太守。窦融自己继续留在属国当都尉，他还设置了从事这个职位，让他负责监督五个郡的官吏。河西民风淳朴，窦融他们管理也宽松，因此上下和睦，百姓生活安稳。他们一边整顿军队、加强训练，一边设置烽火台传递信号。要是有羌人、胡人侵犯边境，窦融就亲自带兵前去救援，每次都能按计划打败敌人。慢慢地，羌人和胡人都被打服了，内地很多为了躲避灾荒的百姓也纷纷来投奔。
王莽在位的时候，老百姓都非常怀念汉朝。安定三水的卢芳住在左谷中，他谎称自己是汉武帝的曾孙刘文伯，还说“曾祖母是匈奴浑邪王的姐姐”，他用这套说辞在安定地区骗了不少人。王莽统治快结束的时候，他和三水属国的羌人、胡人一起起兵。等刘玄到长安后，就把卢芳召来任命为骑都尉，让他镇守安定西边。等刘玄失败后，三水的豪杰们就推举卢芳当上将军、西平王，还派使者和西羌、匈奴联姻结盟。这时的匈奴单于觉得：“如今汉朝已经没了，刘氏后人又来投靠，我也应该像当年扶持呼韩邪那样，立他当皇帝，以后好让他听我的。”于是就派句林王带了几千骑兵把卢芳兄弟接到匈奴，还立卢芳为汉朝皇帝，又任命卢芳的弟弟卢程为中郎将，带着匈奴骑兵回到安定。
这时的刘秀觉得关中还没平定，邓禹却一直按兵不动，就下诏书责备他说：“你就像尧一样贤能，那些贼人就像桀一样邪恶。长安的百姓现在没个依靠，你应该赶紧进兵，安抚那里的百姓，好稳住他们的心。”但邓禹还是坚持自己的想法，先去攻打上郡的各个县城，征集粮草后回到大要。积弩将军冯愔和车骑将军宗歆驻守在栒邑，这两人却因为争权夺利打起来了，冯愔一怒之下杀了宗歆，还带兵攻打邓禹。邓禹就派使者向刘秀汇报这件事。刘秀问使者：“你知道冯愔最信任谁吗？”使者回答：“冯将军最信任的人是护军黄防。”刘秀就推测冯愔和黄防早晚会闹掰，所以就对邓禹说：“最后抓住冯愔的肯定是黄防。”于是就派尚书宗广拿着符节去劝降。一个多月后，黄防果然抓住了冯愔，带着手下来向宗广认罪。刘玄的旧将王匡、胡殷、成丹等人也都投降了宗广，宗广就带着他们向东走。等走到安邑的时候，这些人想逃跑，可是已经来不及了，最终宗广就把他们全杀了。当初，冯愔叛乱的时候，他先是带兵往西攻打天水，隗嚣就出兵迎战，结果在高平就把冯愔打得大败，还缴获了他所有的物资。邓禹就按照刘秀的意思，派使者任命隗嚣为西州大将军，还让他全权管理凉州和朔方的事务。
到了腊日那天，赤眉军就举办宴会庆祝，可是酒还没端上来呢，大臣们就开始吵架斗殴。士兵们也趁机翻墙冲进皇宫，开始抢酒抢肉，还互相砍杀。卫尉诸葛穉听说后，就赶紧带兵进宫，杀了一百多人才把局面控制住。刘盆子就被吓得天天哭，身边的人都很同情他。
这时的刘秀派宗正刘延去攻打天井关，刘延和天井关守将田邑打了十多仗，但一直没能攻下来。等到刘玄政权倒台后，田邑就派使者向刘秀投降，刘秀马上任命他当上党太守。刘秀又派谏议大夫储大伯拿着符节去征召鲍永，但是鲍永不知道刘玄是死是活，心里就直犯嘀咕，不仅不服从命令，还把储大伯给扣了下来，随后又派人快马加鞭去长安打听消息，这一打听可把他吓得一哆嗦。
刘秀拿下天井关之后，就想起了自己的媳妇阴丽华。当年，刘秀还在更始帝手下做事时，有次军队驻扎在宛城，刘秀就娶了新野阴氏的女儿阴丽华。这一年，刘秀派使者把阴丽华和自己的姐姐湖阳公主、妹妹宁平公主接到洛阳，还封阴丽华为贵人。因为更始帝封的西平王李通之前娶了宁平公主，刘秀就把李通召来任命为卫尉。
想当初，更始帝在位的时候，就任命王闳为琅邪太守，但是张步却占据了琅邪郡城，不让王闳上任。王闳就想劝张步投降，好不容易才拿下了赣榆等六个县，等他整顿军队后，就和张步来了一场男人之间的较量，但是他没打过张步。而张步在接受了刘永封的官职后，就在剧县整顿军队，还派了将领去攻打泰山、东莱等郡，最终全都打下来了。王闳见自己打不过张步，只好去见他。可是张步却摆开阵势迎接王闳，还生气地说：“我到底犯了什么错，你之前要这么狠地打我！”王闳手按剑柄说：“我是奉朝廷的命令来的，你却带兵抵抗，我打的是贼人，怎么能叫狠呢！”张步听了就赶紧起身道歉，还设宴款待了王闳，更是把他奉为上宾，还让王闳管理琅邪郡的事务。