公元25年的春季正月，方望和安陵人弓林拥立前定安公刘婴当皇帝，他们聚集了数千人，又占据了临泾做根据地，想要图谋天下。不幸的是，更始帝刘玄直接派了丞相李松带兵前去讨伐，很快就杀死了他们，他们谋取天下的计划直接就被扼杀在了摇篮里。
就在更始帝杀死方望等人时，邓禹的军队已经来到了箕关，趁势就打败了河东郡都尉的军队，又进军包围了安邑县。
此时，赤眉军的两支队伍在弘农顺利会师。刘玄慌乱之中就派了讨难将军苏茂前去抵挡，结果苏茂的军队被打败。打败了更始帝的军队后，赤眉军就开始加大了集结力度，把部队分为了三十个营，每个营有一万人。到了三月，刘玄又派丞相李松去攻打赤眉军，结果李松又被打败，这次死了三万多人，于是赤眉军就向北进发，一直到了湖城。
就在赤眉军和刘玄的军队打的焦灼的时候，蜀郡功曹李熊就劝说蜀王公孙述称帝。到了夏季四月，公孙述就在成都正式称帝，号称“成家”，把改年号为“龙兴”。公孙述称帝后，就开始给大臣们加官进爵了，他首先任命李熊为大司徒，又任命弟弟公孙光为大司马，接着任命公孙恢为大司空。看到公孙述称帝后，越人任献就献郡投降了成家政权。
这时的萧王刘秀则是率军向北进发，他先在元氏攻打尤来、大枪、五幡等几支贼寇军队，把他们一直追到了北平，又在顺水河的北岸同贼军交战。由于刘秀乘胜率军冒进，结果被贼军打败。刘秀走投无路就跳下了悬崖，最后还是骑兵突击队的王丰把自己的战马给了刘秀，刘秀这才捡了一条命。刘秀逃跑之后，剩余的残兵败将就退到了范阳据城自守。可这时的士兵们没看到刘秀，心里就很慌，有人就说刘秀已经被杀，这把军中的将领们也整的不知该如何是好。眼看大家被慌乱情绪所围困，吴汉就站出来说：“大家冷静！萧王的儿子就在南阳，我们何愁没有主君！”对此大家还是感到恐慌，直到几天后才安定下来。贼军虽然战胜了刘秀，但依旧害怕刘秀的威名，于是就连夜撤走了。贼军撤走之后，刘秀的军队就再次出发，一直到了安次，然后就发起了猛烈的进攻，贼军直接被打的抱头鼠窜。贼军被打败之后，就撤到了渔阳郡，但他们所到之处，就大肆掳掠百姓。想到贼军的种种恶行，强弩将军陈俊就向刘秀提建议说：“如今的贼寇没有辎重，我们应该派轻骑兵赶到贼寇的前面去，并让沿途的百姓各自坚壁清野，以断绝贼寇的粮食。这样我们都不用动手，贼寇自己就会消灭。”刘秀很认同他的话，于是就派陈俊率轻骑兵飞奔赶到贼军的前面，对那些坚固完整的壁垒，就下令固守；对那些分散在郊野的，则趁机掠取到手。等到贼寇到达之后，发现啥都没有，加上没吃的，贼军就开始溃散了。这时，刘秀对陈俊说：“如今能使这群贼寇陷入困境，全靠将军您的策略呀。”
刘秀这边刚打了胜仗，冯异就给更始将领舞阳王李轶写了封信，给他分析了更始朝如今面临的困境，就劝他归附刘秀。李轶也知道长安已经很危险了，但是因为刘演的死心里感到不安，于是就给冯异回信说：“我刚开始是和刘秀合谋准备兴复汉室，现在我镇守洛阳，你镇守孟津，这两地都是战略要地。这是千载难逢的良机，要是你我二人同心协力，定可成就大事，现在烦请你转达萧王，我甘愿鞍前马后，帮助他定国安民。”而李轶自从和冯异互通书信之后，便不再同冯异交战了，因此冯异才能够向北进攻天井关，攻取上党地区的两个城，又向南攻取河南成皋以东的十三个县，收编了十多万的降卒。这时更始朝将领武勃就率领一万多人去攻打叛军，冯异就和武勃在士乡交战，结果打败了武勃军，又斩杀了武勃。李轶则是紧闭城门，直接不予救助。冯异看到自己劝降的书信奏效了，就把事情一五一十地向刘秀做了汇报。可是刘秀回复冯异说：“李轶这人诡诈多端，一般人不知道他到底是怎么想的，现在你把他给你的信全部转送给各郡太守和都尉。”对于刘秀的操作，大家都感到很奇怪。更始朝将领朱鲔听说了这件事情后，就派人刺杀了李轶。这样一来，洛阳城中的军民离心离德，有不少人直接投降了刘秀。
朱鲔在得知刘秀大军北征而河内势单力薄之后，就派部将苏茂、贾强带着三万多人渡过巩河，前去进攻温县。朱鲔则亲自带着数万人进攻平阴，以此来牵制冯异的军队。当温县受到进攻的文书传到河内后，寇恂就集结军队火速出发，并传令下属各县发兵到温县城下会师。可这时的军吏们全都劝阻说：“眼下洛阳城内的大军渡过巩河，军队长的一眼望不到头，我们应该等到各县军队聚集后，在出兵迎战。”寇恂却说：“温县是本郡的屏障，如果温县陷落，那么郡城就守不住了。”于是率军前去迎敌。到了第二天，寇恂就和敌军进行交战，而此时冯异派出的救兵和各县的军队刚好赶到。寇恂就命士兵在城上呐喊，大声呼叫：“刘公大军来了！”苏茂的部队听到后，就发生了骚动。寇恂就乘势进攻，最终大破敌军。冯异也率军渡过巩河袭击朱鲔的军队，结果朱鲔战败逃走。冯异和寇恂一直追到洛阳，沿着洛阳城转了一圈才返回。从此洛阳全城震恐，就连白天也紧闭城门。
随后，冯异和寇恂就向刘秀发去了战报，将领们也都进帐祝贺，众人就乘机请求刘秀称帝。将军南阳人马武首先说：“大王您虽然总是谦恭退让，但国家宗庙社稷又能托付给谁呢？您应该先称帝，然后再讨论征讨的事。像现在名号未正，我们就东闯西杀的，到底谁是贼呢？”刘秀感到很吃惊，赶忙说：“将军怎么说出这种话来？这都够杀头的罪了！”于是就率军返回蓟县，随后又派了吴汉率领耿、景丹等十三位将军追击尤来等贼军，共斩首一万三千多人，最后一直追到浚靡县才返回。此时的贼军散入辽西、辽东，结果又被乌桓、貊人进行抢掠击杀，贼军几乎死光了。都护将军贾复同五校的贼军在真定进行交战，结果贾复身受重伤。听到消息的刘秀大吃一惊，说：“我之所以不让贾复独自率军，就是因为他容易轻敌。现在果然如我所料，我丧失了一员名将呀！我听说他妻子怀有身孕，将来如果生下的是女孩儿，就让我的儿子娶她为妻；如果生的男孩儿，就把我的女儿嫁给他。不要让他为妻子儿女担忧。”结果贾复的伤势不久就痊愈了，随后贾复在蓟县追上了刘秀，两人见面非常高兴。等刘秀回到中山县后，将领们就再次请求他称帝，但他再次拒绝了。等大军走到南平棘后，将领们再次坚决恳请他称帝，但他还是不答应。就在将领们都要退下的时候，耿纯却进谏说：“如今，天下的士大夫舍弃亲属，背井离乡，在箭雨之中跟随大王，他们一心向往的，本就是攀龙附凤，以完成自己的志向。现在您拖延称帝的时间，这就是在违背众意呀，如今您不确定尊号，我恐怕士大夫们会失去希望，到时无计可施，从而产生退归故里的想法，不会长期忍耐下去的。若是众人一散，想再聚合到一处就很难了。”耿纯的话说的非常诚恳殷切，刘秀对他也是十分感谢，就说：“我会好好考虑的。”
刘秀带着军队走到了鄗县，这时他就找来冯异，想了解当下的形势。冯异对刘秀说：“更始政权肯定是要完蛋的，如今复兴汉室的重任就落在您身上了，您就听大家的，赶紧称帝吧！”两人正说着呢，就有个叫强华的儒生从关中赶来，带来了一本叫《赤伏符》的书，上面写着刘秀起兵讨伐奸贼，天下英雄响应，汉朝也该重新建立了。大臣们一看，又开始劝刘秀称帝。到了六月二十二日，刘秀就在鄗县南边正式登基做皇帝，还改了年号，随后宣布大赦天下。
邓禹带着军队包围了安邑，但是打了好几个月都没打下来。就在这时，更始政权的大将军樊参带着好几万人从大阳渡过黄河，准备攻打邓禹。随后两军就在解县南边进行了一场激烈的厮杀，最终被杀樊参。就在邓禹刚取得胜利的时候，王匡、成丹、刘均又凑了十多万人马，前来攻打邓禹，结果邓禹就被打败了。到了二十六号这天，因为是六十甲子的最后一天，王匡他们就觉得这天不吉利，所以就没出兵，而是闭门休息。这就给了邓禹重新整顿队伍的机会。到了二十七日，王匡他们倾巢而出，邓禹却下令按兵不动，等到敌军靠近营垒后，才让将士们击鼓冲锋，一下子就把敌人打得落花流水。王匡他们眼看形势对自己不利，赶紧掉头就跑，随后邓禹就带人追击，最终杀了刘均和河东太守杨宝，又顺利的拿下了河东，而王匡他们只好灰溜溜的逃回长安。
还有张卬，他跟手下人商量说：“如今赤眉军马上就要打过来了，咱们肯定扛不住，不如在长安抢一笔，然后回南阳。要是实在不行，咱们就去当土匪！”这几个人就跑去劝刘玄，把刘玄气得脸都黑了，看到这情况，这几人就谁也不敢再吱声了。后来刘玄就让王匡、陈牧、成丹、赵萌在新丰驻扎，宰相李松在轵城屯兵，用来抵挡赤眉军。这时的张卬、廖湛、胡殷、申屠建和隗嚣又进行密谋，他们想趁着立秋祭祀宗庙的时候，劫持刘玄，实施之前的计划。刘玄知道后，就装病不上朝，还把张卬他们骗进宫，打算一网打尽。隗嚣就借口生病没去，还召集手下守住宅子。这时的刘玄犹犹豫豫下不了决心，结果张卬他们就察觉到了不对劲，于是撒腿就跑。申屠建反应慢，留在宫里被杀了。刘玄还让邓晔带人包围了隗嚣的宅子。这边张卬他们决定一不做二不休，放火烧了宫门，直接打进皇宫，结果刘玄被打得大败，隗嚣也趁机突围跑回了天水。第二天一早，刘玄就逃出了皇宫，投奔驻扎在新丰的赵萌。好不容易逃出来的刘玄又怀疑王匡、陈牧、成丹和张卬是一伙的，就把他们都叫来。陈牧和成丹先到的，当场就被杀了。王匡吓得赶紧带兵跑进长安，和张卬他们汇合了。
当赤眉军打到华阴的时候，队伍里有个从齐地来的巫师，就整天敲着鼓又唱又跳的，说是要祭祀城阳景王刘章。这巫师还神神叨叨地说：“景王生气啦，说‘要当就当正经天子，当什么盗贼！’”谁要是笑话这巫师，马上就会生病，一时间弄得整个军队人心惶惶。方望的弟弟方阳就劝樊崇他们说：“如今将军们手握百万大军，现在都快打到都城了，可还顶着个‘盗贼’的名号，这哪行啊？我们不如找个刘家的后代立为皇帝，然后打着天子的旗号行事，到时候谁还敢不听咱们的号令？”樊崇他们觉得这主意不错，而且那巫师的话也越来越玄乎。等军队开到郑县时，大家一合计：“现在都快到长安了，就连鬼神都这么暗示了，我们得赶紧找个刘家子孙，立他当皇帝！”
之前赤眉军路过式县的时候，就把原式侯刘萌的儿子刘恭、刘茂、刘盆子抓走了。刘恭小时候学过《尚书》，后来跟着樊崇在洛阳投降了更始帝刘玄，重新被封为式侯，还做了侍中，最后去了长安。刘茂和刘盆子则是留在队伍里，归右校卒史刘侠卿管理，每天的任务就是放牛。这会儿樊崇他们要立皇帝，就在军队里寻找刘章的后代，总共找到了七十多个人，其中刘茂、刘盆子和前西安侯刘孝跟刘章的血缘最近。樊崇他们就说：“听说以前天子亲自带兵，都叫‘上将军’。”于是就弄了片木简，写上“上将军”三个字，又放了两片空白木简到竹筒里。随后在郑县北边搭了个祭坛，准备祭祀刘章，他们还把三老、从事这些人都叫来了。最后让刘盆子他们三个人站在台子中间，按年龄大小抽签。刘盆子年纪最小，就最后一个抽，结果就抽到了写着字的木简。将领们一看，这是天命所归呀，就立马给刘盆子磕头称臣。当时的刘盆子才十五岁，而且头发乱糟糟的，又光着脚丫子，穿着一身破烂衣裳，脸涨得通红，紧张得直冒汗。他看见这么多人给自己下跪，吓得都快哭出来了。这时，刘茂赶紧跟他说：“你把那木简藏好！”可刘盆子直接把木简放在嘴里咬断扔了。随后，他们就任命徐宣当丞相，樊崇当御史大夫，逢安当左大司马，谢禄当右大司马，其他人也都封了卿、将军之类的官职。虽然刘盆子成了皇帝，但他每天早晚还得去给刘侠卿请安。他老想着跑出去找放牛的小伙伴玩，结果刘侠卿每次都把他臭骂一顿不让去。最后，樊崇他们也渐渐不怎么搭理他了。
这年秋天七月，汉光武帝刘秀就派使者拿着符节，封邓禹做大司徒，还给他封了侯，赏了一万户食邑，那会儿邓禹才二十四岁。刘秀又琢磨着选一位大司空，因为《赤伏符》里写着“王梁主卫作玄武”，七月十一日，刘秀就任命野王县的县令王梁当大司空。刘秀还想照着谶文里说的，让平狄将军孙咸暂代大司马，可大家都不太乐意。到了七月十六日，刘秀就改任吴汉做大司马。刚开始的时候，刘玄任命琅邪人伏湛当平原郡太守。那时到处都在闹起义，只有伏湛把当地百姓安抚得服服帖帖的，地方特别安稳。他手底下有个门下督，就撺掇伏湛起兵造反，结果伏湛直接把这人抓起来杀了。这么一来，当地的官民都特别信任伏湛，整个平原郡都是靠着他的管理才没乱起来。于是，刘秀就把伏湛召到自己身边当尚书，让他整理以前的规章制度。又因为邓禹带兵西征，就让伏湛当司直，暂时代理大司徒的职务。刘秀每次出去打仗时，就常常留伏湛在后方镇守。
邓禹从汾阴渡过黄河，就进了夏阳地界。这时，更始帝的左辅都尉公乘歙带着十万人马，和左冯翊的军队在衙地抵抗邓禹。结果邓禹又把他们打得落花流水，赶跑了。
就在邓禹又打了胜仗的时候，老刘家的刘茂在京、密一带聚集了十多万人马，自己封自己为厌新将军，还打下了颍川、汝南两地。看他这么嚣张，刘秀就派骠骑大将军景丹、建威大将军耿弇、强弩将军陈俊去收拾他。刘茂一看打不过，就投降了，刘秀看他这么识趣，就封他做了中山王。
到了己亥那天，刘秀到了怀地后，就安排耿弇、陈俊驻扎在五社津，盯着荥阳东边的动静；又让吴汉带着建义大将军朱祜等十一个将军，把朱鲔围困在洛阳。八月的时候，刘秀又到了河阳。
当刘秀派人围困洛阳的时候，李松却从槀地带着兵回到了长安，然后就和更始帝、赵萌一起在长安攻打王匡和张卬。双方打了一个多月，最终王匡他们顶不住压力，就逃跑了，更始帝就搬到了长信宫去住。这时候的赤眉军已经打到了高陵，王匡和张卬一看形势不妙，就跑去投降了赤眉军，然后合起伙来攻打东都门。李松自信满满的带兵迎战，结果被赤眉军给活捉了。李松的弟弟李况是城门校尉，他直接打开城门，放赤眉军进了城。本年九月，赤眉军就顺利进了长安，这可把更始帝给吓坏了，于是就单枪匹马的从厨城门逃跑了。式侯刘恭因为赤眉军立了他弟弟当皇帝，就有种心慌的感觉，于是就把自己绑起来，跑到诏狱去了；后来听说更始帝逃跑了，他就赶紧出来，正好碰上了定陶王刘祉。刘祉帮他解开绳子，两人就一起去找更始帝，最后在渭河边追上了。右辅都尉严本怕赤眉军怪罪他没看好更始帝，就把更始帝带到高陵，说是保护，其实就是软禁起来。更始帝手下的将相们也都投降了赤眉军，只有丞相曹竟宁死不降，拿着剑跟敌人拼杀，最后战死了。