清晨5时30分，日军第九师团步兵第三十六联队的士兵用炸药炸开了中华门残破的瓮城。伴随着碎砖石飞溅，一面太阳旗被插上城楼，在寒风中猎猎作响。
在弥漫的硝烟中，日军士兵岩田一郎在日记中写道：\"我们踏着焦土进入南京，街道两旁的白旗像垂死的蝴蝶挂在窗棂。一个中国老太太跪在废墟前，往灰烬里撒着纸钱，对我们的到来视若无睹。\"
与此同时，水西门、通济门相继告破。日军坦克碾过撒满传单的街道，传单上\"保卫南京\"的字迹被履带碾进泥泞。在夫子庙附近，一小队中国士兵依托牌坊进行最后抵抗，机枪扫射声持续了约一刻钟，最终归于沉寂。
下关江边，混乱在黎明前就已达到顶点。自12月12日晚唐生智下达撤退命令后，这座原本作为最后生路的码头，变成了人间炼狱。
江岸上，数以万计的军民挤作一团。有人试图用门板制作简易木筏，有人将箱子里的银元抛入江中减轻负重。停泊在江心的\"京电号\"小火轮已经超载，甲板上的人群像沙丁鱼般拥挤。
\"让我上去！我是八十八师的！\"一个腿部负伤的军官挥舞着手枪呐喊，但他的声音很快被更大的声浪淹没。突然，紫金山方向的日军炮兵开始向江面齐射，一枚炮弹正中\"京电号\"船尾，腾起的火光映红了江面。
上午8时，日军第六师团的部分部队抵达下关。他们在江岸一字排开，轻重机枪向江中密集扫射。江水逐渐被染成暗红色，顺流而下的尸体在回水湾处堆积成令人触目惊心的浮岛。
幸存者张永顺在回忆录中描述：\"我趴在一条翻倒的木船后面，看见一个年轻母亲抱着婴儿在江水中沉浮。她试图把孩子举过头顶，但一个浪头打来，两人都消失了。江面上漂浮的军帽、布鞋、行李箱，像是一场盛大葬礼的纸钱。\"
并非所有人都选择了逃亡。在中山北路的交通部大楼，一支约二百人的守军残部依托钢筋混凝土建筑顽强抵抗。战斗持续到下午1时，日军最终调来平射炮直接轰击大楼立面。
当日军冲进倒塌的建筑时，发现在二层的一个房间里，十余名中国士兵已经拉响手榴弹自尽。墙上用炭笔写着：\"南京虽陷，精神不灭。\"
傍晚5时，南京全城基本停止有组织的抵抗。但零星的枪声仍在暗巷中不时响起——那是溃散士兵在做最后的抗争。
在城南的一处民宅里，绸缎商李老板点亮最后一根蜡烛，对家人说：\"把值钱的东西都埋进后院吧。从明天起，我们只能靠自己了。\"他的小女儿不明白发生了什么，还在玩着手中的布娃娃。
入夜后，南京城陷入诡异的寂静。只有日军巡逻队的皮靴声在空荡的街道上回响，还有从某些角落隐约传来的哭泣声。长江依旧在黑暗中流淌，带着无数冤魂向东而去，江风中夹杂的血腥气，预示着一个更加黑暗的黎明即将到来。