“菁英汇寒川”战略的成功实施，如同在寒川相对封闭的学术环境中凿开了一扇天窗，引来了八面来风。西域匠师的奇巧构思、中原医家的深奥理论、乃至海外学者的异域见闻，与寒川本土的务实技术相互激荡，催生出前所未有的创新活力。格物院和科学院的讲堂内，不同学术流派的辩论日益频繁，思想碰撞的火花四溅。然而，这股日益强劲的“开放”之风，在带来繁荣的同时，也开始猛烈冲击着寒川社会固有的观念堤坝和统治根基，一场围绕 “思想自由度” 的深刻矛盾，不可避免地爆发了。
这场争论的导火索，源于格致学院年轻讲师墨翟（与老学士同名，喻示新生代）主持编撰的一部名为 《格物新说》 的启蒙教材。此书旨在用通俗语言向蒙童介绍天地万物之理，但墨翟在撰写“天文”章节时，并未沿用官方钦定的“天圆地方、皇权天授”的传统说法，而是引用了来自西域的“地圆说”以及通过寒川自制望远镜观测到的月球环形山、木星卫星等事实，试图引导学子通过观察和推理来认识宇宙。此外，在“人文”章节，他委婉地提及“北狄、南蛮诸部，虽教化不同，然其制弓、驯马、筑城之术，亦有可鉴之处”，隐含了文化相对性的观点。
教材初稿在学院内部评议时，便引起了轩然大波。以学院督学、老儒孔继勋为首的一批保守派教习勃然大怒，斥责《格物新说》“离经叛道，动摇国本”！孔继勋连夜上书礼部及都察院，痛心疾首地控诉：“墨翟小子，妄引夷说，淆乱乾坤之序，质疑圣人之教！若容此等邪说流布，则孩童何以知忠孝？臣民何以尊纲常？此乃以格物之名，行毁道之实！” 都察院几位御史随之附和，将此事上升到了“意识形态安全”的高度，奏请林牧之下旨，禁毁该书，严惩墨翟，并加强对学院讲席和出版物的审查，以防“异端邪说”蔓延。
几乎同时，另一件事也加剧了紧张气氛。一位被聘至科学院工作的西域学者，在一次非正式沙龙中，依据其故乡的城邦治理经验，谈及“法律高于统治者”以及“民选议事”的概念，虽未直接批评寒川体制，但其言论被有心人记录并密报给了皇甫嵩的情报司。皇甫嵩虽知此学者并无恶意，但仍深感不安，向林牧之进言：“主公，开放招贤，确可博采众长，然鱼龙混杂，泥沙俱下。此类言论，若经无知小民传播，恐生惑乱之心，于社会稳定不利。是否需对异域学者之言行，加以必要约束？”
两件事交织在一起，在寒川朝堂和学界引发了一场空前激烈的 “思想禁锢与开放” 之大辩论。争论双方壁垒分明：
“禁锢派” 以孔继勋、部分御史和守旧文官为核心，其论点集中于：
1. 道统至上：认为寒川立国之基，在于儒家纲常伦理和君主权威。任何质疑传统世界观和等级秩序的思想，都是对国本的侵蚀，必须坚决遏制。
2. 防微杜渐：认为思想上的小小缺口，可能导致堤坝的全面崩溃。今日允许质疑天文，明日就可能质疑君权，必须将危险苗头扼杀在萌芽状态。
3. 民心纯朴：认为普通百姓智力未开，易受蛊惑。过于复杂或异质的观念会扰乱民心，影响社会安定和统治效率。
他们主张强化 “思想篱笆” ，建立更严格的书籍审查和言论管控制度，确保学术研究不逾越“纲常名教”的边界。
“开放派” 则以禽滑略、华棠、墨翟（老学士）及大多数科学院、格致学院的少壮派学者为代表，其理由在于：
1. 求真务实：认为格物致知的本意就是探究客观真理，无论这真理来自何方。西域地圆说若能经观测验证，就应承认，不能为了维护旧说而歪曲事实。知识无禁区。
2. 创新之源：指出寒川科技之所以能飞速发展，正是得益于打破常规、兼容并蓄。若处处设限，思想僵化，则科技兴邦将成为无源之水，最终落后于人。