社会的科技化转型，如同一条奔腾的河流，冲刷着旧有的河床，不可避免地与沉积已久的传统观念发生激烈的碰撞。寒川帝国在林牧之的强力推动下，科技之树日益枝繁叶茂，新的生产方式、法律制度乃至教育内容，不断渗透到社会生活的方方面面。然而，数千年来形成的价值观念、思维习惯和伦理体系，并非一朝一夕所能改变。当冰冷的机械逻辑、精确的数学计算、基于实证的格物之学，迎面撞上温情脉脉的宗法伦理、模糊的整体思维以及尊古崇圣的文化惯性时，冲突便以各种形式爆发出来，其激烈程度，有时甚至超过刀兵之争。
这场碰撞，在医疗领域尤为尖锐和典型。
寒川药石司在首席医官华棠及其侄女华苓的带领下，凭借磺胺的神奇疗效和初步建立的微生物学说，在治疗创伤感染、瘟疫防治方面取得了辉煌成就，赢得了军中和民间的广泛赞誉。然而，当他们试图将这套基于“格物实证”的新医学体系，向更广泛、更传统的疾病治疗领域推广时，却遇到了巨大的阻力。
问题的焦点，集中在太医院。太医院汇聚了天下名医，其正统医术源远流长，以 《黄帝内经》、《伤寒杂病论》 为圭臬，讲究“阴阳平衡”、“五行生克”、“辨证施治”，体系博大精深，但也掺杂着一些玄学色彩和经验主义。华棠依据微生物理论和化学分析，提出对某些流行病症（如肠瘟、肺痨）的病因应重新界定，治疗方案应更多依赖提纯的药物成分和严格的卫生隔离，而非传统的“调和阴阳”、“以毒攻毒”之法。
这一下，如同捅了马蜂窝。以太医院院使孙思邈（与古代医圣同名，乃当代医家泰斗）为首的一批老太医，对此反应极为激烈。孙院使年过七旬，德高望重，门生故旧遍布天下。他在一次太医议事会上，当着华棠的面，拄着拐杖，痛心疾首地斥责：
“华棠！尔等倚仗磺胺之效，便欲否定千年医道乎？人之疾病，源于天地之气、七情六欲、脏腑失调，岂是区区‘微虫’可尽概？只见树木，不见森林！尔等解剖尸体，窥探微观，实乃亵渎先人，有违天和！用药只求成分猛烈，不顾患者体质虚实、气血盛衰，此非救人，实为戕害！”
华棠试图解释：“孙院使，晚辈绝非否定先贤智慧。然，格物之学已证实，许多疫病确有特定病原，若能针对病原用药，辅以扶正，疗效更速。譬如肠瘟，若只调气血，不清病原，终是徒劳……”
“荒谬！”孙院使打断她，情绪激动，“老夫行医五十载，活人无数，靠的便是这‘辨证’二字！同一病症，因人、因时、因地，用药皆有不同！尔等欲以一刀切之法，治万变之病，岂非胶柱鼓瑟？医者，仁术也！岂能沦为冰冷之匠艺？”
支持孙院使的太医们也纷纷附和，指责格致医道“刻板无情”、“背离医者仁心”，甚至有人暗中散布流言，称格致学院用尸体做实验是“伤天害理”，会遭报应。
这场争论迅速从太医院蔓延到朝堂乃至民间。许多信奉传统医道的文官上书，支持孙院使，认为寒川医术乃国粹，不可轻易废弃。民间更是议论纷纷，一些百姓对“显微镜下的虫子”致病之说将信将疑，对格致学院提炼的“白色药粉”心存畏惧，仍更信赖老郎中开的汤药和针灸。
冲突在一次突如其来的小儿痘疹（天花）疫情中达到了高潮。疫情在京城南郊爆发，迅速蔓延，患儿高烧、出疹，死亡率极高。太医院按照传统疗法，以清热解毒、透疹外出为主，但效果不佳，死亡枕藉。
华苓闻讯，带领药石司人员赶到疫区。她通过显微镜观察患儿的痘浆，确认了病原，并立即提出一套全新的防治方案：严格隔离病患，焚烧污染物，并用她正在研究的、基于牛痘的“人痘接种法” （早期疫苗雏形）为未感染的健康儿童进行预防接种。
然而，她的方案遭到了当地官府和民众的强烈抵制。当地县令惧怕承担责任，不敢采纳“标新立异”的方法。百姓们更是惊恐万分，认为“将病牛身上的东西种到人身上”是“妖术”，会引来更大的灾祸。一些士绅甚至组织起来，阻挠药石司的行动。
华苓在临时搭建的疫病棚区外，面对群情激愤的民众，心急如焚。她努力解释：“乡亲们！这痘疹是由一种极小的‘毒虫’引起，接种牛痘，可让人体提前产生抵抗力，是预防的良法！这是格物之实验证明了的！”
一个乡绅站出来，指着她骂道：“妖女！休得胡言！分明是尔等不敬鬼神，触怒上天，才降此灾祸！如今还想用这等邪术害人！快滚出去！”