- 体能训练：要求士兵每日负重30斤（含武器、盔甲）跑30里，不达标的直接淘汰；
- 技能训练：刀、枪、盾、狼筅（带尖刺的长竹杆，戚继光改良武器）等兵器，需做到“刀能劈断木桩、枪能刺穿铠甲”；
- 纪律训练：制定“连坐法”，若小队中有人畏战，全队受罚，同时规定“扰民者立斩”，甚至自己的舅舅违反军纪，也被他当众杖责，彻底树立军纪权威。
- 战术破局：创立“鸳鸯阵”：针对倭寇“擅长短刀近战、阵型松散”的特点，设计11人一组的“鸳鸯阵”：
- 前排2人：持牌（藤牌、木牌）防御，遮挡倭寇刀砍箭射；
- 次排2人：持狼筅，用带刺竹杆横扫，限制倭寇近身；
- 中排4人：持长枪，趁倭寇被限制时刺杀；
- 后排2人：持短刀、标枪，补刀并保护侧翼；
- 队长1人：居中指挥，根据战场情况拆分或重组阵型（可拆为“三才阵”，适应狭窄地形）。
（3）横扫浙闽：从“台州九捷”到平定倭患（1561-1566年）
- 浙江大捷（1561年）：嘉靖四十年，倭寇集结2万余人入侵浙江台州，戚继光率戚家军迎战，一个月内连续在宁海、新河、花街、上峰岭等九地作战，未尝一败，史称“台州九战九捷”。其中上峰岭之战，他利用地形设伏，让士兵伪装成农民，待倭寇进入山谷后突然出击，以鸳鸯阵全歼倭寇1000余人，自身仅伤亡3人。经此一战，浙江倭患基本肃清。
- 转战福建（1562-1563年）：浙江倭寇逃往福建，盘踞在横屿（海上孤岛，退潮时可涉水到达）、牛田、林墩等地。戚继光率军入闽，首战横屿：他让士兵携带稻草，趁退潮时铺在泥滩上，快速涉水登岛，打破倭寇“凭海据守”的幻想，斩杀倭寇2600余人；随后在牛田、林墩连破倭寇巢穴，福建倭寇主力被歼。
- 终结倭患（1564-1566年）：嘉靖四十二年，倭寇围攻福建仙游城，戚继光率戚家军驰援，采用“围点打援”战术，先击溃倭寇援军，再集中兵力攻城，解仙游之围，歼敌3000余人；次年又率军南下广东，协助另一抗倭名将俞大猷肃清广东残余倭寇。至嘉靖四十五年（1566年），持续近200年的东南沿海倭患彻底平定。3. 镇守北疆：筑城、练兵与边防稳固（1567-1583年）
- 调任蓟州：隆庆元年（1567年），因蒙古朵颜部频繁袭扰北疆，朝廷调戚继光任“蓟州总兵”（管辖蓟州、永平、山海关等地军务，是明代“九边重镇”中最关键的总兵职位），负责抵御蒙古骑兵。
- 长城革新：
- 重修长城：主持修复蓟州段长城（约2000里），将原有“夯土城墙”改为“砖石城墙”，加高加厚，并在城墙外侧修建“马面”（突出的防御台，可多角度打击敌人）；