枢密院内部下设情报房、作战房、训练房、武选房、边务房、架阁库。
枢密院是专业之“计划中心”。它制定所有军事行动蓝图，并管理军官团，但自身无任何执行权。其所有重要计划与人事建议必须报请军机处批准。
第三章：军事行政与后勤保障系统
“三、 军政司 ，定为从一品衙署，为全军兵籍、后勤之‘需求侧’管理机构与标准制定中心。”
军政司核心职责为：掌管全国所有底层士兵之招募、籍录、赏抚、退役。制定全军官兵之俸禄、赏银、粮草、被服、装备之配置与供应标准。根据在编员额和任务，核算各部队具体所需钱粮物资。向转运使司开具 ‘物资调拨函’ ，并审计其账目。
军政司编制与品级如下：
设大司徒，从一品，1员。
少司徒，从二品，2员。
各曹郎中，正四品，5员。
各曹员外郎，从四品，10员。
主事，正六品，20员。
司计，正八品，30员。
书令史，从九品，40员。
军政司内部下设：兵籍曹、粮饷曹、俸赏曹、甲仗曹、审计曹。
军政司乃体系之“账房”。它知帝国有多少兵、该发多少饷，然所有需求皆须通过“调拨函”此一标准化指令向转运使司提出，自身不接触任何实物。
“四、 转运使司 ，定为正二品衙署，为全军后勤之‘供给侧’执行机构，乃独立之军事物流总公司。”
转运使司核心职责为：管理遍布全国之官仓、武库、草场。运营专业之辎重营、漕运船队，负责物资运输。仅凭军政司开具之、合法有效之“物资调拨函”，向指定部队发放钱粮物资。管理全系统物资账目，并接受军政司审计。
转运使司编制与品级如下：
下设都转运使，正二品，1员。
副都转运使，从二品，2员。
各道转运使，正四品，8-10员。
各仓监使，从五品，20员。
运输署令，正六品，15员。
账勾使，正七品，30员。
库司，从八品，50员。
转运使司内部下设：仓储总署、运输总署、计簿署、各区转运分司。
转运使司乃体系之“自动售货机”。其职责乃纯粹之执行——“见单发货”。此从根本上杜绝其利用后勤物资要挟、控制部队之可能。
第四章：军队编制与地方军事系统
“中央机构既立，军队编制亦需革新，以适配新制。”钱镠继续阐述。
“一、军队作战编制：
以厢作为核心战术兵团，核心训练与独立作战单位，五千人，在新朝官兵体系中兵力足以御外，不足以叛内，是最合适的基础编制。厢都指挥使为主官，位正四品。
再往上设置军，以前的军号得以保留，并根据实际兵力进行扩增。
主官为都知兵马使，定衔正二品，负责宏观战备与协调。全国设40-60员，相互制衡。禁军下辖人，分6厢；厢兵下辖人，分4厢。
等遇到大的战役时，特设战时战役集团，统帅称行军大都督，临时特授从一品或正一品。通常由1军禁军（3万）配属2军厢兵（4万）及辅助人员组成，约10万余众。如果有更大的战事，则适当扩大临时编制增加一定差遣。战后即解散，兵归建，将还职。”
“二、地方军事系统，需与中央主力严格分离：
地方乡勇、团结兵、守城州县兵归以及不良人均由兵部及其下辖之各州都督府统辖。主官为兵部尚书定衔从一品；各州都督依地缘重要性，为从三品至正四品有差。管理郡县兵、乡兵、团结营，专司地方治安、剿匪、工程，绝对无权干预禁军与厢兵事务。”