钱镒深知，岭南西道地广人稀，蛮汉杂处，彻底消化需要时间。当前首要任务是巩固已得的岭南东道和表示归顺的桂管、容管，建立有效的统治体系，积累粮草，适应气候。他向钱镠汇报：“岭南三管，肉已烂在锅内，叶广略孤悬于外，迟早必为殿下所擒。今当先固根本，徐图邕州。” 钱镠同意了他的方略。至此，岭南大部已名义上归属钱镠，尽管邕管尚在观望，桂管、容管的控制也需加强。
就在钱镒稳步经营岭南之时，南面的交州（安南）传来不利消息。静海军节度使曲承裕病故，其子曲颢继位，野心勃勃，不仅拒绝接受钱镠的册封，还大肆清除境内亲中原的势力，积极整军经武，摆出彻底独立的姿态。交州地处偏远，中央政权控制力历来薄弱，若任其发展，必将成为心腹大患。
钱镒决定将主要精力转向交州。他留下部分兵力协同文官继续经营岭南，亲自率领两万五千精锐（以破虏军为骨干，配属部分锐武军），并得到五千水师的全力支持，于乾宁三年（896年）春，自钦州、廉州沿海路并进，水陆夹击，大举进入交州地界。
消息传至交州，曲颢大为震惊，急调五万兵马出城迎战，企图以兵力优势在平原决战。三月初，两军会于红河平原。晨雾未散，破虏军已列阵完毕，铁甲在初升的阳光下泛着冷光。钱镒并不急于强攻，而是先令水师奇袭敌军后阵，焚烧粮草。当交州军心浮动之际，锐武军突然从侧翼杀出，如利剑直插敌阵。
战场顿时陷入混乱。训练有素的破虏军主力趁机正面推进。交州军虽众，却多是临时征召的农民，在精锐的连续打击下迅速崩溃。不到两个时辰，曾经不可一世的五万大军土崩瓦解，尸横遍野，降者无数。曲颢在亲兵拼死护卫下，割须弃袍，狼狈逃出重围。
此役后，曲颢自知难以固守交州城，遂携心腹退入西部山区。那里层峦叠嶂，部落林立，他奔走联络当地豪帅，赠以金帛，许以重利，企图依靠复杂地形长期周旋。而钱镒则兵不血刃地进入了交州城。
交州土着势力强大，地形复杂，气候湿热，以往中原王朝征讨往往损失惨重。钱镒总结了裴宏在汀、建清剿山民的经验，并决心采取更为酷烈的手段，以求一劳永逸。
初期，钱镒试图招抚，但响应者寥寥，且降而复叛者甚多。他很快意识到，怀柔政策在此地难以迅速奏效。于是，他改变策略，对于主动归顺、并提供帮助的部落，给予重赏，并将其部众整体迁徙至交州平原地区，编户齐民，进行屯垦，由随军的营田军严密看管。
对于战败投降的土着军队，钱镒实施了残酷的 “十一抽杀令” 。每次受降后，便强制命令降兵互相指认，或随机抽取十分之一的人，当众处决。行刑前，他必先宣布：“顺我者赏，逆我者亡！尔等家小，已迁往交州城（即高骈所筑大罗城）。若想家人活命，便需戴罪立功！” 随后，他将这些降兵的家属全部强制迁至防守坚固的交州城内控制起来。
剩下的九成降兵，被编成“敢死营”、“先锋营”，驱使他们去攻打其他尚未臣服、尤其是位于西部山区的土着部落。钱镒明确规定：作战不努力、临阵退缩者，全队连坐，再行“十一抽杀”；但若作战勇敢，斩获颇多，则不仅本人可获得丰厚赏赐（钱帛、甚至土地），其家人在交州城内的待遇也会相应提高。
对于作战中捕获的大量俘虏，钱镒将其分为两类。一类是相对顺服、或有特殊技能（如工匠）的，被安排到平原进行耕作，或补充进“敢死营”。另一类，所有表现出抵抗意志、或被视为难以驯服的，不论男女老幼，全部戴上镣铐，押往交州已知的各大矿区（如谅山的金矿、黄连山的银铜矿等），在皮鞭和刀剑的监督下，进行极其艰苦和危险的采矿劳作。开采出来的金银铜铁，被源源不断地运往升州，成为钱镠政权重要的财富来源和战争资源。
钱镒的手段极其血腥残酷，在交州境内造成了巨大的恐慌和伤亡。“钱”字旗所到之处，往往伴随着焚烧的村落、被强制迁徙的人群和堆积如山的尸体。其凶名之盛，足以让交州小儿止啼。曲颢组织了几次抵抗，但在钱军正规军和那些为家人性命而战的“敢死营”亡命徒的联合打击下，均遭惨败。钱军稳扎稳打，逐步压缩曲氏势力的生存空间。
经过近两年异常残酷的清剿战争，到了光化元年春天，曲氏家族及其核心支持势力被基本杀空，其族裔近乎灭绝。整个交州地区的土着人口因战争、屠杀、强制迁徙和奴役而锐减。面对一片焦土和彻底臣服的幸存者，钱镒请示钱镠后，下令将剩余所有被认为“不顺服”的土着居民，全部强制迁往湖南或荆南人口相对稀少的平原地区，交由当地的营田军管辖，继续进行同化与屯垦。而交州本地，则开始大量迁入来自两浙、江西、福建的军民，进行实质性占领和开发。
光化元年（898年）夏，钱镒正式向升州报捷：两广及交州，已全部平定！
从乾宁二年夏受命出征，到光化元年春彻底扫平交州，钱镒几乎正好用了三年时间，完成了钱镠赋予的使命。他以广州为突破口，以政治威慑降服桂管、容管，以经济封锁和内部瓦解孤立邕管（叶广略在乾宁四年末见大势已去，最终请降），并以铁血手段犁庭扫穴，彻底解决了交州问题。
钱镠闻捷，大喜。他深知四弟在此过程中的艰辛与……必要的残酷。他下旨，盛赞钱镒之功，上表册封其为武安侯（取“以武安邦”之意，亦契合交州古有武安郡之称），并破例任命这位在南方杀出赫赫凶名、能止小儿夜啼的弟弟为交州道行军大总管、交州道都指挥使，继续坐镇交州，为他守卫这最南端的疆域，震慑一切不安分的宵小。
至此，自乾符六年（879年）钱镠就任苏州刺史以来，历经十余年征战，钱镠终于彻底统一了自荆襄以南，直至交趾的整个中国南方。