就在军制改革紧锣密鼓推行之时，钱镠在其首席文官幕僚周繇、罗隐、李振、沈崧等人的辅佐下，开始对麾下疆域的行政体系进行一场同样深刻的变革。
首先是参照大唐朝廷各部，设立典仪司（仿礼部）、铨衡司（仿吏部）、度支司（仿户部）、将作司（仿工部）、刑宪司（仿刑部，在中枢与提点刑狱司属于一套班子，两块牌子，对地方则是提点刑狱司）。
基于地理形势、人口分布与战略防御的需要，钱镠对现有辖区进行了重新划分：
1. 析苏州置秀州：因苏州地广人稠，经济发达，拆分可削弱其潜在的地方势力，便于中央管理，将原苏州辖境南部的嘉兴、海盐、华亭三县划出，新设秀州（治所嘉兴）。
2. 升江宁为升州：将原宣州部分辖地（如当涂）与润州西部的江宁、溧水、溧阳等地合并，升格为升州（治所江宁）。
3. 将翁洲划归明州：在钱镠攻取浙东以后，原本孤悬于外的翁洲已经完成了其历史作用，将其划归明州，在翁州设置舟山县，管辖其周边岛屿。
4.至此辖区总计：经过调整，钱镠直接统治的核心区域变为二十二州：润州（首府）、常州、升州、苏州、秀州、湖州、杭州、睦州、越州、明州、婺州、衢州、台州、温州、处州、宣州、歙州、池州，以及江北的庐州、舒州。远在倭国的东州、福建外海的澎州。
增设了市舶榷货司，专管盐铁专卖、茶酒之利、商税征收、蕃舶贸易。
下辖榷盐曹： 负责盐田、盐井的生产管理；统购全部食盐；向特许商人（盐商）批发盐引（专卖凭证）；打击私盐。
榷铁曹: 负责管理铁矿、铜矿等金属矿藏的开采与冶炼；统销生铁、熟铁及铜料；控制兵器、农具的原料供应。
征榷曹:负责茶叶、酒、绢帛、瓷器等特殊商品的专卖；征收国内市场的商税、关税；管理官营店铺和特许商人。
海贸曹：负责管理主要港口（如明州、杭州）；接待外国商船（“蕃舶”）；征收关税；收购、拍卖进口珍宝特产；管理本国商船出海事宜。
为防止地方长官权力过大，形成新的割据，除了对军将限制，钱镠对地方权力体系也进行了制衡：
设立转运使总司，又称漕司，各州设立分司，主掌财赋与行政监察。负责将地方赋税征收并转运至中枢；同时兼有考察地方官吏、审理刑狱、维持社会治安等职责。
设立提点刑狱司：主掌一路司法与刑狱。负责复核州县案件、审讯囚犯、平反冤狱、监察地方官吏违法行为。
对各州刺史职责与限权进行明确：
有行政权：刺史为一州最高行政长官，主要负责民政、劝课农桑、征收赋税、兴修水利、司法刑狱、教化百姓。
仿照军制，实行文官刺史定期轮换。一般以三年为一任，最多连任两届（六年），届满必须调任他州或回中枢任职。
无兵权：由参谋总院和军政署分管，彻底废除唐代刺史掌兵的旧例。