除上述整编任命发布之外，钱镠还完善成立了参谋总院。其主要职责是掌管天下舆图、吴越各州山川险要图、兵力部署图及邻道军情图；制定中长期战略、应对周边威胁的总体方案；在战前，为具体战役制定详细的作战方案，包括主攻方向、兵力调配、后勤路线、协同指挥等；汇总并分析所有前线军报、斥候情报，向钱镠提供敌情动态与对策建议；进行军令传达，将吴越王的最终命令润色为正式军令，确保其准确、迅速地传达至各军；战后，负责核实各军上报的战功与缴获，确保赏罚公允。
设“知院事”一人，为最高长官，以行军司马李振充任。
下设四曹，分别为战略曹：主官为参军，由最富韬略、熟知全局的文士或儒将担任，专司宏观战略规划。
作战曹：主官为行军参谋，一般由具有丰富实战经验的将领兼任，负责将战略意图细化为可执行的战役计划、行军路线和布阵方略。
情报曹：主官刺事判官，汇总分析各方情报，绘制与更新军事地图，管理对外间谍与对内反谍事务。
机要曹：主管为主书；负责文书往来、军令誊写用印、档案管理，确保机密不外泄。
钱镠设立军政署，下设四曹，分别为
武选曹：掌全军自都指挥使以下所有军官之铨选、考课、升迁、勋赏、册封及档案管理。
职方曹：掌舆图测绘、山川险要资料、各州城防、关隘、烽候之规划与督查。
库部曹：掌铠甲、弓弩、刀剑、攻城器械等装备之制造、标准制定、中央武库管理及技术研发，湖州卞山铁城也归其管理。
驾部曹：掌境内馆驿、递铺系统之管理，保障军令公文传递；负责战马采购、牧养、分配之马政；及进军路线之桥梁道路畅通。
规定各牙军镇遏使、镇兵防御使等只有 “治兵”（训练、戍守）之权，无“调兵”之权。除非遇到外敌入侵或大规模叛乱等紧急情况，可“相机处置”，但事后必须立刻上报并接受审查。
调动超过一定规模（如五百人以上）的部队，必须持有参谋院发出、钱镠签署的兵符令箭。
外镇兵都知兵马使、都指挥使 “三年轮调制” 严格执行，与牙军系统交流互换，特殊情况可延长期限。