大木博士和花子都惊讶地抬头看着天空，脸上满是不可思议的表情。
花子疑惑地说道：“大自然发生了什么？怎么会又下雨又下雪，还出现了极光？”
大木博士眉头紧锁，眼神凝重地说道：“这绝对不是正常的自然现象！结合橘子群岛传来的异常数据，恐怕是有强大的宝可梦在活动，而且很可能是传说中的宝可梦！”
同一时间，在橘子群岛的天空基地内，一个身材高大、穿着黑色西装的大叔正站在巨大的显示屏前，脸上带着自信的微笑。他的身边站着几个穿着统一制服的手下，整个基地充满了科技感。
“到现在为止，三种力量已经取得了平衡。”大叔缓缓说道，语气中带着一丝傲慢，“其中一个被我拿走了，缺失的部分会有其他的来弥补。”
这时，一声机械音传来：“报告首领，闪电鸟正在向火之岛移动。”
显示屏上立刻出现了闪电鸟的影像，这只传说中的宝可梦通体黄色，翅膀和尾巴上带着黑色的条纹，周身散发着强大的电气能量，正快速朝着火之岛的方向飞去。
与此同时，基地内的电视机里正在播放着新闻，画面中天气异常，暴雨、暴雪、狂风肆虐，主持人严肃地说：“据气象部门报道，近期全球多地出现异常天气，被认为是深层海流发生异变所引起的，而深层海流的异变中心，就在橘子群岛海域！”
大木博士在研究所里看着电视上的新闻，脸上的表情更加凝重：“果然和橘子群岛有关！看来传说中的三圣鸟很可能已经苏醒，而且发生了冲突！”
第二天一早，芙芦拉就安排了三艘小船，分别送小智一行人前往火之岛、雷之岛和冰之岛。小智、小霞和皮卡丘前往冰之岛，莎莉娜和莉莉艾前往雷之岛，娜姿则独自前往火之岛，约定拿到宝物后在亚西亚岛集合。
小智、小霞和皮卡丘乘坐的小船朝着冰之岛的方向前进。冰之岛顾名思义，整个岛屿被冰雪覆盖，气温极低，岸边的岩石上凝结着厚厚的冰层，空气中弥漫着刺骨的寒意。
“好冷啊！”小霞裹紧了身上的外套，忍不住打了个寒颤，“这里的温度也太低了吧！”
小智将身上的外套脱下来，披在小霞身上，笑着说道：“忍一忍，我们拿到宝物就赶紧回去。皮卡丘，你也小心一点，别冻着了。”
皮卡丘点了点头，将身体缩了缩，靠近小智，利用他身上的温度取暖。
三人登上冰之岛，沿着结冰的楼梯朝着神社的方向走去。楼梯两旁是厚厚的积雪，踩在上面发出“咯吱咯吱”的声响。一路上，他们看到了很多冰系宝可梦，比如小海狮、白海狮、冰宝等，这些宝可梦看到他们，纷纷好奇地围了上来，似乎并不怕人。
“这里的冰系宝可梦真多啊！”小霞说道，伸出手想要抚摸一只小海狮，小海狮乖巧地蹭了蹭她的手心，冰凉的触感让她忍不住笑了起来。
经过一番跋涉，三人终于到达了神社。神社古朴而庄严，屋顶上覆盖着厚厚的积雪，门口摆放着两座冰雕，看起来像是传说中的宝可梦。走进神社，里面并没有人，只有一个小小的祭坛，祭坛上摆放着一个晶莹剔透的蓝色小球，散发着淡淡的冰系能量，这应该就是冰之岛的宝物了。
小智走上前，小心翼翼地拿起蓝色小球，小球入手冰凉，散发着纯净的冰系能量。“拿到了！这应该就是冰之岛的宝物！”
就在这时，外面突然传来一声尖锐的鸣叫，声音中充满了愤怒和威严。小智和小霞对视一眼，连忙走出神社，只见天空中出现了两只传说中的宝可梦——闪电鸟和火焰鸟！
闪电鸟通体黄色，周身环绕着强大的电气能量，翅膀扇动间，一道道闪电划破天空；火焰鸟通体红色，翅膀和尾巴上燃烧着熊熊火焰，周身散发着炽热的温度，空气都被烤得扭曲起来。
而在它们对面，一只通体蓝色的宝可梦正警惕地看着它们，正是冰之岛的守护者——急冻鸟！急冻鸟的羽毛如同冰雪般洁白，翅膀边缘泛着淡淡的蓝光，周身散发着刺骨的寒意，眼神中充满了愤怒。
“是三圣鸟！”小霞惊讶地说道，“它们怎么会在这里？”
小智眼神凝重地说道：“看来闪电鸟和火焰鸟是来争夺急冻鸟的地盘的！传说中，三圣鸟分别守护着火之岛、雷之岛和冰之岛，它们之间一直保持着平衡，但现在这种平衡被打破了！”
闪电鸟发出一声鸣叫，一道粗壮的十万伏特朝着急冻鸟射去，电气能量带着强大的冲击力，瞬间照亮了天空。急冻鸟反应迅速，一道急冻光线射出击中十万伏特，两道能量碰撞在一起，产生巨大的爆炸，雪花和电火花四溅。
火焰鸟也不甘示弱，喷出一道炽热的喷射火焰，朝着急冻鸟冲去。急冻鸟展开翅膀，一道暴风雪席卷而出，将喷射火焰冻结，同时朝着火焰鸟冲去，双方展开了激烈的战斗。
就在三圣鸟激战正酣的时候，天空中突然出现了一个巨大的玻璃球，朝着闪电鸟罩去！闪电鸟来不及避开，被玻璃球牢牢困住，玻璃球上泛起淡淡的能量光芒，闪电鸟在里面疯狂地挣扎，发出愤怒的鸣叫，但始终无法冲破玻璃球的束缚。
“这是什么东西？”小霞惊讶地说道。
紧接着，又一个玻璃球出现，朝着火焰鸟罩去，火焰鸟也同样被困住，玻璃球内的火焰被能量压制，无法燃烧，火焰鸟在里面疯狂地拍打翅膀，却无济于事。
“不好！我们快躲开！”小智大喊道，他感觉到有一股强大的能量锁定了他们。
但已经来不及了，第三个玻璃球出现，朝着小智、小霞和皮卡丘罩来。三人被玻璃球牢牢困住，无法动弹。玻璃球内一片透明，他们能清楚地看到外面的情况，同时也发现，急冻鸟竟然也被一个玻璃球困住了，就在他们旁边！
急冻鸟看到小智一行人，眼中闪过一丝惊讶，随即又恢复了愤怒，继续在玻璃球内挣扎。
“是谁在搞鬼？”小霞愤怒地说道，用力拍打着手边的玻璃球，但玻璃球纹丝不动。
小智尝试用超能力冲击玻璃球，但玻璃球上的能量屏障十分强大，他的超能力竟然无法突破。“这玻璃球的能量很特殊，应该是某种高科技产品！”
就在这时，玻璃球开始移动，朝着远处的天空基地飞去。小智一行人被带到了天空基地内，放在一个巨大的展示柜中，周围还摆放着很多其他被捕获的宝可梦，显然都是这个基地的主人的“收藏品”。
天空基地内，那个穿着黑色西装的大叔正看着被捕获的小智一行人，脸上露出得意的笑容：“你们是第一批没有收到邀请函就来到这里的人。看，这都是我的收藏品，是不是很壮观？”
小霞愤怒地看着大叔，大声说道：“要收服神奇宝贝，为什么不用神奇宝贝球？你这样是侮辱它们！真正的训练家是不会这样对待宝可梦的！”
大叔冷笑一声，语气中带着一丝不屑：“我不是训练家，而是收藏家。这些传说中的宝可梦，在我看来，只是最珍贵的收藏品，用神奇宝贝球太普通了，只有这样特殊的容器，才配得上它们的身份。”
就在这时，手下匆匆跑来报告：“首领，急冻鸟的能量波动异常强烈，它正在疯狂地使用急冻光线，外面的天气变得更加恶劣了！”
大叔脸上的笑容收敛，连忙说道：“带我去看看！急冻鸟是关键，不能出任何差错！”说完，他匆匆离开了展示区，留下小智一行人被关在玻璃球内。
在基地外面，急冻鸟在玻璃球内疯狂地使用急冻光线，冰系能量源源不断地从玻璃球内溢出，周围的温度急剧下降，天空中下起了鹅毛大雪，地面上瞬间凝结成厚厚的冰层，整个区域都被冰封起来。
而橘子群岛的其他地方，天气也变得异常恶劣。火之岛附近出现了巨大的火灾，火焰肆虐，烧毁了大片的树林；雷之岛附近则雷电交加，一道道闪电劈落在地面上，引发了多次爆炸；冰之岛则被厚厚的冰雪覆盖，气温低到了极点。
更让人担忧的是，橘子群岛的宝可梦们都在朝着亚西亚岛的方向移动。水系的宝可梦们成群结队地渡海前行，浪花中满是它们的身影；飞行系的宝可梦们在天空中集结，形成巨大的鸟群，朝着亚西亚岛飞去；而没有渡海能力的宝可梦们，则聚集在离亚西亚岛最近的陆地上，眼神中带着一丝恐惧和不安。
“这样下去不行！三圣鸟的冲突已经影响到了整个橘子群岛，再这样下去，后果不堪设想！”小智眼神坚定地说道，体内的创世之力开始涌动，“我必须想办法出去！”
小智将手放在玻璃罩上，体内的创世之力瞬间爆发，淡金色的光芒笼罩住整个玻璃球。创世之力是最纯净、最强大的能量，能够摧毁一切邪恶的束缚。玻璃球上的能量屏障在创世之力的冲击下，开始出现裂痕，裂痕越来越大，最终“咔嚓”一声，玻璃球彻底碎裂！
小智、小霞和皮卡丘成功脱困。皮卡丘立刻朝着困住闪电鸟的玻璃球冲去，一道强大的打雷技能射出，配合着小智的创世之力，闪电鸟的玻璃球也被打破。闪电鸟脱困后，发出一声愤怒的鸣叫，周身的电气能量暴涨，朝着天空飞去。
小智紧接着又用创世之力打破了困住急冻鸟和火焰鸟的玻璃球。急冻鸟和火焰鸟脱困后，并没有立刻离开，而是在空中对视一眼，眼中的愤怒更加浓烈，它们之间的战斗再次爆发！
闪电鸟喷出一道粗壮的打雷，朝着火焰鸟射去；火焰鸟则喷出一道炽热的大字爆，回击闪电鸟；急冻鸟则喷出一道强大的暴风雪，同时攻击着闪电鸟和火焰鸟。三圣鸟的战斗变得更加激烈，强大的能量冲击着整个天空基地，基地开始剧烈摇晃，随时都有崩塌的可能。
“不好！基地要塌了！”小霞大喊道。
小智环顾四周，看到了那个被遗忘在角落的大叔，心中一动，使用超能力将大叔催眠，然后将他转移到了基地外的安全地带。“虽然他做错了，但也不能让他死在这里。”
随后，小智一行人快速离开了天空基地。天空基地在三圣鸟的战斗冲击下，最终轰然倒塌，变成了一片废墟。
三人来到地面上，看着空中激战的三圣鸟，脸上满是凝重。三圣鸟都是有神职的二级神巅峰宝可梦，它们的战斗破坏力极强，每一次技能碰撞都能引发巨大的自然灾害，对整个世界都造成了很大的影响。
“必须想办法阻止它们！”小智说道，拿出精灵球，“超梦，拜托你了！”
红光闪过，超梦的身影出现在空中。超梦通体白色，身上带着紫色的条纹，眼神锐利，周身散发着冠军后期的强大气息。虽然它的等级比三圣鸟低，但作为超能力系的最强宝可梦之一，它的实力不容小觑。
“超梦，帮我牵制住三圣鸟！尽量不要伤害它们，只是牵制住它们的攻击！”小智大喊道。
超梦点了点头，眼中闪过一丝战意，周身的超能力瞬间爆发，形成一道强大的能量屏障，挡住了三圣鸟的攻击。然后，它快速移动到三圣鸟之间，使用精神强念分别控制住三只神鸟，试图阻止它们的战斗。
但三圣鸟的力量实在太强大了，超梦的精神强念只能暂时牵制住它们，无法完全阻止它们的攻击。闪电鸟的打雷突破了超梦的控制，朝着火焰鸟射去；火焰鸟的喷射火焰也突破了控制，回击闪电鸟；急冻鸟的急冻光线则朝着地面射来，幸好超梦及时使用屏障挡住，才没有造成更大的破坏。
“不行！超梦的等级还是太低了，根本无法完全牵制住三圣鸟！”小智眉头紧锁，心中暗自思索，“必须想其他办法！”
就在这时，海面突然变得异常汹涌，海水被搅动得巨浪滔天，一个巨大的身影从海底快速移动，朝着亚西亚岛的方向驶来。这个身影庞大无比，即使在远处，也能感受到它身上散发出的强大气息，比三圣鸟还要威严、还要强大。
“那是什么？”小霞惊讶地说道，指着海面的巨大身影。
小智眼神一凝，心中已经有了答案：“是海神洛奇亚！传说中守护橘子群岛的神鸟，也是唯一能够平息三圣鸟愤怒的宝可梦！”
很快，洛奇亚的身影出现在众人面前。它通体灰色，腹部呈白色，翅膀宽大，边缘泛着淡淡的蓝色，头部有一个红色的突起，眼神威严而平静，周身散发着强大的水系能量，如同掌控着整个海洋的王者。
洛奇亚展翅飞翔，来到三圣鸟和超梦之间，发出一声低沉而威严的鸣叫。三圣鸟听到洛奇亚的鸣叫，攻击暂时停了下来，眼神中带着一丝敬畏，但愤怒依旧没有平息。
洛奇亚与三圣鸟展开了战斗，但它并没有使出全力，只是在战斗中不断地劝说着三圣鸟，试图平息它们的愤怒。它的水系技能温和而强大，一次次化解着三圣鸟的攻击，同时用心灵感应与它们沟通。
超梦看到洛奇亚的出现，也调整了战术，配合着洛奇亚，一起牵制着三圣鸟的攻击，不给它们继续破坏的机会。
就在这时，芙芦拉的身影出现在沙滩上，她手中拿着奉献之笛，身上穿着那身华丽的女巫服饰。她看到空中激战的三圣鸟和洛奇亚，脸上满是凝重，深吸一口气，拿起笛子，开始吹奏起来。
悠扬的笛声再次响起，比之前更加纯净、更加悠扬，带着强大的安抚力量，在空气中回荡。这一次，笛声中蕴含着对三圣鸟的敬意和对和平的渴望，仿佛能够净化一切愤怒和戾气。
洛奇亚的心灵感应声音传到了小智的脑海中：“笛声还不足以让它们停下！三个宝物在一起，配合笛声才能平息它们三个的愤怒。那个家伙选出的勇者，就拜托你了，小智！”
小智眼神坚定，点了点头：“我知道了！我这就去取另外两个宝物！”
小霞看着小智，说道：“小智，我和你一起去！”
皮卡丘也跳到小智肩头，发出“皮卡皮卡”的叫声，显然也要一起前往。
小智点了点头，朝着莎莉娜和莉莉艾所在的方向跑去。他知道，只有集齐三个宝物，配合芙芦拉的笛声，才能真正平息三圣鸟的愤怒，守护橘子群岛的和平。而这，也是他作为神奇宝贝训练家的责任和使命。
远处的天空中，三圣鸟的战斗还在继续，但在洛奇亚的劝说和超梦的牵制下，它们的攻击已经缓和了许多。芙芦拉的笛声依旧在空气中回荡，带着希望的力量，等待着三个宝物的集齐。小智一行人加快了脚步，朝着收集另外两个宝物的方向前进，一场关乎橘子群岛和平的关键任务，正式拉开了序幕。