成功晋升二阶炼金术师并留下详尽传承后，星耀没有丝毫停歇，他将目光投向了更广阔的三阶炼金领域。三阶炼金术，已然脱离了基础应用的范畴，开始触及更深层次的炼金术奥秘，其所创造的产物，足以对以上忍（对应金丹期）为核心的宇智波中坚力量产生质的提升。
凭借神农鼎那近乎无限的“试错券”和轮回眼洞悉根源的观察力，星耀开始了新的征程。三阶炼金术的复杂程度远超二阶，不仅材料更加稀有，炼制过程中需要同时调控的能量流和符文序列也呈指数级增长，对精神力的精细度与持久力提出了苛刻的要求。
他首先选择了几个具有代表性的三阶炼金项目作为突破口：
1. 上级查克拉结晶：这并非简单的能量块，而是需要将高度浓缩、且属性趋于平衡的查克拉，以极其稳定的晶体结构封装起来。上忍在关键时刻吸收，可在瞬息间恢复大半查克拉，是生死搏杀中的底牌。炼制过程需要精准控制查克拉的压缩比、元素（阴阳五行）平衡以及结晶化过程中的温度与压力，任何一个环节出错，都可能导致能量逸散或结晶结构不稳而自毁。
2. 中级精神力药剂（优化）：虽然二阶已能炼制初级，但三阶的中级药剂效果更强，旨在快速恢复大量消耗的精神力，对于维持高级幻术、精密操控大型忍具或进行长时间高强度作战至关重要。其难点在于如何将更浓郁的精神力本源安全地萃取、纯化，并与温和的载体完美融合，避免对服用者造成精神冲击。
3. 上级炼金炸弹：威力远超中级版本，融合了多种属性查克拉的变化形态，甚至能模拟出部分A级乃至S级忍术的局部效果。炼制核心在于构建一个能够暂时束缚狂暴能量的“平衡力场”，并在触发瞬间精准释放。这需要对能量封印学和瞬时符文激发机制有极深的理解。
4. 上级查克拉药剂与上级生命药剂：前者是持续恢复型药剂，能在较长时间内稳定提供大量查克拉；后者则具备了强大的治愈能力，能有效处理内脏损伤、经脉撕裂等严重伤势，甚至能一定程度上刺激肉身活性。这两种药剂的炼制，涉及到了对生命能量与查克拉能量更本质的融合与引导。
所幸，星海界物产丰饶，宇智波一族掌控的资源日益雄厚，这些三阶配方所需的主药（如某些特定的三阶灵药或蕴含特殊能量的矿石）以及大量的辅药（一、二阶灵药、矿石），都能在族库上找到。
闭关静室内，时光再次在无数次失败与成功的交替中飞逝。
炼制“上级查克拉结晶”时，星耀失败了上百次。有时是压缩过度导致晶体内部产生裂纹，有时是能量平衡微妙失调，结晶在成型瞬间属性偏转，化为无用的废晶。每一次，神农鼎都默默地将失败品回溯成原始材料，让星耀能调整参数，再次尝试。轮回眼则死死盯住结晶过程中的每一个纳米级别的变化，记录下成功的征兆与失败的诱因。
“中级精神力药剂”的优化更是对耐心的极致考验。精神力的萃取如同在刀尖上跳舞，力度稍大，本源受损，药剂无效；力度稍小，萃取不纯，效果大打折扣。星耀不记得自己有多少次因为精神力丝线控制的细微颤抖，导致整瓶药剂灵性尽失，化为浑浊的液体。但他没有放弃，每一次回溯都是一次经验的积累，他的精神力操控在这种千锤百炼下，变得如同精密的手术刀般稳定而精准。
“上级炼金炸弹”的炼制过程堪称惊心动魄，好几次因为平衡力场构建的微小瑕疵，在即将成功的前一刻引发了剧烈的能量暴走，若非神农鼎及时镇压并回溯，恐怕连静室的防御阵法都要受损。但星耀凭借其强大的实力和神农鼎的保障，硬是一次次挺了过来，逐渐掌握了那微妙的平衡点。
不知经历了多少次的青金色光华闪烁，失败的黑烟与焦糊味也早已成了常态。终于，第一枚内部光华流转、结构稳定完美的“上级查克拉结晶”成功析出；第一瓶湛蓝如星空、散发着宁静悠远气息的“中级精神力药剂（优化）”稳定成型；第一颗铭刻着复杂复合符文、内部蕴含着令人心悸能量的“上级炼金炸弹”被安全封装；第一支能肉眼可见激发生命活力的“上级生命药剂”和第一瓶蕴含磅礴查克拉的“上级查克拉药剂”相继问世。
当最后一种三阶炼金物品被成功炼制出来时，星耀周身仿佛萦绕起一种与之前不同的法则韵律，那是属于三阶炼金术师的独特气息——对物质与能量的转化达到了一个更高级别的掌控。他，正式成为三阶炼金术师！
境界的突破带来的不仅是成就感，更是向更高峰攀登的渴望。星耀稍作巩固，便毅然踏入了四阶炼金术的领域。四阶，这已是炼金术大师的级别，其造物足以影响元婴期修士的格局，触及到了灵魂、生命本源乃至规则层面的应用。
四阶的难度再次飙升。如果说三阶是在已有的规则框架内精雕细琢，那么四阶则开始尝试触摸和利用规则的丝线。星耀在四阶的修炼中，花费的时间远超之前的总和，其中绝大部分精力，都集中在了一种特殊的四阶药剂上——化婴药剂。
此药剂堪称逆天，其功效直指金丹期修士梦寐以求的关隘——凝结元婴！它能提供一种玄妙的“催化”与“庇护”之力，提升三成凝结元婴的成功率！三成，这个数字足以让任何卡在金丹大圆满的修士为之疯狂，放到万千小世界足以引起无数宗门的血腥争夺。
炼制“化婴药剂”的难度，与其价值成正比。其主材极为罕见，其中最关键的一味是四阶灵药灵婴果！这果实宇智波没找到。星耀只能花费10万经验值从从系统中购买所得，形如蜷缩的婴儿，通体散发着朦胧的灵性与法则波动，据说蕴含着一丝对“元婴”形态的先天道韵。