钟鹏举将门诊大楼顶楼设计为手术区。
打造“阁式手术区”，采用高窗，通风良好、定期熏蒸的策略。
区域划分：将手术室分为限制区（无菌区）、半限制区（清洁区）、半污染区和污染区，各区域之间设有明显标志，并配备缓冲室以减少交叉污染的可能性。
设计安装了空气净化系统：采用他自己设计的初效、中效、高效机械过滤器组合，万级层流手术室通过过滤器可去除空气中的微粒，确保空气洁净度基本上达到万级标准。
采用的万级层流净化系统，不断过滤空气中的尘埃和细菌，保持空气清洁。
同时，采用顶部送风两侧回风的方式，形成垂直气流屏障，有效阻止空气中的微粒沉降到手术台上。
（备注：万级层流手术室适用于一些对无菌要求相对较低，但仍需控制感染风险的手术，如普通外科手术（如胃肠手术、肝胆手术等）、妇产科手术、泌尿外科手术等。这些手术虽然不像心脏手术或器官移植手术那样对无菌环境要求极为苛刻，但也需要在相对洁净的环境中进行，以减少术后感染的发生。）
建筑材料：墙面和天花板使用不易积尘、易于清洗的材料，如抗静电涂料或不易锈钢板材；地面选用防滑、易清洁且抗菌的材质。
门窗设计：门选用密封性好、开关灵活的材质，减少外界空气和微生物的侵入；窗户密封良好，防止灰尘和微生物进入，自然采光，采用防紫外线、易清洁的玻璃材料。
更衣流程：钟鹏举要求所有进入手术室的人员必须更换专用的洁净服装，包括帽子、口罩、鞋套等，以防外部污染物带入。
并按照规范彻底消毒，使用他自己研发的酒精仔细清洗双手，并按照七步洗手法进行彻底清洁，必要时还需用酒精对手部进一步消毒。
钟鹏举为众医师立下了行为规范：手术室内应保持安静，禁止不必要的交谈，减少说话次数，降低因飞沫传播造成的污染风险。同时严格控制人员数量，限制非必要人员进入手术室，减少人流带来的潜在污染源。
事前的专业培训：钟鹏举对医护人员利用一些动物进行专业的培训，让他们熟悉手术室的运行流程和应急措施，培训内容包括无菌技术的理论知识、实践操作以及模拟演练，确保他们在手术过程中能够严格遵守无菌操作规范，防止交叉污染。
“真空”包裹与摆放：手术器械需经过高温消毒和蒸汽灭菌后封装于“真空”包装内，并在使用前检查包装完整性。已打开但未使用的“无菌”物品应放在指定位置，避免长时间暴露于空气中而受到污染。
对于重复使用的医疗器械，则需经过严格的清洗、消毒和灭菌过程才能再次投入临床使用。
钟鹏举已经找到可以做到近似于真空的效果的包装办法。他研制了简单的真空包装机，用来把装在陶罐和玻璃器皿里面的物品的空气抽走并密封。
无菌区域管理：一旦手术开始，护士会协助医生铺设“无菌”单，明确标记出手术部位的无菌范围，任何超出此区域的物品均视为有菌。专职的巡回护士负责监控整个手术过程中的无菌状况，及时提醒医护人员纠正违规行为。
术中无菌操作：手术团队在执行各项操作时都要格外小心谨慎，比如传递器械时要轻拿轻放，尽量避免接触非无菌部位。如果不慎破坏了无菌环境（如手套破裂），需立即更换新的无菌材料并重新建立无菌状态后方可继续手术。
钟鹏举在手术前对该名孩童详细检查：对患者进行全面细致的身体检查，包括痈疽的部位、大小、形状、质地、有无波动感，以及患者的整体身体状况，如体温、脉搏、呼吸等，以评估病情的严重程度。
物品准备：除了已有的酒精、消毒手术刀外，还准备好干净的纱布、绷带、镊子、剪刀等基本的手术器械，并确保这些器械都经过严格的酒精消毒。同时，准备好用于术后包扎和护理的敷料。
钟鹏举在两个多月前就派几个做过一些外科手术的医师到冶炼和锻造工场按照他设计的图纸研发了全套的手术用具。
钟鹏举把观摩的一百多医师隔离在一定距离的范围内，把他们用透明玻璃墙屏蔽起来。按照以前的培训，他指定了五名医护师参与此次手术。