九州重归太平的第三年，守脉人与零组联盟已在九大龙脉核心节点建立永久据点，陈夜作为联盟首领，常年穿梭各地巡查，凌玥则主持零组的秩序重建，李胖子成了联盟的“后勤总管”，小石头也成长为能独当一面的守脉人，手持守脉簪守护着秦岭龙脊。
这日，陈夜正在东海归墟据点巡查，混沌石突然从怀中飞出，表面浮现出细密的裂纹，散发出微弱的黑色波动。几乎同时，联盟的紧急通讯符集体亮起，九大据点同时传来消息：“龙脉地气异常波动，出现未知邪气，与混沌之气同源，却不属于天魔残片！”
“是混沌余波！”陈夜立刻赶回博古斋总部，将混沌石放在古籍案上。石片的裂纹越来越多，映照出九大龙脉节点的影像——每个节点的地面都出现了淡紫色的纹路，邪气顺着纹路蔓延，所到之处，草木枯萎，生灵蛰伏。
凌玥调出卫星监测数据，脸色凝重：“这种邪气比天魔邪气更隐蔽，却能缓慢侵蚀龙脉阳气，若是放任不管，九州龙脉会逐渐枯竭。”
李胖子捧着刚泡好的茶，一口喷了出来：“不是吧？刚搞定天魔和玄阴一脉，又来新麻烦？”
小石头握着守脉簪，簪身的银光与混沌石共鸣，感应到邪气的源头：“陈夜哥哥，邪气来自龙脉深处，像是混沌之气分离出的‘中性力量’，没有天魔邪气的吞噬性，却能破坏龙脉的阴阳平衡。”
陈夜翻阅《龙渊秘录》的补遗篇章，上面记载着一行模糊的上古文字：“混沌生阴阳，阴阳化龙脉，余波藏太极，失衡则生劫。”他恍然大悟：“上古封印天魔时，混沌之气被强行分为阴阳，龙脉得阳，天魔得阴，但还有一部分中性混沌余波被封印在龙脉深处，随着天魔封印加固，余波失去压制，开始反噬龙脉！”
“那该怎么解决？”凌玥问道。
“补遗上说，需要找到‘太极平衡石’，”陈夜指着文字旁的图谱，“这石头是混沌中性力量的核心，藏在龙脉的‘太极节点’——中州洛阳的龙门石窟深处，只有用九大守脉信物的共鸣之力，才能取出平衡石，中和混沌余波。”
话音刚落，洛阳据点的通讯符传来急报：“龙门石窟出现大量‘混沌傀儡’，它们由余波侵蚀的生灵转化而来，正在破坏石窟内的上古符文！”
“事不宜迟，出发！”陈夜收起古籍，混沌石的裂纹已蔓延大半，“平衡石若被傀儡破坏，混沌余波会彻底失控！”
车队直奔洛阳，龙门石窟外早已被混沌余波笼罩，淡紫色的邪气缠绕着石窟的岩壁，无数混沌傀儡在石窟内外游荡。这些傀儡形态各异，有人类、野兽，甚至还有之前被净化的蛊虫残骸，它们没有神智，只靠邪气驱动，疯狂撞击着石窟的符文岩壁。
“这些傀儡不怕普通攻击！”零组队员尝试射击，子弹穿过傀儡身体，却毫无作用，傀儡依旧我行我素。
“混沌余波形成的傀儡，需要阴阳平衡之力才能破解！”陈夜取出九大守脉信物，“凌玥，用零组的破蛊装备牵制傀儡；胖子，小石头，随我进入石窟核心；赤阳，用凤凰真火护住入口，防止傀儡逃窜！”
众人分工协作，凤凰真火形成火墙，挡住外围傀儡；零组的破蛊喷雾能暂时驱散傀儡身上的邪气，让它们动作迟缓；陈夜则带着李胖子和小石头，手持九大信物，顺着石窟通道向核心进发。