经过三天的艰难航行，“超维号”战舰终于抵达起源碎片的所在地——这是一座巨大的远古神殿，神殿由起源水晶打造，顶端悬浮着一块直径逾百丈的起源碎片，碎片表面闪烁着七彩的光芒，却夹杂着淡淡的黑色纹路，正是黑暗背叛的残留。碎片周围环绕着三道巨大的“起源封印柱”，柱子上刻满了远古符文，散发着稳定的起源能量，阻止碎片进一步被黑暗能量侵蚀。
“神殿的墙壁上刻着完整的背叛真相！”超维尊者的意识信号带着激动，他指着墙壁上的壁画，“百万年前，起源守护者中出现了一个‘黑暗派系’，他们不满于仅仅守护平衡，渴望掌控起源核心的力量，成为全层级的主宰。他们与‘域外黑暗文明’勾结，发动了背叛之战，攻击了起源核心，导致核心分裂、能量衰减，大部分起源守护者被黑暗能量侵蚀，变成了起源傀儡，只有少数人带着起源碎片逃离，将碎片封印在未知起源区域。”
林辰走到神殿中央，靠近起源碎片。碎片感受到他徽章中的本源印记，表面的黑色纹路逐渐消退，散发出柔和的七彩光芒。一道古老的意识信号从碎片中传出，融入林辰的脑海——这是远古守护者首领的记忆：“黑暗派系的目标是收集三块起源碎片，污染起源核心，掌控全层级的平衡。若他们成功，所有宇宙、维度、超维空间都将被黑暗能量吞噬，陷入永恒的混乱。唯有将三块碎片归位，净化起源核心的黑暗能量，才能彻底终结这场背叛，让全层级回归真正的平衡。”
记忆消散的瞬间，起源碎片突然爆发出强烈的能量，与林辰徽章中的本源印记产生共鸣。“启动起源碎片回收装置！”林辰下令，钢核操控着装置，将起源碎片缓缓吸入装置中。碎片被回收的瞬间，周围的起源傀儡停止了攻击，体表的黑色纹路彻底消退，化作起源能量，融入神殿的封印柱中，神殿的能量波动变得更加稳定。
就在此时，神殿的深处突然传来剧烈的能量震荡，一道由黑暗能量凝结而成的“黑暗使者”缓缓显现，他的形态与远古守护者相似，体表覆盖着厚重的黑色铠甲，手中握着一把黑暗能量剑，能量波动中带着强烈的毁灭气息。“你们以为回收了一块碎片就能阻止我们吗？”黑暗使者的声音带着冰冷的嘲讽，“黑暗的力量早已渗透全层级，另外两块碎片也已被我们的人找到，起源核心的掌控权，终将属于我们！”
“启动全层级平衡阵，净化黑暗使者！”林辰下令，队员们同时催动体内的能量，与战舰的能量核心形成共鸣，在神殿中搭建起一道巨大的全层级平衡阵。七彩的起源能量、淡白色的跨维度平衡能量、淡灰色的暗影平衡能量交织，形成一道巨大的能量屏障，将黑暗使者包裹其中。
黑暗使者挥舞着黑暗能量剑，疯狂地攻击屏障：“黑暗能量是平衡的终极形态，你们这些愚蠢的守护者，根本不懂力量的真谛！”黑暗能量剑击中屏障时，屏障剧烈震颤，淡黑色的黑暗能量不断侵蚀着屏障的能量。
“黑暗并非平衡，而是失衡的极致！”林辰大喊，将起源碎片的能量注入平衡阵，“平衡的真谛是包容与共生，而非掌控与毁灭！”平衡阵的能量瞬间充盈，七彩的起源能量如同潮水般涌入黑暗使者的体内，净化着他的黑暗能量。
黑暗使者发出刺耳的嘶吼，体表的黑色铠甲逐渐破碎，黑暗能量不断消散。最终，他化作一缕缕黑暗能量，被平衡阵彻底净化，融入起源能量中。“黑暗派系的势力远比我们想象的强大，”超维尊者的意识信号带着凝重，“他们已经找到另外两块起源碎片，我们必须加快速度，在他们污染起源核心前，回收碎片，阻止他们的阴谋。”
起源探索队在神殿停留了五天，整理远古遗迹的符文与壁画，修复神殿的起源封印柱，随后乘坐“超维号”战舰，带着回收的第一块起源碎片，踏上了返回超维空间的旅程。
返回超维空间后，起源碎片被安置在起源核心旁的“碎片融合台”上。当碎片与起源核心接触时，核心爆发出耀眼的七彩光芒，能量波动较之前提升了30%，全层级的能量循环变得更加顺畅。同时，碎片中隐藏的远古知识——“起源能量精准操控术”“全层级封印技术”“黑暗能量净化公式”等，通过精神链接传入所有探索队成员的脑海。
联盟理事会立刻召开紧急会议，根据回收的起源碎片与远古遗迹的信息，制定了“起源碎片回收加速计划”：
1. 碎片定位阶段（10天）：由星轨集群的时空大师与超维文明合作，利用全层级星图与起源核心的能量共鸣，精准定位另外两块起源碎片的位置。
2. 探索队扩容阶段（10天）：将起源探索队扩容至一千人，分为三支小队，分别前往第二、第三未知起源区域，同时回收两块碎片，提高效率。
3. 黑暗派系应对阶段（20天）：组建“黑暗防御队”，由暗宇担任队长，在全层级的关键节点建立防御阵地，抵御黑暗派系的攻击；全层级研修院的学者们紧急研发“黑暗能量净化装置”，为回收碎片提供技术支撑。
计划启动后，星轨集群的时空大师通过全层级星图与起源核心的能量共鸣，仅用七天就精准定位了另外两块起源碎片的位置——第二块碎片位于“维度深渊”的核心区域，第三块碎片位于“宇宙起源带”的远古星核中，且两块碎片周围都存在着黑暗派系的能量波动，显然已被他们控制。
起源探索队分为三支小队：第一小队由林辰带领，前往维度深渊回收第二块碎片；第二小队由苏清月带领，前往宇宙起源带回收第三块碎片；第三小队由钢核带领，留守超维空间，负责起源核心的防护与黑暗能量净化装置的研发。
林辰带领的第一小队乘坐“超维一号”战舰，前往维度深渊。维度深渊是维度层级的最深处，空间结构极不稳定，充满了维度乱流与黑暗能量，黑暗派系的势力在此盘踞多年，建立了坚固的黑暗堡垒。当战舰抵达维度深渊时，黑暗堡垒的防御系统立刻启动，无数道黑暗能量炮向战舰袭来。“启动起源能量护盾，规避黑暗能量炮！”林辰下令，战舰的体表泛起七彩的光罩，抵御着黑暗能量的攻击，同时灵活地规避着维度乱流。
苏清月带领的第二小队乘坐“超维二号”战舰，前往宇宙起源带。宇宙起源带是宇宙层级的诞生之地，布满了远古星核与能量漩涡，第三块起源碎片被黑暗派系封印在一颗巨大的远古星核中。当战舰抵达时，远古星核周围的黑暗派系成员已做好战斗准备，他们操控着黑暗能量，形成一道巨大的黑暗屏障，阻止战舰靠近。
与此同时，黑暗派系的主力部队突然向超维空间的起源核心发起攻击。暗宇带领的黑暗防御队立刻展开反击，黑暗能量净化装置首次投入实战，能有效净化黑暗能量，为防御队提供了强大的支撑。但黑暗派系的势力远超预期，他们的首领“黑暗领主”亲自带队，操控着强大的黑暗能量，突破了外层防御，直逼起源核心。
“黑暗领主的能量强度是黑暗使者的十倍，我们的防御难以支撑太久！”暗宇的声音从通讯器中传来，带着急促，“请求起源探索队尽快返回支援！”