风暴核心的黑色漩涡中，无数混沌符文正在快速旋转，维持着风暴的运转。秦羽将星脉剑刺入漩涡，时序能量与平衡能量爆发，试图驱散混沌符文。但漩涡突然爆发出强光，混沌始祖的残魂虚影从漩涡中浮现，一把抓住秦羽的手臂，将他朝着漩涡深处拉扯：“你的平衡能量正好能作为风暴核心的燃料！乖乖成为我的祭品吧！”
秦羽的身体被混沌能量包裹，感觉体内的时序能量正在快速流失。就在此时，青铜令牌突然爆发出耀眼的光芒，时序圣殿的方向传来一道威严的声音：“守护者，用共生印记链接我的意识！”时序之主的意识残魂化作一道银色流光，融入秦羽的共生印记，印记上的银色符文瞬间暴涨，形成一道巨大的时序光刃。
“以时序之主之名，斩破混沌！”秦羽怒吼一声，握着时序光刃的星脉剑朝着混沌残魂的虚影斩去。光刃与混沌能量碰撞，爆发出贯穿时间星海的光芒，混沌残魂的虚影发出凄厉的嘶吼，被光刃彻底净化。失去混沌能量支撑的风暴核心，黑色漩涡开始快速收缩，灰色的时间乱流逐渐平息。
当秦羽返回时序圣殿时，曦和与青禾正站在圣殿中央的水晶台旁，水晶台上悬浮着一枚菱形的银色晶体，晶体内部流淌着时间能量，正是时间平衡密钥。时序之主的意识残魂在水晶台上方凝聚成半透明的身影，朝着秦羽微微颔首：“守护者，感谢你阻止了混沌势力的阴谋。这枚密钥能稳定多宇宙的时间线，但要彻底解决时间风暴的隐患，还需要激活时序文明的‘时间核心’。”
水晶台下方的地面突然裂开，一座巨大的能量装置缓缓升起，装置中央的凹槽与时间平衡密钥的形状完全契合。“时间核心需要密钥激活，激活后时序文明的沉睡者将苏醒，重新守护时间平衡。但激活过程中，会产生强烈的时间能量波动，可能会吸引更多的混沌势力前来。”时序之主的意识残魂传递来核心的激活方法，“需要你、曦和、青禾的能量与密钥同步，才能完成激活。”
秦羽刚要将密钥放入凹槽，艾拉的紧急警报再次响起：“秦羽总指挥官！奇点外围出现大量混沌舰队！数量超过百艘，为首的是混沌势力的‘灭时舰’，舰身装有能冻结时间的‘时间停滞炮’！”
时序之主的意识残魂脸色凝重：“是混沌势力的主力舰队！他们应该是感知到了风暴核心的能量波动赶来的。时间核心的激活不能中断，否则会引发更严重的时间爆炸。我会用残余的意识能量强化圣殿的防御，你们尽快激活核心！”
秦羽将时间平衡密钥放入凹槽，与曦和、青禾并肩而立，三人的能量同时注入核心装置。金色的辉光能量、翠绿的生命能量、金紫银三色的共生能量交织成一道巨流，涌入密钥与核心的链接处。密钥的银色光芒与核心的能量装置爆发，圣殿的墙壁上浮现出无数时序符文，组成一道覆盖整个圣殿的巨型防御阵。
圣殿外，混沌灭时舰的主炮已凝聚完成，一道灰色的时间停滞光束射向圣殿的防御阵。光束击中符文的瞬间，防御阵的部分符文被冻结，无法流转。雷牙的舰队立刻发起攻击，混沌平衡能的光雨砸向混沌舰队，但面对数量众多的敌人，防御圈很快出现缺口，数艘机械舰被混沌能量击中，化作燃烧的残骸。
“激活进度已达70%！再坚持三分钟！”时序之主的意识残魂用自身能量解冻被冻结的符文，防御阵的光芒重新亮起，“秦羽，混沌舰队的核心是灭时舰的时间停滞炮，摧毁它就能瓦解他们的攻击！”
秦羽看着水晶台上逐渐亮起的时间核心，知道不能让激活功亏一篑。他将共生印记的能量与“共生号”链接，通过通讯对雷牙喊道：“雷牙，用所有混沌平衡能牵制灭时舰的主炮！艾拉，将‘共生号’的八域共生炮与我的星脉剑同步，我来摧毁时间停滞炮！”
雷牙的舰队突然加速，朝着灭时舰发起冲锋，混沌平衡能化作一道巨大的光盾，挡住了灭时舰的下一次攻击。艾拉的操作飞速，“共生号”的八域共生炮凝聚着所有能量，与秦羽手中的星脉剑形成能量链接。秦羽将时序能量与平衡能量全部注入剑中，一道贯穿圣殿与星海的光刃射向灭时舰的主炮舱。
光刃击中时间停滞炮的瞬间，炮身发生剧烈爆炸，灭时舰的核心舱被波及，黑色的混沌能量四处飞溅。失去主炮的混沌舰队陷入混乱，雷牙抓住机会带领舰队发起总攻，混沌平衡能的光拳如暴雨般落下，将混沌舰队的防御圈彻底击溃。
就在混沌舰队开始撤退时，时间核心的激活进度终于达到100%。银色的能量波从核心中爆发，席卷整个时间奇点，原本紊乱的时间碎片被重新排序，星海中的时间能量变得稳定。时序圣殿的大门缓缓打开，无数穿着银白色长袍的时序文明沉睡者苏醒，走出圣殿，他们的手中握着能操控时间能量的武器，准备加入守护时间平衡的战斗。
秦羽站在圣殿的顶端，看着逐渐恢复秩序的时间星海，以及正在清理混沌残余势力的联盟舰队，胸前的共生印记与时间平衡密钥产生共鸣，发出柔和的光芒。时序之主的意识残魂拍了拍他的肩膀：“守护者，时间平衡的守护之路还很长，混沌势力不会善罢甘休。但现在，我们有了共同战斗的伙伴。”
“共生号”的引擎重新轰鸣，时序文明的战舰组成新的舰队，与联盟舰队并肩而立。秦羽的目光投向时间奇点外的星空，那里是混沌势力的方向，也是新的战场。他握紧手中的星脉剑，知道这场守护多宇宙平衡与时间秩序的战争，虽未结束，但他们已拥有了新的希望与力量。