星运号的舰桥内，商船船长——一名体表晶体已出现黑色纹路的岩晶族战士，正操控着能量装置，他的双眼失去了光泽，口中不断念叨着：“寂灭深渊的意志，将笼罩整个星宇……”当秦羽等人突破舰身的寂灭屏障时，他突然激活了商船的防御系统，无数岩晶炮管从舰身伸出，炮口凝聚着黑色的寂灭能量。
“光韵能量·束缚！”羽澈带领光翼族战士立刻释放光韵能量，彩色的能量锁链将炮管牢牢缠住，阻止其开火。青禾则释放生命藤蔓，绿色的藤蔓顺着舰身的能量线路蔓延，净化着被污染的能量节点。秦羽走到船长面前，星宇平衡核心释放出柔和的七彩能量，覆盖住船长的身体。
“平衡能量·意识净化！”秦羽将能量注入船长体内，灵脉感知顺着能量深入他的意识海，发现一枚黑色的意识孢子正盘踞在意识核心，不断释放寂灭能量。秦羽小心翼翼地用平衡能量包裹住意识孢子，将其从意识核心剥离出来，再用自然能量修复受损的意识海。船长的身体剧烈颤抖，体表的黑色纹路逐渐消退，双眼恢复了清明。
“秦羽总指挥官……我……”船长清醒后，看着被污染的商船与能量装置，眼中满是愧疚，“我们在迷雾星域的贸易港停靠时，接触了一批‘特殊货物’，没想到里面藏着意识孢子，船员们陆续被控制，我也没能幸免。”
就在此时，星运号的货舱突然传来剧烈爆炸，黑色的寂灭能量冲破舰身，一名被意识孢子深度控制的船员，引爆了装载岩晶材料的货舱。“是深渊的死士！他想让岩晶材料与寂灭能量融合，形成更强大的污染源！”莉娜的探测仪发出警报，货舱内的岩晶材料已开始吸收寂灭能量，表面浮现出锋利的黑色晶体。
“艾拉，用深渊能量转化器吸收货舱的寂灭能量；科恩，用空间锚点封锁货舱区域，防止能量扩散；青禾，用生命藤蔓包裹住被污染的岩晶材料，阻止其异化！”秦羽冲向货舱，星脉剑劈开迎面而来的黑色晶体，“平衡能量·领域封印！”他在货舱周围构建出七彩结界，将爆炸产生的寂灭能量牢牢困住。
艾拉的深渊能量转化器在货舱外启动，蓝色的晶体装置全力运转，吸收着浓郁的寂灭能量。科恩的空间锚点则将货舱与商船主体分割开来，形成独立的封闭空间。青禾的生命藤蔓如潮水般涌入货舱，缠绕住被污染的岩晶材料，绿色的自然能量不断净化着材料中的寂灭能量，黑色晶体逐渐恢复成原本的紫色。
引爆货舱的船员已彻底被寂灭能量吞噬，化作一只小型寂灭生物，嘶吼着冲向秦羽。秦羽一剑将其斩杀，黑色的能量粒子被转化器吸收。经过一个时辰的清理，货舱的寂灭能量已被完全吸收，被污染的岩晶材料也恢复了纯净，贸易航道的能量节点在净化塔的作用下，逐渐恢复正常。
在后续的调查中，联盟发现那批“特殊货物”来自一个未知的星际组织，该组织在多个文明的贸易港都设有据点，专门通过走私货物传播意识孢子与潜伏能量。“这是寂灭深渊的‘渗透网络’，通过伪装成商业活动，在星宇内部制造混乱，为全面入侵做准备。”秦羽在联盟紧急通讯会议上，将调查结果通报各族，“我们必须立刻开展‘清网行动’，由光韵侦察军团负责调查未知组织的据点，空间机动军团负责突袭抓捕，各族配合清查境内的贸易港与运输航道。”
清网行动在星宇范围内全面展开。光翼族的光韵能量能穿透能量伪装，精准定位未知组织的据点；影纹族的空间锚点能瞬间封锁目标区域，防止敌人逃脱；核心突击军团则负责攻坚，清除被意识孢子控制的渗透者。短短十天内，联盟就捣毁了17个未知组织的据点，捕获了53名被控制的渗透者，收缴了大量用于传播意识孢子的特殊货物。
在岩晶星域的一个隐藏据点中，联盟发现了一份加密文件，解密后揭示了深渊渗透的核心计划：“百年渗透计划”——通过意识孢子控制各族关键岗位的人员，污染星宇的能量节点，最终在界域屏障的薄弱点同时引爆寂灭能量装置，为深渊大军打开入侵通道。文件末尾，还标注着一个位于“寂灭深渊边缘”的坐标，疑似深渊渗透网络的核心基地。
“平衡号”的舰桥内，秦羽看着解密后的文件，星宇平衡核心与原始平衡核心产生共鸣，投射出该坐标的能量图景：“这个核心基地位于星宇与寂灭深渊的过渡区域，空间结构极不稳定，布满了空间裂缝与寂灭能量流。但这里也是深渊渗透网络的中枢，摧毁它就能彻底瓦解百年渗透计划。”
青禾走到他身边，星语草的金色种子散发着柔和的光芒：“这个区域的寂灭能量浓度极高，普通防御措施难以抵御。我们可以用金色种子培育‘净化之树’，将其种植在基地周围，形成大范围的净化领域，削弱寂灭能量的影响。”
秦羽点头，转身走向指挥台，声音传遍整个舰桥：“通知联盟各族，集结五大军团主力，三天后在界域屏障的‘星门枢纽’集合。本次任务——捣毁深渊渗透核心基地，彻底粉碎百年渗透计划！”“平衡号”的灯光在星空中亮起，如同一柄指向深渊的利剑，星宇联盟的反击，正式拉开序幕。