小智和皮卡丘一起跑步，锻炼耐力；喷火龙则在天空中飞行，练习速度和闪避；比雕和化石翼龙一起进行空战训练，提升飞行技巧。
巨沼怪和杰尼龟在附近的河流中练习水系技能，增强攻击力；班吉拉斯和火爆猴则在森林中进行力量训练，撞击树木，锻炼肌肉。
艾路雷朵和妙蛙种子练习技巧和控制，提升技能的精准度；耿鬼和黑鲁加则在夜间进行隐蔽训练，增强偷袭能力。
林孝会根据每只宝可梦的特性和弱点，制定针对性的训练计划。比如，针对喷火龙的 “猛火” 特性，林孝会让它在体力消耗到一定程度时，集中精力释放强力技能，提升特性的触发效率。
针对皮卡丘的电气属性，林孝会让它在雷雨天进行训练，吸收空气中的电气能量，增强技能威力。
在训练过程中，他们也会遇到野生宝可梦的挑战。
五十年前的神秘之森，野生宝可梦的等级虽然不如未来高，但数量更多，种类也更丰富。他们遇到过 45 级的野生大针蜂群、50 级的野生霸王花、55 级的野生暴鲤龙，每一次战斗，都是一次宝贵的经验。
小智的宝可梦成长速度惊人，尤其是皮卡丘和喷火龙。皮卡丘在电气球的加持下，技能威力越来越强，“十万伏特” 甚至能一击击败 50 级的野生宝可梦；喷火龙的 “火焰放射” 也变得更加炽热，能轻松融化岩石。
妙蛙种子和杰尼龟在经过认真思考后，终于决定取下不变之石，选择进化。
在一个阳光明媚的早晨，妙蛙种子的身体开始发光，它的体型变得更大，背上的种子长成了盛开的花朵，进化成了妙蛙花；杰尼龟也随之发光，体型变大，龟壳上长出了尖锐的棱角，进化成了水箭龟。
进化后的它们，实力大幅提升，妙蛙花的 “阳光烈焰” 和水箭龟的 “水炮”，都拥有了极强的破坏力。
时间一天天过去，转眼间，他们已经在五十年前的神秘之森中训练了一个多月。
宝可梦们的等级都有了显着提升，林孝的宝可梦：耿鬼 65 级、艾路雷朵 63 级、巨沼怪 62 级、黑鲁加 62 级、班吉拉斯 62 级、化石翼龙 61 级。
小智的宝可梦：皮卡丘 43 级、喷火龙 42 级、妙蛙花 41 级、水箭龟 41 级、比雕 40 级、火爆猴 40 级。
这天，他们正在森林中进行训练，突然听到了一阵 “嗡嗡” 的声音。林孝立刻示意大家停止训练，警惕地朝着声音来源处望去。
只见一个穿着蓝色运动服的小男孩，正慌慌张张地从森林深处跑来，他的身后跟着一只通体金色的独角虫 —— 那是一只闪光独角虫！
小男孩看起来约莫十岁出头，比小智还要小一些，脸上满是汗水和惊慌。
“等等！前面的朋友，快帮帮我！” 小男孩看到林孝和小智，立刻大喊起来，“后面有野生的大针蜂在追我！”
林孝和小智对视一眼，立刻做好了战斗准备。林孝下令：“黑鲁加，用喷射火焰！艾路雷朵，用幻象斩！”
黑鲁加立刻喷出一道炽热的火焰，艾路雷朵则凝聚出锋利的幻象斩，两道攻击朝着小男孩身后的方向飞去。
很快，几只 40 级的野生大针蜂从森林中飞出，被火焰和幻象斩击中，纷纷坠落，失去了战斗能力。
小男孩松了口气，瘫坐在地上，大口喘着粗气。他的闪光独角虫则飞到他的身边，担忧地 “嗡嗡” 叫着。