不久后，一份关于 “倭地切支丹余孽请愿及都护府处置方略” 的奏报，经驿传送至北京紫禁城养心殿。
崇祯皇帝仔细阅读着奏章。当看到“十字架”、“天主”、“请愿” 等字眼时，他的眉头微微皱起，流露出本能的反感。作为儒家天子，他对任何挑战纲常名教的异端邪说都有着天然的警惕。奏章中也附上了陈子壮援引 《大明律》 的反对意见。
然而，当他看到范文程分析的 “可间可利用，以分倭人之势” 以及多尔衮 “有限准许，严加管控” 的最终决断时，他的神色恢复了平静，甚至露出一丝难以察觉的赞许。
“王承恩。”
“奴婢在。”
“前朝 万历年间， 利玛窦 等 泰西教士 入京， 所凭 何物？”
“回皇爷，凭 天文历法、 自鸣钟 等 奇技， 以及 附会 儒学。 然 其 传教 之心 不死， 终被 朝廷 所禁。**”
“嗯。” 崇祯目光深邃，“ 倭地 之 切支丹， 与 利玛窦， 同源而异流。 于 我 中土， 其为 祸患； 于 倭地， 或可 为 利刃。
多尔衮 与 范文程， 此番 处置， 倒是 颇合 ‘ 因地制宜’ 之要义。**”
他走到《坤舆万国全图》 前，目光扫过欧洲和日本。
“传旨。”
“一、 谕令礼部、鸿胪寺：‘ 倭地 切支丹 事， 准 扶桑都护府 所议， 乃 权宜之计。 然 需 明发 训谕： 此 乃 特例， 仅限 倭地， 绝不 可 行于 中土！ 凡 我 大明 臣民， 敢有 私习 此教 者， 以 左道 论处！” （划清界限，严防渗透）
“二、 密旨多尔衮、范文程：‘ 尔等 分化 之策， 朕已 洞悉。 可用 其 情， 不可 信 其 教； 可 使 其 相争， 不可 令 其 坐大。 尤需 警惕 其 与 澳门 葡夷 或 吕宋 西夷 暗中 勾结。 一切 需 在 都护府 严密 监控 之下。” （肯定策略，强调控制与警惕外联）
“三、 着 锦衣卫 派驻 倭地 坐探， 将 切支丹 主要 头目、 聚会 地点、 与 外界 联系 等 情状， 密查 清楚， 单线 呈报。” （独立监控，制衡都护府）
“四、 告诉 宋应星， 其 编纂 《 天工开物·倭部》 时， 可 留意 采集 切支丹 中 是否 有 精通 医术、 历算、 铸炮 之 人才， 若 有， 可 ‘ 礼聘’ 至 格物院 效力。” （榨取技术价值）
崇祯的决策，再次体现了他实用主义的统治哲学：在确保核心利益和意识形态安全的前提下，最大限度地利用一切可利用的资源，哪怕是危险的“异端”。他对切支丹的默许，并非出于宽容，而是出于统治策略的冷血计算。
岛原半岛的切支丹们，感激涕零地迎来了“有限自由”。废弃的教堂被简单修缮，秘密的聚会转为半公开。他们成为了都护府在基层的眼线，提供关于浪人或敌对豪族的情报，换取微薄的赏金和喘息之机。
然而，佛寺和神道教势力对此极度不满，与切支丹的冲突时有发生。而切支丹内部，也对“与异教徒统治者合作”的路线产生了分歧。宗教矛盾与民族矛盾、阶级矛盾交织在一起，使得九州的统治局面更加复杂。
在名护屋城，多尔衮收到北京的旨意后，心中稍安。他知道，自己这步险棋得到了皇帝的默许。但他也更加警惕，下令加强对切支丹的监控，尤其防范其与海外势力的联系。