文华殿东暖阁，崇祯皇帝对侍立的司礼监掌印太监王承恩、兵部尚书、户部尚书 吩咐道：
“扶桑新设， 百事待举。然， 首要者，在于 定章程，明权限。**”
“一、 着 户部、兵部 会同 ，速定 《扶桑都护府钱粮则例》 与 《驻军粮饷奏销条例》 。明确 ：都护府 岁入 （含田赋、商税、矿课），几成 留用，几成 解京；驻军饷银、粮秣，由 何处 起运，如何 核销。此事， 由陈子壮 主理，多尔衮 副署，但 最终 报部 核定。**” （牢牢控制财政大权）
“二、 告诉 耿精忠， 其 麾下 水师， 一应 补给、修船， 仍 走 登莱水师 渠道， 定期 向 天津 禀报。 九州 沿岸 防务， 需 与 陈子壮 会商。” （保持水师相对独立，双向汇报）
“三、 命 吏部， 此后 都护府 所属 流官 考核， 需 增加 ‘ 与 都护 协作’
一项， 由 多尔衮 出具 评语， 但 最终 等第， 由 吏部 定夺。” （赋予多尔衮部分人事建议权，但决定权在中央）
“四、 给 宋应星 去函， 其 所请 于 九州 设 ‘ 格物院’
分院 之事， 准。 可 先从 勘探 矿藏、 绘制 舆图 着手。 一应 成果， 直接 报送 工部 与 朕。” （技术情报渠道独立）
“五、 谕令 多尔衮： ‘ 九州 初附， 民心未稳。 当 以 抚慰 为主， 慎用 刀兵。 遇有 大事， 当 与 陈、耿 二位 副都护 及 诸 流官 协商 办理， 联衔 上奏。’ **” （明示集体决策、分权制衡原则）
这番安排，将扶桑都护府打造成了一个权力相互制约的机构。多尔衮拥有军事指挥权和最高名义，但行政、财政、人事、监察、情报等关键权力被分散并直接对中央负责，如同给他套上了无形的却坚实的锁链。
名护屋城都护府大堂，多尔衮端坐在都护主位之上，接受属官拜贺。他手持麟符，身着御赐蟒袍，威严无比。但当他看到下手分坐的陈子壮、耿精忠，以及那一排目光精明、举止有度的流官时，心中并无多少喜悦，反而升起一股沉重的压力。
他明白，崇祯皇帝给予了他荣耀和权力，但也给他设置了重重藩篱。他不再是那个在虾夷地和九州战场上可以独断专行的镇东将军了。如今，他每项命令，都需要考虑文官系统的配合，财政需要陈子壮的副署，与本土的联系受耿精忠的制约，甚至手下多了许多直接向北京汇报的“眼睛”。
“范先生，” 晚间，他在密室中对范文程叹道，“陛下此举…… 是信不过我啊。”
范文程低声道：“王爷， 此乃帝王常态。陛下既要用王爷 之能， 又要防王爷之势。如今局面， 看似束缚， 实为 保全。 王爷只需 谨守臣节， 办好差事， 将这扶桑之地， 治理得井井有条， 陛下自然安心， 王爷亦可永享富贵。”
多尔衮默然良久。他知道，自己已彻底被绑上了大明的战车，未来的命运，与这个扶桑都护府以及北京紫禁城里的那位皇帝，紧密相连。他必须在这权力的枷锁下，舞好这根沉重的权杖。
大明扶桑都护府的建立，标志着明朝对日战争的军事征服阶段基本结束，进入了更为复杂的统治消化阶段。九州岛上，明朝的屯田兵开始圈占土地，矿监深入山区勘察，市舶司的官吏在长崎清点货物、制定税则。