缺口处的抵抗被粉碎后，护乡军如同潮水般涌入城内。战斗迅速转变为残酷的巷战。
守城的武士和浪人展现了惊人的悍勇，他们利用房屋、街垒进行殊死抵抗，发起了绝望的玉碎冲锋。但在护乡军燧发枪齐射和手投轰天雷（大型手榴弹）面前，这种武士道的冲锋，成了最惨烈的自杀。街道上铺满了残缺不全的尸体。
随着“三日不封刀”的命令传开，城内的地狱景象开始了。杀红了眼的护乡军士兵（尤其是那些对日本人怀有世仇的满洲兵和饱受压榨的流放汉人），开始无差别地屠杀、抢劫、强奸、纵火。哭喊声、求饶声、狂笑声、兵刃砍杀声、房屋燃烧的噼啪声，交织成一曲末日悲歌。古老的岛原城，彻底沦为人间炼狱。
数日后，一份关于 “岛原城攻克，歼敌三千余，已实行肃清” 的捷报，以及另一份来自随军监察御史密奏的 “破城后军纪涣散，屠戮过甚，恐失民心” 的报告，同时摆在了北京紫禁城崇祯皇帝的御案上。
崇祯首先仔细阅读了捷报中的数据：消耗火药xx斤，炮弹xxx发，燧发枪弹xxxxx颗；我军阵亡xx人，伤xxx人；毙敌约xxxx人，焚毁粮仓xx座……
他对具体的屠杀细节毫无兴趣，只关注战果与损耗的比率。
“嗯。” 他微微颔首，“火炮之威，果如预期。燧发枪阵，确能克制倭人悍勇。” 这验证了新式武器的效能。
然后，他拿起那份关于“屠城”的密奏，扫了一眼，便随手丢在一边。他对王承恩说道：
“御史迂腐。”
“陛下……屠戮过甚，恐使倭人同仇敌忾……”
“哼。” 崇祯冷笑一声，“倭人，畏威而不怀德。”
“岛原一下，九州震恐。 杀一城，可慑百城。让那些西国大名知道，抗拒的代价。他们若惧而请降，或离心离德，于我更为有利。**”
“至于‘民心’？” 他走到东亚地图前，手指划过九州，“待朕王化所至，自有民心。 如今，只需让其惧。”
“传旨嘉奖多尔衮，赐金百两，缎五十匹。对其‘用兵果决’表示知晓即可，不必明言屠城之事。”
“另，密令李嘉南，北洋舰队可向长崎方向巡弋，施压，但勿与荷兰商馆冲突。”
“再令宋应星，新一批‘迅雷’炮和防水火药，可按计划拨付了。”
他的算计冷酷至极：肯定战术胜利，默许战术恐怖，以达成战略威慑。岛原城的鲜血，在他眼中，只是棋盘上用来吓阻对手的一抹红色颜料。他要让日本在恐惧中分裂，从而为大明后续的介入创造最佳时机。
岛原城的烈焰燃烧了三天三夜，最终化为一片焦黑的废墟。城下町被劫掠一空，尸骸枕藉，宛如鬼域。
“岛原屠城”的消息，如同瘟疫般迅速传遍九州，甚至震动了江户。九州诸藩，从之前的观望、轻视，变成了极大的恐惧。一些实力较弱的大名开始秘密商议是否向“明国”将军（指多尔衮）请降；而像萨摩、长州等强藩，则加紧了战备，同仇敌忾之心反而有所增强。
多尔衮站在还在冒烟的岛原城废墟上，望着南方更广阔的土地。初战的残酷胜利，极大地鼓舞了士气，也掠夺了大量物资。但他心中清楚，征服才刚刚开始，统治更是漫漫长征。脚下的焦土和血海，究竟是帝国的基石，还是埋葬自己的坟墓，犹未可知。
而遥远的北京，崇祯在批阅了又一份关于河南赈灾的奏章后，才再次拿起那份来自九州的报告。他只是在写有“岛原已平，九州门户洞开”的字句旁，用朱笔淡淡划了一道线。
他的目光，已投向奏章中另一条不起眼的信息：“据报，荷兰东印度公司船只，近日频繁出没于平户附近海域。”