就在洪承畴的主力在吐鲁番盆地击溃准噶尔铁骑，声威震动天山南北的同时，一支如同从地狱中钻出的军队，出现在了叶尔羌汗国最意想不到的方向——其东部腹地。
由暗卫四大统领李伟军、李二雄、李卫华、周雄率领的“青海商队”奇袭部队，历经数月艰难跋涉，穿越了被视为天堑的阿尔金山隘口，如同神兵天降，突然出现在且末、若羌一带的绿洲！
这支队伍早已褪去商旅伪装，亮出了锋利的獠牙。他们虽然人数不过数千，但极其精悍，装备精良，更携带着可快速拆装的轻型火炮和大量燧发枪。他们的出现，彻底打乱了叶尔羌汗国的防御部署。
叶尔羌东部各城的守军兵力薄弱，猝不及防。在暗卫精准的斩首行动和迅猛的突击下，且末守将开城投降，若羌望风归附。
奇袭部队以雷霆之势，沿着车尔臣河快速西进，兵锋直指叶尔羌汗国的东部门户——精绝、扜泥等城。
一时间，叶尔羌汗国东部谣言四起，风声鹤唳，通往汗国首都叶尔羌城（莎车）的东线大门，已然洞开！
几乎在同一时间，洪承畴在稳定吐鲁番地区后，亲率明军主力，浩浩荡荡沿天山南麓西进。大军并未强攻坚城，而是采取 “攻城为下，攻心为上”的策略。
明军首先兵临库车。
洪承畴遣使入城，递交《谕库车诸官民檄》，宣布：“王师此来，只为讨伐逆酋，恢复汉唐旧疆。顺者秋毫无犯，官复原职；逆者城破之日，玉石俱焚！”
库车城主阿奇木伯克本就与叶尔羌大汗有隙，又慑于明军兵威，在象征性抵抗一天后，便开城归降。洪承畴践行诺言，厚待降官，库车安然无恙。
消息传开，产生连锁反应。
阿克苏、乌什等城纷纷效仿，或降或走。
明军主力几乎兵不血刃，连下数城，兵锋直指叶尔羌汗国的心脏地带。
洪承畴每下一城，便张贴安民告示，废除叶尔羌的苛捐杂税，任用本地望族协助管理，秩序井然。
此时，叶尔羌汗国首都叶尔羌城内，已是一片末日景象。东有奇兵深入腹地，北有主力大军压境，败报频传。
大汗阿卜杜拉（史实人物，时任叶尔羌汗）又惊又怒，意图集结最后兵力，与明军决一死战。
然而，以他的弟弟伊思玛业勒（史实人物，后继位为汗）为首的主和派（主要由部分地方伯克、和卓宗教势力及商人集团组成），势力迅速抬头。
主和派看得非常清楚：明军战力恐怖，绝非己方能敌；且明军对待归顺者政策宽大，抵抗只有死路一条。
更重要的是，明军承诺保护商路，这对于掌控丝绸之路贸易的和卓和商人集团来说，具有致命的吸引力。
相反，大汗阿卜杜拉的顽固，只会将整个汗国拖入深渊。
一场宫廷政变在暗流中酝酿。
暗卫的渗透在此刻发挥了关键作用。
李卫华乔装潜入叶尔羌城，秘密会见了伊思玛业勒和主和派首领，出示了洪承畴的密信和崇祯皇帝的诏书（许以高官厚禄，承认其宗教地位），坚定了他们政变的决心。
崇祯八年正月，在一个寒冷的夜晚，伊思玛业勒联合宫廷卫队发动政变，软禁了大汗阿卜杜拉。