西南战事的硝烟逐渐散去，但空气中弥漫的紧张感并未消失，而是从军事对抗转向了一场更为深刻、触及根本的变革。
对秦良玉和崇祯皇帝而言，军事上的“犁庭扫穴”只是手段，真正的胜利，在于能否成功实施接下来的 “改土归流”——这场旨在将帝国秩序彻底根植于西南疆土的政治与社会革命。
其核心，不仅是更换统治者，更是要摧毁延续千年的土司封建农奴制度的经济基础与社会结构。
战争的胜利，为推行最彻底的政令扫清了武力障碍。
秦良玉以雷霆手段，开始了对旧有政治秩序的清算与重建。
在叛乱的核心区——水西宣慰司（安邦彦）、永宁宣抚司（奢崇明）等地，秦良玉发布《废司设流告谕》，宣布永久废除其土司建制及一切特权。
安氏、奢氏宗族近支作为“逆酋”，或已伏诛，或被押解进京，其家族势力被连根拔起。
告谕明确声明：“此等逆恶，世袭之职永革，子孙永不叙用！” 展现了前所未有的决绝态度。
在原水西地区，设立水西府（治所大方），下辖黔西州、平远州等；在原永宁地区，设立永宁县（后升府），归四川省直辖。
这些新设立的府、州、县，其最高长官——知府、知州、知县，全部由朝廷直接从湖广、江西、浙江等内地科举出身的官员中选派。
这些“流官”与当地豪强无任何瓜葛，任期有限（通常三年一考），完全听命于中央，能最大程度地避免地方势力坐大，确保朝廷政令畅通无阻。
他们带来了内地的户籍管理制度、司法体系与儒家教化理念。
对于在叛乱中始终忠于朝廷的酉阳宣慰司、石砫宣慰司（秦良玉本家）等土司，朝廷则采取了 “存其名而削其权” 的策略。
予以保留名号，作为“忠顺典范”进行褒奖，但其兵权、司法权、税收权被大幅削减，置于新设的流官知府、兵备道的严密监管之下。
此举既安抚了忠顺者，也昭示了所有土司：顺者存，逆者亡，但存者亦需恪守朝廷法度。
这是整个“改土归流”战略中最核心、最具颠覆性的一环，直指土司统治的根基——土地垄断与人身依附关系。
秦良玉从军中抽调精干吏员，并奏请朝廷户部派遣精通算学的专员，组成庞大的 “清丈田亩使团” ，在军队的护卫下，对所有没收的叛逆土司、土目、头人的庄园、山林、草场进行地毯式清查、丈量、登记造册。
过程公开，允许原耕种的农奴在场见证，以防胥吏舞弊。
此举彻底摸清了被隐藏数百年的土地资源，为重新分配提供了依据。
清丈完毕后，秦良玉颁布《均田令》，宣布将这些没收的土地，按“丁口”（每户成年男丁数量）平均分配给原隶属于这些土司的“娃子”（农奴）以及无地、少地的贫苦山民、平民。
每户分得的土地面积均有法定下限，确保基本生存。
最关键的一步是，由大明户部统一印制、盖有户部大印和皇帝玉玺的正式地契，会颁发到每一户受田百姓手中。