崇祯五年十月至六年春（1633-1634年）
接过崇祯皇帝赐予的尚方宝剑与总督川、湖、云、贵军务的重任，秦良玉没有丝毫迟疑。
她深知，皇帝要的不是击溃，而是根除；不是招抚，而是重塑。
她的战略，摒弃了一切怀柔与妥协，只剩下钢铁般的意志与精准如外科手术般的打击：兵分三路，以“犁庭扫穴”之势，彻底清除所有抵抗力量和组织，为接下来的“改土归流”铺平道路。
中路：直捣水西（主力——秦良玉亲率）
目标： 安邦彦的老巢，水西宣慰司腹地（今贵州大方、毕节一带），彻底铲除叛乱核心。
兵力： 白杆军主力两万，配属李由所部鲁军精锐五千（携带重型攻城炮），辅以熟悉地形的投降土司向导。
叛军预料秦良玉会从防守相对薄弱的东面进攻。
然而，秦良玉却选择了一条险路——强渡乌江天险。
在投降土司的指引下，白杆军利用其擅长的山地行军与架设索桥的能力，夜间潜渡，一举突破乌江防线，如同神兵天降，出现在水西腹地。
面对叛军凭借险要地势修建的层层寨堡，秦良玉一改以往强攻伤亡大的战法。
大军所至，先是派出使者劝降，申明“只诛首恶，胁从不问”。
若遇抵抗，则轻型野战炮前出，对寨门、箭楼进行精准轰击；若寨堡坚固，则调集鲁军携带的重型攻城炮，直至将寨墙轰塌。
寨破之后，负隅顽抗的土目、头人及其核心党羽，一律就地处决，枭首示众。
其家产抄没，充作军饷。对于安邦彦的直系亲属和铁杆追随者，则严密搜捕，一个不漏，全部擒拿，以囚车装载，派重兵押解进京，由朝廷明正典刑，以儆效尤。
主力大军过后，秦良玉派出无数支由白杆军小队和投降向导组成的 “清乡队” ，像梳子一样对水西的深山老林进行反复梳理。
所有隐匿的山洞、废弃的村寨、可疑的路径都被彻底搜查，残存的叛军散兵游勇要么被歼灭，要么被迫出山投降。
至崇祯六年春，水西地区所有成建制的抵抗被彻底粉碎。
安邦彦经营多年的势力被连根拔起，其家族势力几近灭绝。
水西，这片曾经独立王国般的土地，被彻底“犁”了一遍，为后续设立流官扫清了所有障碍。
北路：扫荡永宁（马祥麟部）
目标： 奢崇明父子的根据地，永宁宣抚司（今四川叙永、古蔺一带），彻底消灭奢氏残余。
兵力： 秦良玉之子马祥麟率领白杆军偏师一万，汇合部分川军。
摧枯拉朽，击溃主力： 此时，奢崇明因伤重已死，其子奢寅早被暗卫刺杀，奢部群龙无首，军心涣散。