在一个深夜的单独召见中，崇祯对依旧一身夜行衣的李由说道：“影卫之功，在于隐。然如今大势渐明，朕需要一把能摆在明处、镇守一方的利剑。登莱乃国家咽喉，鲁军乃新军之胆，朕将此重任交予你，你可能胜任？”
这是一步极具魄力的棋。
将一位秘密情报头子骤然提拔为封疆军事大吏，风险极大。
但崇祯看中的，正是李由那份在复杂黑暗中历练出的绝对忠诚、冷静头脑和高效执行力。
此举可谓一箭双雕：既为亟待巩固的鲁军找到了一个能力超群且绝不会背叛的统帅，又将山东半岛这支日益重要的战略力量，牢牢掌控在了皇权的直接手中。
李由跪地领命，没有任何豪言壮语，只有简单的三个字：“臣，遵旨。”
整军经武：打造新式劲旅
走马上任登莱总兵官后，李由并未急于求成。
他充分发挥了在影卫时积累的侦察、分析和组织能力。
汰弱留强，重塑筋骨： 他首先对原有部队进行彻底筛查，剔除老弱冗员，严惩吃空饷的军官。
同时，从山东本地及流民中招募精壮，注重选拔那些有一定手艺、头脑灵活的年轻人，因为他们更容易掌握火器操作和新的战术条例。
装备更新，拥抱火器： 他全力配合孙元化，迅速为鲁军换装从日月集团采购的标准化燧发枪，并装备了由宋应星“天工苑”设计、工部铸造的轻型野战炮（三磅、六磅炮）。
他深知，未来的战争模式已经改变。
严格训练，强调纪律： 李由将影卫那套严谨乃至苛刻的作风带入了军营。
他极其注重火器部队的齐射纪律、阵地转换速度和后勤保障。
练兵场上，终日枪炮声不绝于耳，士兵们反复演练装填、瞄准、射击的流程，直至形成肌肉记忆。
他治军赏罚分明，律令如山，很快便在军中树立了极高的威信。
海陆协同，明确使命： 他深刻理解崇祯的战略意图，鲁军并非一支单纯的内陆部队。
他与北洋舰队提督李嘉南建立了紧密的协作关系，鲁军日常训练中包含登船、舰炮火力引导、滩头防御与攻击等科目，使其成为一支兼具内陆机动作战能力和两栖作战特色的战略预备队。
在极短的时间内，李由便成功地将鲁军打造成了一支装备精良、纪律严明、战术新颖的劲旅。
它既能固守山东海防，又能随时通过海路投送到辽东或朝鲜战场，成为崇祯皇帝手中一支可随时动用的、可靠的快速反应力量。
李由本人，也完成了从帝王阴影中的刺客到明面上统兵数万的封疆大吏的华丽转身，成为崇祯宏大改革蓝图中最关键的执行者之一。
他的存在，确保了皇帝对军队的绝对控制，也预示着帝国的军事机器，正朝着专业化、忠诚化和现代化方向飞速迈进。