这场自上而下、疾风暴雨式的教育改革，绝非在鲜花和掌声中推进。
它触动了延续千年的利益格局和思想根基，所激起的反抗浪潮，如同暗礁与漩涡，时刻企图将这艘刚刚启航的改革之船击碎。
阻力首先来自意识形态的核心——传统的士大夫阶层。
许多皓首穷经、以科举为正途的儒生，将新学视为洪水猛兽，是“以夷变夏”、“毁灭圣学”的亡国之举。
他们利用尚存的舆论影响力，在私下的文会、诗社中大肆抨击。
指责新学“重利轻义，败坏人心”，培养出来的都是只知奇技淫巧、不懂圣贤大道的“匠户”和“吏胥”，而非真正的“士”。
甚至有人撰写檄文，暗中流传，将天灾异象（如某地旱灾）附会为“上天对变乱祖制的警示”。
许多乡绅、致仕官员拒绝将子弟送入新式学堂，宁愿在家中延请塾师，教授传统的四书五经，准备走“正宗的”科举道路。
在一些地方，甚至发生了儒生鼓动民众，冲击正在修缮的校舍，驱逐新学教师的事件。他们将新学堂污蔑为“招引邪魔”之地，气氛一度十分紧张。
尽管崇祯皇帝竭力控制成本（利用旧房产、低薪招募教师），但如此大规模的教育普及，其开销仍是天文数字。
校舍的修缮与新建、教员的薪俸（虽不高，但总量庞大）、教材的印刷与分发、以及承诺的“官给膏火”（学生伙食补贴），每一项都需要真金白银。
户部尚书倪元璐的账本上，赤字惊人。
传统的农业税收早已捉襟见肘，龙元改革的红利尚需时间沉淀。
庞大的军费开支已是压在胸口的大石，如今又添上教育这一沉重负担。
朝廷的财政，几乎完全依靠日月集团的巨额利润和崇祯皇帝的内帑在持续输血。
这种依赖商业和皇室内库的模式，虽然高效，却也充满了不确定性，一旦经济出现波动，整个教育体系可能瞬间崩盘。
“女子入学”这一条，在保守的乡村和士绅家族中，引发了最为剧烈的观念地震。
“女子无才便是德”的古训，早已深入人心。
让女孩抛头露面，与男童一同坐在学堂，在许多人看来，简直是伤风败俗、悖逆人伦。
除了极少数开明家庭，绝大多数农户和士族都拒绝让女儿上学。
地方官对此也往往睁一只眼闭一只眼，因为强制推行可能激起民变。
这一条款在现实中几乎形同虚设，但它如同一个标志，宣告了皇权对传统伦理秩序的强势干预，其象征意义远大于实际效果，也预埋了未来社会变革的引信。
面对重重阻力，崇祯皇帝展现了他一贯的冷酷决断和政治智慧。
他毫不犹豫地动用了厂卫（东厂、锦衣卫）这把利剑。
对于公开散布言论、煽动破坏的士人首领，予以严厉惩处，或革除功名，或流放边陲，甚至以“谤讪朝政、阻挠新政”的罪名投入诏狱。
对于冲击校舍的暴行，当地官员若镇压不力，立刻罢官查办。
这种高压手段，迅速遏制了公开的、有组织的抵抗，为新学的推行扫清了最直接的障碍。