三日后，太平天国东征大军，在南海舰队的护航下，浩浩荡荡驶向台湾。
正如战前所料，澎湖守军兵力薄弱，士气低落。陈屺率领的先锋舰队甫一抵达，仅进行了数轮炮火威慑，妈宫港的清军水师营便升起白旗投降。澎湖轻易易手，为大军登陆台湾扫清了障碍。
消息传回，萧朝贵立即命令主力船队启航。林俊率领的闽南军团主力，乘坐数十艘大小船只，在“伏波号”、“扬武号”等主力战舰的护卫下，直扑台湾府城所在的台南地区，目标首选登陆点——鹿耳门。
鹿耳门水道以形势险要、迂回曲折着称，素有“天险”之谓，曾是郑成功收复台湾时的登陆地。然而，时过境迁，由于泥沙淤积，此时的主航道已不如往昔深阔，大型舰船通行困难。
台湾清军总兵官刘光明，也算是一员宿将，他判断太平军大型战舰难以直接闯入台江内海，便将防御重点放在了地势较为开阔、易于登陆的其它滩头，而在鹿耳门仅布置了少量兵力监视。
但他万万没有料到，太平军对此早有准备。
“伏波号”铁甲舰在距离鹿耳门数里外的深水区下锚，巨大的舰体如同一座海上堡垒，提供着强大的火力支援和指挥中枢。而真正的登陆主力，则是数十艘吃水较浅的改装运输船和在福建征集来的大型帆船，它们在海军的轻型炮艇引导下，利用清晨涨潮的时机，毅然驶入鹿耳门水道。
“兄弟们！前面就是台湾！当年国姓爷就是从这儿登陆，赶走了红毛！今天，轮到我们太平天国的将士，来驱逐清妖，光复故土了！”
林俊站在一艘改装运输船的船头，手持铁皮喇叭，对着船舱内密密麻麻、精神抖擞的士兵们进行着最后的动员。士兵们紧握着手中的56式半自动步枪，眼神中充满了期待与战意。
登陆船队冒着岸上零星射来的炮火和枪弹，艰难却坚定地穿过狭窄的水道。每当岸上有清军火力点试图阻击，后方跟进的太平军炮艇和“伏波号”远程火炮便会进行精准的压制射击，猛烈的爆炸瞬间将清军的土木工事掀上半空。
“冲滩！登陆！”
随着一声令下，一艘艘运输船奋力冲上滩头，船头跳板轰然放下。
“杀！”
太平军战士们如同下山的猛虎，呐喊着跃下船只，涉过齐膝深的海水，向岸上发起了迅猛的冲锋。他们以熟练的三三制战斗队形散开，交替掩护，手中的56式半自动步枪和冲锋枪喷吐出致命的火舌，迅速压制并清除了滩头残余的抵抗。
鹿耳门守军本就不多，在太平军如此凶猛的火力和战术面前，几乎一触即溃，非死即降。
登陆过程出乎意料的顺利。不到两个时辰，林俊麾下的首批五千人马及部分装备便成功上岸，并迅速巩固了滩头阵地，建立起稳固的桥头堡。
直到此时，总兵刘光明才接到鹿耳门失守的急报，惊得他差点从太师椅上摔下来。
“什么？长毛……不，发匪从鹿耳门上来了？！这……这怎么可能？！”
刘光明脸色煞白，冷汗直流。他深知鹿耳门一旦失守，太平军便可长驱直入，直接威胁台湾府城的侧翼。
他慌忙调兵遣将，试图组织反击，将太平军“赶下海”。
然而，太平军登陆部队不仅装备精良，战斗意志更是高昂。他们依托滩头阵地，轻松击退了清军数次仓促的反扑。
与此同时，黄位率领的偏师也在打狗方向成功登陆，形成了左右夹击之势。
台湾府城，已然暴露在太平军的兵锋之下。岛内闻讯的各族百姓，尤其是长期受官府和地主压迫的汉人“垦民”和部分平埔族部落，暗流涌动，翘首以盼。