葡萄牙人显然注意到了大明这个强劲对手的介入。几艘试图靠近侦察的葡萄牙快船被明军巡逻舰只驱离。在随后一段时间里，原本在印度洋中西部海域活动频繁的葡萄牙战舰，似乎有意识地向西收缩，避免与大明舰队发生正面冲突。西洋的局势，因大明这只“过江猛龙”的强势扎根，发生了微妙而深刻的变化。王承恩站在“镇西洋”新立的了望塔上，望着碧波万顷的海面，知道这暂时的平静之下，酝酿着更大的风暴，但他有信心，凭借背后强大的帝国和这支日益精良的水师，必将在这片新舞台上占据主导。
张献忠对“残月”组织的清剿行动，进行得残酷而高效。根据从京都废墟缴获的册子上的线索，明军联合那些已经完全投靠的“日裔良民”武装，对册子上提及的疑似联络点和同情者区域，发动了数次精准的夜间突袭。
无数人在睡梦中被破门而入的明军士兵拖走，严刑拷打之下，新的线索不断被挖掘出来。顺藤摸瓜，明军终于锁定了“残月”组织位于本州中部山区的一个秘密基地。张献忠亲率五千精锐，携带大量攻坚火炮，包围了那片险峻的山谷。
负隅顽抗的“残月”武士们，虽然抱着必死的决心，但在明军绝对优势的兵力和猛烈的炮火面前，他们的抵抗如同冰雪遇阳。经过一天一夜的血战，山谷被攻破，数百名核心成员被歼，少数被俘。组织首脑，一位原室町幕府旁支后裔，在最后时刻切腹自尽。
此役，基本上摧毁了“残月”组织的骨干力量。张献忠下令将俘获的成员全部公开处决，并将其头颅传示各地，以儆效尤。同时，他进一步强化了文化清洗政策。不仅日文书籍、神社被持续销毁，他甚至颁布命令，禁止在公共场合使用日语交谈，违者将受到严厉惩罚，鼓励民间互相告发。汉文蒙学在各地强制推广，移民村落享有赋税和政策上的优待。
高压之下，表面的抵抗几乎销声匿迹，但一种更深沉的、麻木的绝望情绪，在幸存的日本平民中蔓延。史可法冷眼旁观着这一切，他提醒张献忠：“大将军，霹雳手段虽能一时震慑，然欲长治久安，或需刚柔并济。今骨干已除，对普通平民，或可稍缓苛政，予其一线生机，以免物极必反。” 张献忠对此不以为然，他认为唯有彻底碾碎其脊梁，才能永绝后患。东瀛的局势，在血腥镇压后暂时稳定，但那压抑的沉默之下，依旧潜藏着未知的风险。
紫禁城，文华殿。
朱常洛召集了内阁、枢密院及工部、礼部重臣，举行了一次重要的御前会议。议题核心便是如何在扩张之后，巩固成果，奠定万世基业。
“四方疆域渐稳，然治国之道，在于文武并举，张弛有度。”朱常洛开门见山，“武备不可废，新式火铳、战舰需加紧制造，汰换旧器。然朕观历代兴衰，文教乃根本所在。”
他提出了几项重大决策：
第一，正式下旨，编纂《泰昌大典》。这是一部旨在汇集古今知识、科技、律法、医药、农工等百家之学的旷世巨着，由徐光启主持，调动全国学者力量参与，意图建立大明的知识体系标准，并促进科技传播。
第二，扩大“西域官学堂”模式。计划在交趾（越南）、北疆（定北城）、乃至未来的新领土上，择地设立类似的官办学堂，以儒家经典为核心，兼授实用格物之学，选拔当地精英子弟入学，培养认同大明文化的治理人才。
第三，设立“帝国格物院分院”。首先在龙安、南京、广州三地设立分院，集中资源进行特定领域的深入研究（如龙安主攻军工机械，南京主攻天文历法、农学，广州主攻航海、船舶技术），形成科研网络，推动技术持续进步。
“《大典》以集其成，学堂以育其才，格物以研其精。”朱常洛总结道，“此三者，乃帝国未来数十年之根基。望诸卿同心协力，勿负朕望。”
与此同时，针对四方具体情况，他也做出了批示：北疆以稳固、开发为主；西线继续外交接触与情报收集，暂不轻启战端；南境巩固“镇西洋”基地，稳步拓展海上贸易与影响力；东瀛则继续高压清剿残余，同时开始有计划地将部分降兵、囚徒乃至过剩移民，组织起来，探索通往美洲的可能航路，为帝国寻找新的、遥远的“泄洪口”与资源地。
帝国的战略，在朱常洛的擘画下，愈发清晰而深远。不再仅仅满足于疆域的扩张，而是着眼于文明体系的构建与长远竞争力的培育。煌煌盛世，不仅在金戈铁马间铸就，更在这润物无声的文教武备并举中，积淀着更为厚重的底蕴。