杨涟立即激昂回应：“臣以为不然！非常之时，当有非常之措。若能借此打破朋党壁垒，整饬吏治，使贤者上，庸者下，贪者惧，实乃国家之幸！孙阁老之策，正本清源之道也！”
双方再度争论，但皇帝的态度已然明朗。朱常洛最终裁定：“孙先生所奏，切中时弊。着即与吏部、都察院详细拟定章程，务求周密公平，年后择地试行。朕要的，是能办实事、肯担责任的官，不是只会清谈空议、结党营私的官！”
议题三：军事改革。朱常洛提出：“辽东战事可见，旧卫所制已难应对强敌。朕意，于九边及要害之地，逐步试行‘募兵制’与‘卫所制’并行。拣选卫所精锐及招募健儿，组成新营，严训厚饷，专司征战！老弱转为屯垦。兵部牵头，五军都督府协办，稳妥推进。” “再者，军情传递迟缓，几误大局。设‘军情急递’系统，专线专营，昼夜兼程，任何人不得阻挠延误！兵部与通政司速拟章程。”
军事改革相对顺利，众人皆见识了新军威力，纷纷附议。 朱常洛提出卫所与募兵并行、改革军情传递系统等主张。因有新军战绩支撑，相对顺利，众人多表附议。
议政堂会后，朱常洛亲率一众重臣与才俊视察格物院与兵仗局，一场影响深远的“科技研讨会”就此展开。
火器研讨： 于兵仗局作坊内，毕懋康展示了改进后的燧发铳，击发率已有提升，但装填速度、大规模量产的一致性、恶劣天气下的可靠性以及火炮的精度和射速仍是难题。工匠们演示着繁琐的装填步骤，众臣围观，议论纷纷。 朱常洛拿起一支火铳，沉吟片刻，抛出了超越时代的构想：“朕观此铳装填甚是耗时。突发奇想，诸位参详：可否将定量火药与弹丸预先结合一体？譬如，以油纸或细麻布精确包裹一份发射药，将其与弹丸底部相连，制成一整个‘定装弹’。兵士临敌，只需撕开包装或整体填入，倒入火药，再填入弹丸压实即可，岂非省去多次计量步骤，大大提升射速？甚至……未来能否设计从铳管后方装填弹药，并以机括紧密闭锁，防止泄气？” 他又拈起一枚圆形铅弹：“再者，弹丸皆为球形，飞行之际易受风力影响而偏离。若将其形状改为细长流线型，如……如雨滴，或纺锤，并在尾部预留凹陷是否可飞得更稳、更远、更准？” 这些天马行空的想法让毕懋康、孙元化等火器大家如遭雷击，愣在当场，随即眼中爆发出狂热与深思的光芒！虽以现今技术极难实现，却如黑夜明灯，指明了前所未有的方向！宋应星则对材料极感兴趣，详细询问铁料冶炼、铜锌配比、木材处理等工艺，决心在其着作中深入探究材料学基础。 朱常洛最后定调：“火器乃护国安邦之重器，绝不可固步自封。当确立‘装备一代、研制一代、预研一代’之长远规划。现有燧发铳、佛郎机需加速量产，尽快装备各精锐营头，此乃装备一代；毕卿孙卿领衔，集中精力攻关朕方才所言之定装弹药及后装铳炮技术，此乃研发一代；更要大胆思索，未来能否造出可连续击发之快枪、一炮糜烂数十里之重炮？此乃预研一代！所需银钱、物料、匠役，朕内帑与国库共同支应，一力承担！”
2. 量产与工艺革新： 面对量产难题，朱由校兴奋地展示了他带人设计改进的水力驱动钻床、锻锤等机械模型，可用于铳管钻孔、盔甲锻打，效率远超纯人力。 朱常洛大加赞赏，并进一步提出“流水线作业”与“质量追溯”概念：“一铳之成，工序繁多。可尝试将工匠依工序分组，专人专责。譬如甲组只负责锻打铁胚，乙组专司钻铳管内膛，丙组制作枪机扳机……如此，工匠技艺专精，熟练度大增，产出速度与品质皆可提升。每一部件乃至整铳，皆需刻铸负责工匠及督造官员姓名。优则重赏，劣则重罚，且出了问题可直接追责到人！此或可称‘流水线作业，实名追溯制’。”这套融合了秦朝军工管理精髓与近代工业化思维的构想，再次让众人震撼不已，孙传庭、杨涟等更从中窥见了超越军工的、可用于更广泛领域的行政管理哲学。
3. 民生科技： 移至格物院农工坊，景象更为纷呈。徐光启展示了效率数倍于旧式的新式纺车和织机模型。宋应星带来了精心改良的多种水车、风车模型，不仅用于灌溉，更可驱动机械。朱由校则献上他设计的蜂窝煤炉和简易暖气片模型，解释道：“此物若成，燃烧更充分，热量更足，烟气较少，或能稍解北地百姓冬日严寒之苦，亦能节省木炭薪柴。” 朱常洛一一仔细观看、询问，不断提出建议：“新式纺纱织布机极好，当选择合适州县率先推广，可增收就业。水车风车可用于矿山排水、粮食加工、器械驱动，用途极广。取暖炉想法甚妙，需重点解决耐火材料与密封工艺，确保安全。各类农具，如犁、耙、播种耧车，皆可依据北方旱地、南方水田等不同土质水文情况继续优化。” 他特别勉励宋应星：“宋先生胸中所学，包罗万象，务求将天下民生所需之百工技艺、万物机理，皆详尽记录于《天工开物》之中！要让后世子孙知格物之妙，习富民之技！待大作已成，朕必亲撰序言，颁行天下！” 他还提出：“南方诸省可进一步扩大棉花种植，北地亦可选址试种。棉布之利，关乎亿万百姓衣被之暖。海船方面，当充分吸收西洋福船、广船及我大明宝船之长，设计建造更适合远海航行、更坚固、更能装载火炮之新式海船，以固海疆，通商贸……” 他甚至对信息传递的极限提出了设想：能否研制更简洁高效的编码系统？能否改良驿道、车辆，甚至探索蒸汽机车或铁路的遥远可能性，以提升速度？
这场持续数日的研讨会，如同一场剧烈的知识风暴。穿越者的宏观视野与古代顶尖学者的精深智慧激烈碰撞，迸发出无数耀眼的火花。大量具体改进方案被敲定，无数张草图被绘制出来，一个个看似异想天开却蕴含着巨大潜力的研究方向被记录下来，深埋于众人心中，静待破土而出。大明未来数十年的科技发展与工业化的种子，于此悄然播下。
正值政务倥偬之际，坤宁宫传来消息：皇后柳青瑶于泰昌二年正月十八日（1622年）凌晨开始发作。
朱常洛闻讯，立刻抛下所有公务，疾步赶往坤宁宫。产房外，他已能听到皇后压抑的痛呼声，心中顿时揪紧。作为穿越者，他深知这个时代生育的高风险，各种可怕的念头不受控制地涌上心头。宫人们按旧俗设置屏风，焚香祷告，稳婆进出忙碌，却将他这位皇帝严格阻隔在外。
时间一刻刻流逝，朱常洛在殿外来回踱步，焦灼万分。他对那些古老的祈福仪式感到无力又不屑，此刻他只相信太医和稳婆的实际能力。这种现代人的无力感与古代帝王身份的束缚交织在一起，让他备受煎熬。他不断询问左右情况，心中默默祈祷，第一次如此清晰地感受到自己与这个时代、与殿内那个正在为他承受巨大痛苦的女人之间，产生了最深切的联结。
不知过了多久，一声响亮而健康的婴儿啼哭声终于从殿内传出，穿透了所有的焦虑与等待！ “生了！皇后娘娘生了！是位皇子！”稳婆欢喜地出来报喜。
朱常洛猛地停下脚步，巨大的喜悦瞬间冲垮了所有紧张，他几乎要喜极而泣，不顾一切地想要冲进去。被宫人稍稍劝阻后，他很快被允许进入产房外间。看到皇后虽然疲惫虚弱却平安无恙，脸上洋溢着母性的光辉，他快步上前，紧紧握住她的手，声音带着难以抑制的激动与哽咽：“青瑶！辛苦了！你立了大功！朕……我们有了嫡子了！”此刻，他不再是高高在上的帝王，只是一个经历了担忧、期盼而后狂喜的普通丈夫和初为人父的男人。他遵循“由”字辈且最后一字带木的宗室命名规则，亲自为皇子取名“朱由楧”，取“楧”木之坚实，寓意志向坚贞，成为国家栋梁。
皇室有后，国本已定！京师上下，一片欢腾。 三日后，宗人府、礼部依制上表，请立皇后嫡子为太子。
然而，风波骤起。部分官员，或出于传统观念，或与某些利益集团有牵连，竟以“皇子虽嫡，然陛下已有皇子由校、由检，年稍长，尤以由检聪慧仁孝，闻于中外，或更合储位”为由，暗中议论，试图制造波澜。
朱常洛对此早有预料，在朝会上毫不留情地驳斥：“荒谬！朕之嫡子，中宫所出，位居嫡长，名正言顺，合乎礼法祖制！由校志在格物，身体根基被毁，需静养；由检虽聪颖，然年纪尚幼，岂可相提并论？尔等妄议，莫非欲效前朝旧事，再启国本之争，乱朕家国，动摇社稷不成？！”
他深知必须快刀斩乱麻。一方面，他坚决否定了所有异议，明确表态立嫡子之心无可动摇。另一方面，他迅速颁旨，晋封次子朱由检为“定王”，赐予豪华府邸，遴选天下硕儒良师为其授业，恩赏有加，既示隆宠，也明确其藩王地位，断绝某些人的非分之想。对于长子朱由校，因其志趣独特且身体仍需调理，朱常洛给予其更大自由空间，允其继续专注于格物之学与工程技艺。
在皇帝如此强硬且明晰的态度下，加之孙传庭、杨涟等实权重臣的坚决支持，以及皇嫡子诞生的普天同庆氛围，立太子的微弱风波迅速平息。泰昌二年二月初，朝廷举行了盛大隆重的册封大典，皇嫡长子朱由楧被正式册立为大明皇太子。