信玄拿起遥控器在客厅中的电视上调出了一段狗豪与化石翼龙的剪辑视频。
在旅行的途中，小智一行人来到了科学博物馆，这里聚集着许多前来参观大型化石宝可梦展览的宝可梦训练家。
小智不仅见到了活生生的菊石兽，化石盔和镰刀盔，还参加了化石挖掘体验。
突然小智手上抱着一块宝可梦的脚印化石，据说这是很久以前这只宝可梦在这里行走过的证据。
所以他们更加愿意在这里进行挖掘，因为有可能复活出属于自己的化石宝可梦，为了寻找化石，小智派出了皮卡丘，狗豪选择了泥偶巨人，小春纯靠自己双手。
没有想到最先挖到化石的竟然是徒手的小春，挖到了一块看起来像是盾牌的化石。
由于不了解这块化石的情况，小智帮助小春带着化石寻求博物馆馆长的帮忙。
而狗豪则是和泥偶巨人一起继续不停地挖掘。
怎料到了傍晚，狗豪仍旧没有停歇，就在这时狗豪发现一块会发光的化石。
馆长检查后发现这块并不是化石，但这是比化石更厉害的石头。
这是很久很久以前，被树枝固定住的类似石头的东西，它叫作琥珀。
而且还不是普通的琥珀，这块琥珀中封存着那个时代的宝可梦的基因，有很大的几率，他们能够通过科学手段复原这份基因。
至于到底是何种宝可梦的基因，馆长让他们明天早上再来博物馆才能知道。
正当馆长走后，火箭队又偷偷来到了复原室为小智他们送上助攻。
他们首先利用机器加快了化石的复原，皮卡丘发现了十分有十二分的不对劲。
火箭队突然被发现，决定转换目标，捕获皮卡丘召唤扭蛋机。
于是他们派出了毒针宝可梦尼多力诺和岩石宝可梦隆隆石。
小智表示这边由自己解决，让小春赶紧去找狗豪。
只见尼多力诺突然使出一发毒液射击，隆隆石使出滚动，皮卡丘二话不说一发十万伏特破解了两只宝可梦的攻击。
与此同时，狗豪突然在博物馆内一棵大树上发现了一只类似翼龙的剪影，走近一看竟然是化石翼龙。