王天瑞穿着商贾便装，暗中走访药市；王升利用侍卫身份，在宫内暗中查访；王道享则动用锦衣卫的资源，深入调查涉案人员的背景。
王升穿着青色纻丝罩甲，日常在御药房外围“例行巡查”。这日清晨，他敏锐地注意到一个小太监神色慌张，怀抱包袱意图溜出。
“站住！”王升厉声喝道，手按剑柄，“所持何物？”
小太监吓得扑通跪地，包袱散开，露出上好的辽参（即辽东人参）。严加盘问下，小太监战战兢兢供出是崔文升心腹，常将优质药材谎报作废料，偷运出宫变卖。
王天瑞换上商贾惯穿的靛蓝细布直身，头戴六合一统帽，悄然混入京城药市。他假意向多家药铺出售“宫中流出”的珍稀药材，试探各方反应，很快锁定了几家与宫内关系匪浅的铺子。他来到一家名为济世堂的药铺，但见店内药材琳琅满目，其中不少是宫中专供的珍稀药材。
掌柜的，这长白山老参怎么卖？王天瑞问道。
掌柜打量着他，低声道：客官好眼力，这可是宫里头流出来的好东西，价钱可不便宜。
哦？宫里的东西怎么会流出来？
掌柜神秘一笑：这您就别问了，反正来路正当。
王天瑞心下冷笑，继续套话：我听说宫里有位崔公公，专门做这个生意？
掌柜脸色一变：客官慎言！这话可不敢乱说。
但王天瑞已经从掌柜的反应中得到了想要的信息。
清晨的京城药市人声鼎沸，空气中混杂着药材的苦涩与清香。王天瑞一袭青布直身，手指捻起一撮辽参仔细查验，商贩打扮的他眼神却锐利如刀。
“这云茯苓色泽不对啊。”王天瑞状似无意地说道，目光却紧锁商贩瞬间慌乱的表情。
摊主强装镇定：“客官说笑了，这都是上等的云茯苓，刚从云南运来的。”
王天瑞轻笑一声，从袖中滑出一枚锦衣卫腰牌在商贩眼前一晃即收：“宫里出来的货，你也敢收？”那商贩顿时面如土色，压低了声音：“大人明鉴，小的只是转手，不知是宫中之物……”
王道享动用了锦衣卫的看家本领。在北镇抚司的诏狱里，他身着金线绣狮豸补子的青绿官服，冷眼看着跪地发抖的药商。两旁刑架上挂着的并非沉重的立枷，而是各式讯杖等刑具，阴森恐怖。
“说！这些宫禁药材，从何得来？”王道享声音冰寒。
药商魂不附体，磕头如捣蒜，“是…是伊.公公卖给小的……”他紧接着吐露了更多细节：如何通过虚报药材损耗（如声称“云茯苓霉变”）、以次充好（如用普通柴胡冒充银州柴胡），将优质药材偷运出宫，并如何与宫外药铺勾结销赃。审讯完毕后离开。在诏狱深处传来铁链拖地的声响。锦衣卫佥事王道享站在刑房中央，身旁的刑架上挂着一名内官监太监。墙壁上挂满各式刑具，从常见的鞭杖到令人胆寒的“阎王帖”、
太监颤声道：“王大人饶命！是、是郑贵妃宫里的崔公公让小的做的……”
午后的阳光透过太医院精致的棂窗，在青砖地上投下交错的光影。郭维城站在一堆药材前，手中拿着御药房入库记录。他身上那件飞鱼服绣着四爪飞鱼纹，在阳下闪耀着金线独有的光泽。
“这批云茯苓并非真品，”郭维城语气冷峻，“账面记录也与实物对不上。”
御药房负责人张宣张提督颤声道：“郭大人，所有药材都是按规制入库，下官敢以性命担保……”
郭维城突然俯身，从药材箱底部抽出一本暗册：“那这是什么？”册子上密密麻麻记录着两本账目——一本公账，一本私账。
而在紫禁城宫内，郑贵妃已察觉风声不对。她身着金绣蟒纹的华服，在宫中焦急踱步：“崔公公还没回来吗？”
贴身宫女低声道：“贵妃娘娘，崔公公昨日去太医院后就没再回来……”
郑贵妃脸色骤变，手中茶盏坠地，碎裂声在寂静的宫室中格外刺耳：“快！快去打听锦衣卫最近在查什么！”她的声音里已不见了往日的嚣张，只剩慌乱与恐惧。
王天瑞穿着便装，暗中走访。他年纪虽轻，但做事老练，很快摸清了许多不为人知的内情。
这日，他来到惠民药局。但见门前冷落，几个老农蹲在墙角唉声叹气。
老伯，这是怎么了？王天瑞上前询问。
一个白发老农叹道：官爷有所不知，这惠民药局名存实亡啊！药材要么没有，要么以次充好，价钱还贵得很。咱们这些穷苦人家，哪里看得起病？
另一个中年汉子接口道：可不是嘛！我老娘病了，来这里抓药，结果吃下去反而更严重了。后来找个游方郎中一看，说是药材发霉了！
那些官老爷们，一个老妪抹着眼泪，就知道贪墨银两，哪管我们老百姓的死活？
王天瑞听着百姓的哭诉，心中怒火中烧。他走进药局，但见柜台上空空如也，几个伙计无精打采地打着瞌睡。
抓药。王天瑞敲了敲柜台。
一个伙计懒洋洋地抬头：什么药？
人参、当归、黄芪各三钱。
伙计嗤笑一声：官爷，这些名贵药材早没了。就算有，您也买不起。
王天瑞挑眉，朝廷每年拨付那么多银两，药材都去哪了？
伙计四下张望，压低声音：官爷，这话可不敢乱说。药材都被...都被那些人倒卖出去了。他做了个手势，意指宫中的权贵。
与此同时，郭维城在御药房的查案也取得进展。他发现大量账册被篡改，药材入库和出库的数量对不上。更严重的是，一些给皇帝和后妃使用的药材，竟然被以次充好。
大人请看。罗显捧着一盒人参过来，这是号称长白山老参的药材，实际上是用普通参染色冒充的。若是陛下服用，轻则无效，重则伤身。
傅懋光也呈上一份药方：这是郑贵妃常用的养颜方，其中几味药材被替换成了廉价替代品。长期使用，会导致面色发黄，容颜早衰。
郭维城勃然大怒：好个崔文升！连贵妃都敢糊弄！
调查还发现，张宣和伊进朝将朝廷拨给惠民药局的银两拿去放贷牟利，导致药局无钱采购药材。他们还与药商勾结，抬高药价，中饱私囊。
这些蠹虫！郭维城气得浑身发抖，难怪百姓看不起病！
沈砚等一干人在朱徵妲的授意下负责监视郑贵妃及她身边得力的宫娥，太监，阻挠郑贵妃的阴暗手段，以保障查案的顺利进行，但还是防不胜防。
这日，郭维城正在查阅账册，一个小太监突然送来一盒点心：贵妃娘娘念大人查案辛苦，特赐点心一盒。
郭维城心下警惕，假意收下，暗中让太医查验，果然发现点心被下了迷药。
又一日，王天瑞在暗访时遭遇，几个蒙面人突然袭击，幸亏他武艺高强，才得以脱身。
看来他们是狗急跳墙了。朱徵妲听到汇报后，小脸严肃地说，外祖要加快速度，尽快定案。
所有线索、供词与物证最终都汇至郭维城处。案情清晰，罪证确凿：
崔文升、张宣、伊进朝等人，不识字，更不懂药理，结党营私，不仅贪污腐败、克扣药材，更擅自篡改药方。而且只听郑贵妃的吩咐，他们长期将优质药材偷运出宫倒卖（如将上等的辽参、云茯苓等名贵药材谎报损耗。调查还发现，张宣和伊进朝确实利用职权中饱私囊，导致惠民药局名存实亡。
最终，万历皇帝得知崔文升竟私下狂言“郑贵妃答应保我平安，即便出事亦能脱身”时，龙颜震怒，即刻下旨：“崔文升罪大恶极，即刻处斩！家产抄没，亲族流放三千里！”
郑贵妃虽恨得牙痒，却慑于龙威，生怕引火烧身，终究未敢出面求情。
张宣与伊进朝亦被重判：下狱十年，并追缴其贪污所得二十倍的罚金。若其自身无力偿还，则依据“有福同享，有难同当”之理，由其父族、母族、妻族，以及查明与之共同贪污获利之朋党、同僚共同承担。其所得贪污追回银两，用于惠民药局。此举意在严惩首恶，警戒协从，最大程度追回损失，同时避免无限株连。
此番调查，不仅揭开了御药房，圣济殿，还有太医院的疮疤，更暴露出了大明医疗体系的深层危机