卡洛斯联盟中心的庆功宴灯火通明，悠扬的音乐与欢声笑语交织在一起。爱儿正拿着香槟与星海畅谈着表演技巧，八旬老师在一旁不时补充几句专业见解，皮耶尔则忙着招待前来道贺的宾客。小智抱着皮卡丘，兴奋地向周围的训练家讲述着拆除干扰装置时的惊险经历，甲贺忍蛙站在他身旁，水蓝色的眼眸中满是与主人同步的热血。
星海端着果汁，目光却停留在手腕上的能量检测仪上——刚才拆除残余装置时，仪器捕捉到一段微弱的加密信号，虽然转瞬即逝，但那独特的频率让她隐隐不安。“怎么了，星海？”志米走了过来，他刚结束与联盟总部的通讯，脸上带着一丝凝重，“是不是发现了什么异常？”
“嗯，”星海调出仪器中的信号记录，“这个加密信号的波长很特殊，不像是卡洛斯地区已知的任何组织使用的频段。而且从信号强度来看，发射源距离联盟中心不远，很可能与昨天破坏场馆的势力有关。”小智立刻凑了过来，眼神瞬间变得锐利：“也就是说，他们还没放弃？那我们现在就去找出他们的藏身之处！”
皮耶尔和爱儿也闻声赶来，得知情况后，皮耶尔立刻说道：“我马上安排人手封锁周边区域，配合你们调查。”爱儿则担忧地看着星海：“需要我帮忙吗？我的宝可梦也能参与搜索。”星海摇了摇头，冷静地分析道：“搜索行动可能会有危险，你明天还有冠军卫冕表演，不宜冒险。志米先生是四天王，经验丰富，小智的战斗能力很强，有我们三人足够了。”她顿了顿，补充道，“我已经通过信号反向追踪，锁定了大致范围在联盟中心以西的废弃工业区，我们现在就出发。”
一行人迅速告别众人，乘坐喷火龙朝着废弃工业区飞去。黑色裂空座在高空侦察，红色暴鲤龙则沿着地面的河道并行，随时准备支援。夜色中，废弃工业区的轮廓逐渐清晰，破旧的厂房只剩下断壁残垣，空气中弥漫着铁锈与机油的混合气味，透着一股诡异的寂静。
抵达废弃工业区后，众人小心翼翼地降落。星海让喷火龙和红色暴鲤龙在外围警戒，黑色裂空座继续在高空监控，随后放出路卡利欧：“路卡利欧，用波导之力探测周围的生命信号。”路卡利欧闭上眼睛，波导之力如雷达般扩散开来，片刻后，它睁开眼睛，朝着工业区深处的一座大型厂房指了指，发出警惕的低吼。
“里面有很多生命信号，还有强烈的能量波动。”星海低声说道，“看来这里就是他们的秘密据点。志米先生，小智，我们兵分三路，小智你从正面吸引注意力，志米先生从侧面迂回包抄，我负责潜入内部，找到信号发射源和核心设备。”
“好！”小智立刻放出甲贺忍蛙，眼神中充满了斗志，“包在我身上！”志米也点点头，放出比雕和赫拉克罗斯：“我会配合好你们的行动。”
小智带着甲贺忍蛙，大摇大摆地朝着厂房正门走去，故意发出脚步声。“里面的人出来！”他大声喊道，“你们的阴谋已经被我们发现了，快束手就擒！”厂房的大门突然被推开，几名穿着黑色制服的人走了出来，为首的正是昨天破坏联盟中心的黑衣女子，她的身边除了之前的电击魔兽、黑鲁加和巨钳螳螂，还多了两只宝可梦——毒骷蛙和超音波幼虫。
“真是阴魂不散！”黑衣女子冷笑一声，“既然你们自己送上门来，就别怪我不客气了！电击魔兽，十万伏特！”电击魔兽立刻释放出强大的电流，朝着小智和甲贺忍蛙劈去。“甲贺忍蛙，羁绊进化！用水墙防御！”小智迅速下令，羁绊之力瞬间爆发，甲贺忍蛙进化成羁绊形态，筑起一道厚实的水墙，将十万伏特挡了下来。
与此同时，志米从侧面发起突袭：“比雕，翅膀攻击！赫拉克罗斯，角撞！”比雕俯冲而下，翅膀带着凌厉的劲风拍向超音波幼虫，赫拉克罗斯则朝着毒骷蛙冲去，巨大的犄角闪烁着寒光。黑衣女子见状，立刻调整指令：“超音波幼虫，用顺风避开！毒骷蛙，毒刺反击！”超音波幼虫扇动翅膀，借着顺风的力量轻松避开攻击，毒骷蛙则举起带着剧毒的骨刺，迎向赫拉克罗斯。
星海趁着双方交战的混乱，悄悄潜入厂房内部。厂房里布满了各种精密的仪器，屏幕上闪烁着复杂的代码，中央的平台上放着一台大型信号发射器，旁边还连接着多根能量导管，正不断吸收着周围的环境能量。“果然是在这里制造干扰信号。”星海拿出随身携带的工具，开始破解仪器的控制系统。
就在这时，一名守卫发现了她，立刻放出了玛狃拉：“玛狃拉，用冰锥攻击！”尖锐的冰锥朝着星海射来，星海迅速放出沙奈朵：“沙奈朵，用魔法闪耀击碎冰锥！”沙奈朵释放出耀眼的光芒，将冰锥瞬间击碎，随后用精神强念控制住了玛狃拉。星海趁机加快了破解速度，手指在键盘上飞快地敲击着。
厂房外，战斗愈发激烈。黑衣女子见久攻不下，气急败坏地喊道：“黑鲁加，喷射火焰！巨钳螳螂，剑舞之后用合金爪！”黑鲁加吐出熊熊烈火，巨钳螳螂通过剑舞提升攻击力，挥舞着合金爪朝着甲贺忍蛙劈去。小智冷静应对：“甲贺忍蛙，用水之手里剑切开火焰，然后用神速避开合金爪！”甲贺忍蛙灵活地避开攻击，水之手里剑精准地命中黑鲁加的背部，黑鲁加吃痛，发出一声哀嚎。
志米这边也陷入了苦战，毒骷蛙的剧毒让赫拉克罗斯的动作逐渐变得迟缓，超音波幼虫的超音波攻击也让比雕难以集中注意力。“赫拉克罗斯，用猛推拉开距离！比雕，用旋风干扰超音波幼虫！”志米下令道。赫拉克罗斯拼尽全力将毒骷蛙推开，比雕则扇动翅膀形成旋风，超音波幼虫被卷入其中，攻击节奏被打乱。
星海成功破解了仪器的控制系统，正准备关闭信号发射器时，突然发现屏幕上显示着一个可怕的计划——他们竟然在研发一种能控制野生宝可梦心智的药剂，而之前的能量干扰只是为了测试药剂的稳定性。“不好！”星海心中一紧，立刻将这一情况通过通讯器告知小智和志米，“他们在研发控心药剂，必须阻止他们销毁数据！”
黑衣女子听到通讯器里的声音，知道计划败露，立刻下令：“所有人撤退！启动自毁程序！”她放出烟雾弹，趁着混乱想要逃跑。小智见状，立刻喊道：“甲贺忍蛙，用水流封锁出口！”甲贺忍蛙凝聚出水流，形成一道水幕，挡住了黑衣女子的去路。
星海也从厂房内部冲了出来，放出耿鬼：“耿鬼，用暗影球攻击信号发射器，阻止自毁程序！”耿鬼迅速放出暗影球，精准地命中信号发射器的控制模块，自毁程序被成功终止。志米则指挥比雕和赫拉克罗斯，将剩余的守卫全部制服。
黑衣女子见大势已去，不甘心地放出电击魔兽：“电击魔兽，用打雷掩护我撤退！”电击魔兽释放出漫天雷电，厂房周围的电路被击中，火花四溅。“甲贺忍蛙，用水墙挡住雷电！”小智喊道。甲贺忍蛙再次筑起水墙，挡住了打雷的攻击。等雷电消散后，黑衣女子已经不见了踪影，只留下几只被遗弃的宝可梦。
星海蹲下身，检查着地上的宝可梦，发现它们的体内都注射了那种未完成的控心药剂，眼神中充满了痛苦。“这些宝可梦太可怜了。”她拿出特制的解毒剂，逐一为它们注射，“幸好药剂还未完成，解毒剂能暂时缓解它们的痛苦，后续还需要进一步治疗。”
志米看着被制服的守卫，皱着眉头说道：“看来这个组织的势力不小，竟然能研发出这样的药剂。”小智握紧拳头：“我们一定要彻底摧毁这个组织，不能让他们再伤害宝可梦！”星海点点头，将仪器中的数据拷贝下来：“这些数据对后续调查很重要，我会交给布拉塔诺博士分析，希望能找到更多关于这个组织的线索。”