路卡利欧的波导弹朝着超梦飞去，超梦果然转身攻击；沙奈朵的幻象术困住了其他宝可梦；裂空座则在小智身边盘旋，用翅膀挡住袭来的能量冲击。小智和甲贺忍蛙趁机朝着装置底部跑去，就在即将到达接口时，齿轮队首领突然放出一只耿鬼，用“暗影球”击中了甲贺忍蛙的腿。
“甲贺忍蛙！”小智担忧地喊道，甲贺忍蛙却摇了摇头，忍着疼痛凝聚出水手里剑，朝着第一个接口劈去——接口爆炸，紫色能量暗了三分之一。皮卡丘趁机用“十万伏特”击中第二个接口，又一道爆炸响起，能量只剩下三分之一。
“最后一个接口！”小智朝着第三个接口跑去，齿轮队首领却挡在他面前，放出一只大针蜂，用“毒刺”朝着小智袭来。就在这危急时刻，一道红色身影突然冲了过来——是红色暴鲤龙！它用“水柱尾”打飞大针蜂，对着齿轮队首领怒吼。
“红色暴鲤龙！”小智惊喜地喊道，立刻按下干扰器，大针蜂身上的紫色印记消失，嗡嗡地飞走了。小智趁机跑到第三个接口前，甲贺忍蛙用尽全身力气，将水手里剑劈向接口——三道爆炸同时响起，装置的紫色能量彻底消失，超梦眼中的红光褪去，摇着头落在地上，终于恢复了清醒。
齿轮队首领见大势已去，想要按下遥控器引爆装置，却被耿鬼从影子里钻出来，用“催眠术”催眠。卡露乃立刻上前，将他制服。超梦走到星海面前，用意念传递信息：“谢谢你救了我，那些紫色能量差点让我失去自我。”星海笑着摇头：“这是我们应该做的，你现在需要好好休息。”
超梦在沙奈朵的“治愈波动”加持下，很快恢复了体力。它飞到流星瀑布顶端，对着天空发出一声长啸，声音里满是解脱。小智和皮卡丘跑到超梦身边，兴奋地说：“超梦，你没事真是太好了！以后再也不会有人控制你了！”超梦低头看着小智，眼中露出温柔的光芒，用意念回应：“我能感受到你和宝可梦之间的羁绊，这种力量比任何能量都强大。”
星海正在检查装置的残骸，发现里面有很多被改造过的ga进化石碎片。“齿轮队是用ga进化石碎片和流星瀑布的天然能量，制造出了这种紫色能量。”她将碎片装进密封袋，“这些碎片还有残留的能量，需要带回实验室处理，避免对环境造成污染。”
卡露乃联系了联盟，很快，联盟的工作人员赶到，将齿轮队的成员带走，同时开始清理装置残骸。可尔妮看着恢复平静的流星瀑布，笑着说：“终于解决了这个大麻烦，以后卡洛斯地区的宝可梦就能安心生活了。”
超梦突然飞到星海面前，用意念说：“我想帮你们做些事，作为感谢。我能感知到卡洛斯地区还有残留的紫色能量，我可以帮你们清除。”星海点头同意：“那就麻烦你了，不过要注意安全，残留的能量可能还有危险。”
接下来的几天，超梦带着裂空座，在卡洛斯地区各处飞行，清除残留的紫色能量。星海则和小智、卡露乃、可尔妮一起，帮助被控制过的宝可梦恢复健康。在百刻市，他们遇到了之前被控制的大针蜂，它正带着蜂群在花丛中采蜜，看到小智后，主动飞过来，用触角蹭了蹭他的手；在香薰市，之前失控的火焰鸡正和可尔妮的路卡利欧一起训练，看到众人后，兴奋地跑过来，用翅膀拍了拍小智的肩膀。
一周后，所有残留的紫色能量都被清除干净。超梦在棱镜塔前与众人告别，它看着星海说：“如果以后遇到危险，只要呼唤我的名字，我就会赶来。”说完，超梦化作一道光，消失在天空中。
皮卡丘看着超梦离开的方向，有些失落。小智摸了摸它的头，笑着说：“没关系，我们还会再见到超梦的！而且我们还有很多伙伴，接下来的旅程还会遇到更多有趣的事！”
皮耶尔和爱儿特意赶到棱镜塔，为众人举办了庆祝会。八旬老师也来了，她看着星海，眼中满是骄傲：“星海，你不仅是优秀的协调训练家，还是勇敢的守护者，卡洛斯地区因为有你而变得更美好。”星海有些不好意思地笑了：“这都是大家的功劳，没有小智的热血、卡露乃小姐的沉稳、可尔妮的帮助，我们不可能解决齿轮队的危机。”
庆祝会上，爱儿提议举办一场特别的协调表演，邀请所有被帮助过的宝可梦参加。星海点头同意，和爱儿、八旬老师一起，设计了表演方案。表演当天，棱镜塔前的广场上挤满了人，被帮助过的宝可梦们都来了——大针蜂带着蜂群在空中组成彩色的图案，火焰鸡用“火焰踢”在地面上划出优美的弧线，超梦虽然不在，但裂空座在空中盘旋，翅膀扇动时带起的气流，让舞台上的花瓣缓缓飘落，像一场浪漫的花雨。
星海牵着仙子伊布和沙奈朵走上舞台，仙子伊布的“魔法闪耀”与沙奈朵的“幻象光”交织在一起，形成了一片璀璨的星空；爱儿的沙奈朵则用“超能波”将星空分成两半，露出后面的“卡洛斯”三个字；八旬老师的布卢皇用“影子分身”在舞台上跳跃，像是在星空中穿梭的流星。
台下的小智看得眼睛发亮，忍不住对皮卡丘说：“以后我也要和我的宝可梦一起，参加一次协调表演！”皮卡丘立刻“皮卡皮卡”地叫，尾巴不停地摇摆。卡露乃和可尔妮坐在观众席上，脸上满是笑容，她们知道，这场表演不仅是庆祝胜利，更是对人与宝可梦羁绊的最好诠释。
表演结束后，皮耶尔走上舞台，对着众人说：“今天的表演让我看到了卡洛斯地区最美好的一面——人与宝可梦相互守护，相互信任。我相信，只要这份羁绊还在，卡洛斯地区就永远不会被黑暗笼罩。”
夜幕降临，棱镜塔亮起了彩色的灯光，照亮了整个广场。小智和星海坐在塔下的长椅上，看着空中的星星。“星海，接下来我们要去哪个城市啊？”小智问道，眼中满是期待。星海笑着说：“下一个城市是‘彩幽市’，那里有道馆，还有一场大型的宝可梦嘉年华，皮耶尔先生邀请我们去参加。”
“太好了！”小智兴奋地跳起来，“我一定要赢得彩幽市的道馆徽章，然后在嘉年华上和更多的训练家对战！”甲贺忍蛙和皮卡丘也跟着欢呼，广场上充满了欢快的笑声。
卡露乃和可尔妮走过来，对两人说：“我们也要回联盟复命了，以后有机会再一起冒险。”星海点头：“一路顺风，有需要的话随时联系我们。”
月光洒在棱镜塔上，也洒在众人的身上。小智和星海带着宝可梦，朝着彩幽市的方向出发，他们的身后，是充满希望的卡洛斯地区，而前方，是更加精彩的冒险旅程。人与宝可梦的羁绊，像夜空中最亮的星，照亮了前行的路，也照亮了卡洛斯地区的未来。