小智一行人在洞穴里继续前进，他们又遇到了几只宝可梦的挑战，比如顽皮弹、大针蜂。经过一番激烈的战斗，他们成功地战胜了这些宝可梦。可他们不知道，危险正在一步步逼近。
当他们带着收服的宝可梦准备离开洞穴的时候，突然触发了火箭队的陷阱。捕捉网从天而降，将他们罩住。同时，周围的机关也启动了，强大的电流朝着他们袭来。
小智和伙伴们被困在网里，一时无法脱身。皮卡丘拼命地释放十万伏特，想要冲破捕捉网，但火箭队的捕捉网是特制的，皮卡丘的攻击根本不起作用。
就在他们陷入困境的时候，星海博士察觉到了异常。她通过自己的宝可梦探测器，发现了小智一行人的位置和火箭队的阴谋。于是，她立刻派出自己的耿鬼和路卡利欧前往救援。
耿鬼使用瞬间移动，带着路卡利欧来到神秘洞穴。耿鬼先是使用催眠术，让火箭队三人组陷入昏睡状态，然后路卡利欧用波导弹摧毁了陷阱和捕捉网，救出了小智一行人。
小智感激地对星海博士说：“谢谢你，星海博士，要不是你及时赶来，我们这次可就麻烦了。”星海博士笑着说：“不用客气，大家都是朋友，互相帮助是应该的。不过火箭队肯定不会善罢甘休，我们要小心他们接下来的行动。”
摆脱了火箭队的纠缠后，小智一行人来到了大岛的一个宝可梦对战场地。这里正在举行一场宝可梦对战比赛，来自各地的训练家们带着自己的宝可梦在这里一决高下。
小智看到这场比赛，心里痒痒的，他决定报名参加。艾莉丝和天桐也支持他，他们在一旁为小智加油助威。
在比赛中，小智遇到了各种各样的对手，有使用草系宝可梦的训练家，有擅长水系宝可梦的训练家，还有精通电系宝可梦的训练家。每一场比赛都非常激烈，小智和他的宝可梦们全力以赴。
在一场对战中，小智的对手是一个使用妙蛙花的训练家。妙蛙花体型巨大，身上长满了尖刺，还能喷出强力的毒液。比赛一开始，妙蛙花就使用飞叶快刀，无数锋利的叶片朝着皮卡丘飞去。皮卡丘灵活地躲避着飞叶快刀，同时寻找反击的机会。
小智抓住时机，指挥皮卡丘：“皮卡丘，使用十万伏特！”皮卡丘浑身电光闪烁，一道强大的电流朝着妙蛙花射去。妙蛙花不慌不忙，它使用光合作用，吸收周围的阳光，恢复自己的体力，同时用藤鞭抵挡皮卡丘的攻击。
双方你来我往，互不相让。这时，小智灵机一动，他让皮卡丘跳到空中，然后使用伏特攻击，皮卡丘的身体被电流包裹，像一颗炮弹一样朝着妙蛙花冲去。妙蛙花来不及躲避，被伏特攻击击中，失去了战斗能力。
小智赢得了这场比赛，他和皮卡丘兴奋地拥抱在一起。在接下来的比赛中，小智凭借着自己的智慧和宝可梦们的实力，一路过关斩将，闯入了决赛。
在决赛前，小智一行人来到洞窟岛，打算放松一下，同时也想看看这里的宝可梦。在这里，他们偶然重遇了小椿。小椿是城都地区烟墨市的道馆馆主，擅长使用龙系宝可梦，实力非常强大。
小椿告诉他们，她来到杰可罗拉群岛是为了收服一只“颜色不同的赤面龙”。不过在相遇之前，小椿表示自己和自己的快龙走丢了。小智一听，立刻派出喷火龙、艾莉丝派出快龙去寻找。艾莉丝的快龙很快就找到了小椿的快龙，可没想到，因为艾莉丝的快龙不小心踩到了花田里的花，小椿的快龙生气了，两只快龙吵了起来。
龙系宝可梦都比较有个性，一点小事就容易起冲突。大家赶紧上前安抚两只快龙的情绪，好不容易才让它们平静下来。之后，小椿与小智一行人来到了小岛的森林，小椿提到赤面龙就出没在附近的洞窟附近。
这时，火箭队三人组也听闻了颜色不同的赤面龙的消息。他们想抓住赤面龙，献给坂木老大，于是制造出能发出音波的工具来逼迫洞窟里的宝可梦出来。这个做法还真把赤面龙给引了出来，赤面龙被激怒之后开始胡乱攻击。
火箭队三人组立刻与赤面龙对战，他们派出了自己的宝可梦，武藏派出了大舌头，小次郎派出了双弹瓦斯，喵喵也冲了上去。可赤面龙实力太强了，它使用逆鳞，疯狂地攻击着火箭队的宝可梦。大舌头被赤面龙的龙尾击中，倒飞出去；双弹瓦斯喷出的毒雾对赤面龙根本不起作用，反而被赤面龙的火焰给吹散了；喵喵也被吓得躲了起来。火箭队三人组不敌赤面龙，被打得飞了出去。
此时的赤面龙已经被火箭队三人组触发了逆鳞，处于失控状态，不分敌我。小椿看到这一幕，决定尝试收服赤面龙。她像小智一样，用真诚的话语劝说赤面龙，让其消气。
这让艾莉丝回想起了自己曾经为什么会喜欢上龙系宝可梦，也是因为一只赤面龙。艾莉丝小时候为了躲雨来到一个山洞，在山洞里碰到了一只受伤的赤面龙，于是给这只赤面龙疗伤。之后艾莉丝遭遇到危险的时候，这只赤面龙出来报恩，艾莉丝因此一发不可收拾地喜欢上了龙系宝可梦。
小椿这边，她不断地和赤面龙沟通，用自己的真心去感化它。在小椿的努力下，赤面龙的情绪逐渐稳定下来。最后，小椿抛出精灵球，成功将赤面龙收服。
收服了赤面龙后，小椿和小智等人告别，继续自己的旅程。而小智也调整好状态，准备迎接宝可梦对战比赛的决赛。