时光荏苒，小智在合众地区的冒险不断继续，他参加了各种对战，挑战了多个道馆，逐渐成长为一名更加出色的训练家。而星海则专注于宝可梦华丽大赛和对宝可梦的研究，她的宝可梦们在她的悉心培养下，实力也越来越强大。
在一次机缘巧合下，小智等人来到了一个神秘的岛屿。这个岛屿上隐藏着强大的宝可梦和未知的危险。当他们踏上岛屿的那一刻，就感觉到了一股神秘的气息。星海凭借着敏锐的感知，察觉到这个岛屿上似乎有一股古老的力量在涌动。她放出裂空座，让裂空座在空中侦查周围的情况。裂空座飞了一圈后，发现了岛屿深处有一座古老的遗迹，遗迹中散发着神秘的光芒。
小智和星海决定一起前往遗迹探寻。在前往遗迹的途中，他们遇到了各种野生宝可梦的阻拦。
这些宝可梦受到了遗迹中神秘力量的影响，变得异常狂暴。小智指挥皮卡丘和藤藤蛇与它们战斗，皮卡丘使用十万伏特，藤藤蛇则用藤鞭攻击。星海也派出路卡利欧和喷火龙协助战斗，路卡利欧使用波导弹，喷火龙喷出火焰，在众人的努力下，终于突破了宝可梦的阻拦，来到了遗迹前。
遗迹的大门紧闭，上面刻满了奇怪的符号。星海仔细观察着这些符号，凭借着她丰富的知识和对宝可梦历史的了解，她逐渐解读出了这些符号的含义。原来，这座遗迹是古代宝可梦训练家为了封印一只强大的邪恶宝可梦而建造的。
然而，随着时间的推移，封印的力量逐渐减弱，邪恶宝可梦即将苏醒。
就在他们准备进入遗迹加强封印时，火箭队突然出现。火箭队企图夺取遗迹中的力量，为自己所用。小智和星海自然不会让他们得逞，双方展开了激烈的战斗。火箭队派出了他们的王牌宝可梦，大嘴雀和双弹瓦斯。大嘴雀在空中盘旋，使用啄攻击，双弹瓦斯则喷出有毒的烟雾。小智让皮卡丘使用打雷，攻击大嘴雀，同时让藤藤蛇用藤鞭抵挡双弹瓦斯的烟雾。
星海指挥路卡利欧使用近身战，攻击双弹瓦斯，喷火龙则使用龙之怒，攻击大嘴雀。在战斗中，小智和星海紧密配合，逐渐占据了上风。
然而，就在他们即将击败火箭队时，遗迹的大门突然打开，一股强大的邪恶力量从中涌出。一只全身散发着黑色气息的宝可梦缓缓走出，正是那只即将苏醒的邪恶宝可梦。
这只宝可梦实力强大，它释放出的黑暗能量让周围的环境变得阴森恐怖。小智和星海意识到，他们面临着前所未有的挑战。
小智毫不犹豫地派出了自己所有的宝可梦，皮卡丘、藤藤蛇、水水獭、黑眼鳄等一起向邪恶宝可梦发起攻击。星海也派出了她的红色暴鲤龙、裂空座、喷火龙、沙奈朵、耿鬼、路卡利欧和仙子伊布。红色暴鲤龙使用水炮，裂空座使用龙星群，喷火龙使用大字爆炎，沙奈朵使用精神强念，耿鬼使用暗影球，路卡利欧使用波导弹，仙子伊布使用月亮之力，各种强大的招式一起攻向邪恶宝可梦。
邪恶宝可梦也不甘示弱，它使用黑暗波动抵挡攻击，同时释放出黑暗触手，攻击小智和星海的宝可梦。皮卡丘灵活地躲避着触手的攻击，然后使用伏特攻击，击中了邪恶宝可梦。
藤藤蛇用藤鞭缠住触手，试图阻止邪恶宝可梦的行动。红色暴鲤龙和裂空座在空中与邪恶宝可梦展开了激烈的空战，它们的招式在天空中交织出绚丽的光芒。
在战斗的关键时刻，星海发挥出了她聪明的头脑。她观察到邪恶宝可梦的黑暗能量似乎与遗迹中的某种力量相互呼应，于是她想到了一个办法。她让沙奈朵和耿鬼使用超能力和幽灵系招式，扰乱邪恶宝可梦与遗迹力量之间的联系。同时，她指挥路卡利欧和喷火龙攻击邪恶宝可梦的弱点。
小智也心领神会，他让皮卡丘和藤藤蛇配合星海的宝可梦，集中力量攻击邪恶宝可梦的同一部位。
经过一番激烈的战斗，邪恶宝可梦终于被成功封印回遗迹中。小智和星海等人也松了一口气，他们知道，这次的冒险虽然充满了危险，但也让他们收获了宝贵的经验和成长。
随着时间的推移，小智在合众地区的冒险逐渐接近尾声，他即将踏上新的旅程。而星海则继续在宝可梦的世界里追寻着自己的梦想，她的宝可梦们将陪伴她一起，创造更多的传奇。