穿过闸门，众人来到一间巨大的实验室内。实验室的中央，一个悬浮在半空的透明培养舱里，浸泡着一只蜷缩的宝可梦——竟是一只从未见过的、通体雪白的龙形宝可梦，它的鳞片上布满了暗晶能量形成的脉络。培养舱外，一个穿着黑色风衣的女人正用针管抽取舱内的液体，注入旁边的能量容器中。
“这是……” 小遥捂住嘴，“那只宝可梦好可怜。” 女人转过身，露出一张冷峻的脸，她的身后，站着一只同样披着暗晶铠甲的美纳斯。“我是暗晶计划的负责人，伊芙。” 女人的声音没有丝毫温度，“这只‘白化快龙’是我最完美的作品，它的体内流淌着最纯净的暗晶能量。”
就在伊芙准备下令攻击时，实验室的天花板突然被撞开一个大洞，一道金色的身影俯冲而下，落在众人面前——竟是一只闪光的比雕。比雕的背上，跳下一个戴着红色披风的男人，他摘下墨镜，露出锐利的眼神：“伊芙博士，你的研究该结束了。”
“是四天王的渡先生！” 小胜激动地喊道。渡点点头，目光落在培养舱里的快龙身上：“暗晶能量本质上是被污染的龙脉之力，强行注入宝可梦体内，只会让它们痛苦不堪。” 他抛出精灵球：“快龙，用龙爪打破培养舱！” 渡的快龙发出一声龙吟，金色的爪子带着破空声劈向培养舱，却被伊芙的美纳斯用水流尾挡开。
“美纳斯，用水炮！” 伊芙的美纳斯喷出高压水柱，水柱中夹杂着黑色晶体。渡迅速下令：“快龙，用龙卷风把晶体卷起来！” 龙卷风将水炮与晶体一同卷入高空，炸开的水花落在地上，留下滋滋作响的黑色痕迹。
星海注意到伊芙的美纳斯每次使用技能后，鳃边的晶体都会闪烁一下：“渡先生，它的能量循环依赖鳃边的晶体！攻击那里！” 渡立刻会意：“快龙，龙之波动，瞄准它的鳃部！” 紫色的波动精准命中，美纳斯鳃边的晶体碎裂，它痛苦地扭动着身体，身上的铠甲渐渐褪去光泽。
与此同时，小智的蜥蜴王用叶刃劈开了培养舱的锁扣，白化快龙缓缓睁开眼睛，眼中却没有红光，只有迷茫与虚弱。星海让沙奈朵释放出治愈波动，柔和的蓝光包裹住快龙，它身上的暗晶脉络以肉眼可见的速度淡化。
伊芙看着失去战斗力的美纳斯和被解救的快龙，突然按下手中的引爆器：“就算你们赢了，整个暗晶岛的能量核心也会在十分钟后爆炸！” 话音刚落，实验室开始剧烈摇晃，墙壁上的暗晶管道纷纷炸裂。
“我去阻止核心爆炸！” 星海转身冲向实验室深处，“小智，渡先生，拜托你们掩护其他人撤离！” 沙奈朵的念力撑起一道防护屏障，挡住坠落的碎石，星海的身影很快消失在浓烟中。
核心控制室里，巨大的暗晶能量核心正发出嗡鸣，表面的晶体以越来越快的频率闪烁着，屏幕上的倒计时显示“08:47”。控制室的中央，站着一个身披黑色斗篷的男人，他的身边，趴着一只双眼紧闭的超梦。
“你终于来了，星海。” 男人摘下斗篷，露出一张与大木博士有几分相似的脸，“我是‘暗晶计划’的创始人，阿尔瓦。” 他抚摸着超梦的头，语气中带着病态的狂热，“超梦的基因里蕴含着无限可能，只要注入足够的暗晶能量，它就能成为最强的宝可梦，统治所有生物……”
“你所谓的‘统治’，不过是用痛苦换取的服从。” 星海的声音冷静得像冰，“暗晶能量会侵蚀宝可梦的意识，超梦现在很痛苦。” 她的终端屏幕上，正实时显示着超梦的脑电波图谱——波动混乱而剧烈，显然处于极度的精神折磨中。
阿尔瓦冷笑一声：“那就让你见识一下它的力量。” 他按下控制台的按钮，超梦猛地睁开眼睛，眼中燃烧着暗紫色的火焰，周身爆发出的能量让整个控制室剧烈震动。“超梦，精神破坏！” 阿尔瓦嘶吼着下令。
无形的精神冲击波朝星海袭来，沙奈朵立刻张开念力屏障，却被冲击波撞得连连后退，嘴角溢出一丝蓝光。“沙奈朵，没事吧？” 星海扶住它，目光落在超梦脚边——那里散落着几块从它身上脱落的黑色晶体，晶体上残留着微弱的治愈波动。
“原来如此……” 星海突然笑了，“你在抗拒阿尔瓦的控制，对吗？” 她对沙奈朵说：“用最大的治愈波动，不是攻击，是传递善意。” 沙奈朵虽然不解，但还是照做了——柔和的蓝光如潮水般涌向超梦，与它身上的暗紫色能量碰撞时，竟激起了一圈圈金色的涟漪。
超梦的身体剧烈颤抖起来，眼中的暗紫色火焰忽明忽暗。阿尔瓦见状，疯狂地按下更多按钮：“加大能量输出！我命令你，杀了她们！” 超梦发出一声痛苦的咆哮，精神破坏再次爆发，但这一次，它的攻击目标不是星海，而是控制台！
“不！” 阿尔瓦惊恐地看着控制台被精神力量撕碎，倒计时的屏幕瞬间黑屏。超梦身上的暗晶能量如潮水般褪去，它虚弱地倒在地上，眼中的火焰熄灭了，恢复了原本的清澈。
阿尔瓦瘫倒在地，看着恢复意识的超梦，突然疯狂地大笑起来：“失败了……又失败了……” 这时，小智和渡带着其他人冲进控制室，看到眼前的景象，都松了一口气。
超梦缓缓站起身，走到星海面前，用念力在她掌心放下一块纯净的白色晶体——那是暗晶能量失去污染后的形态。星海握紧晶体，对超梦点了点头：“谢谢你。”
离开暗晶岛时，小遥看着渐渐远去的岛屿，突然问道：“那些被暗晶能量影响的宝可梦，都能恢复吗？” 星海望着手中的白色晶体，将它对着阳光——晶体折射出七彩的光芒：“只要还有治愈的可能，就值得我们去努力。”
小智拍了拍她的肩膀：“接下来，要不要一起去挑战开拓区？听说那里的开拓之脑，比联盟的天王还难对付呢！” 星海收起晶体，嘴角扬起一抹浅浅的笑：“好啊，正好可以测试一下，沙奈朵的新技能练得怎么样了。”
远处的海面上，暗晶岛的轮廓渐渐被晨雾笼罩，只有几只恢复正常的野生宝可梦，在天空中自由地飞翔。