众人返回方舟时，却发现方舟的监测仪上出现了异常——共生宇宙和界蚀主域的本源锚点旁，同时出现了淡黑色的“暗黑印记”，印记的能量频率与主君完全一致，显然是领主的突击舰留下的。
“是主君的‘定位印记’！”精密者的声音带着急切，“印记会不断吸收锚点能量，为主君指引方向，还会缓慢腐蚀锚点！我们需要尽快清除印记，否则24小时后，主君会直接通过锚点降临！”
光痕的目光落在印记的能量信号上，突然想起平衡本源石的特性：“本源石的中性能量能中和暗黑能量！李锐，你和我去清除共生宇宙的印记；凌，你和晶去界蚀主域，界蚀本源珠能帮你们稳定锚点；虚空领主，你在方舟休养，配合精密者和能量光体研究防御阵！”
“我和你们一起去共生宇宙！”虚空领主的意识体虚弱地飘过来，“我的空间能量能开辟快速通道，还能帮你们抵挡印记的腐蚀。别拒绝，这是我能做的最后一点事。”
光痕看着他坚定的意识波动，终究没有拒绝。众人再次分工，光痕、李锐、虚空领主前往共生宇宙；凌、晶前往界蚀主域；精密者和能量光体留在方舟，研究防御阵和本源石。
当光痕三人抵达共生宇宙的本源锚点时，印记的腐蚀已蔓延至锚点的10%，淡黑色的能量丝如同藤蔓般缠绕着锚点，周围的共生能量变得异常紊乱。“中性能量准备！”光痕将本源石贴在印记旁，暗金色的能量顺着印记蔓延，腐蚀的能量丝开始消退，“李锐，用信念光痕加固锚点，别让印记反扑！”
李锐的信念光痕展开，如同一张绿色光网覆盖住锚点，叶的生命能量顺着光痕注入，锚点的共生能量逐渐稳定。虚空领主的空间能量则在周围构建出一道“隔离层”，防止暗黑能量扩散。就在印记即将被清除时，锚点突然剧烈震颤，通讯器中传来凌的紧急声音：“界蚀主域的印记出现异常！它在吸收界蚀主域的负面能量，进化成了‘暗黑母印’，能不断分裂出子印，我们清除不完！”
光痕的心脏一沉，意识触角延伸至界蚀主域，果然看到母印在不断分裂，子印如同潮水般涌向界蚀主域的各个角落。“王世明先生！怎么清除母印？”她急切地呼唤。
金色意识光丝快速凝聚：“母印的核心在界蚀主域的‘暗黑祭坛’，需要用双生本源珠同时共鸣，才能彻底摧毁！但祭坛周围环绕着‘暗黑结界’，只有暗黑主君的直系能量才能进入，你们需要……”
意识光丝的声音突然停顿，方舟的监测仪上传来一阵刺耳的警报——虚无域的方向出现一道巨型裂缝，暗黑色的能量如同瀑布般倾泻而出，一道恐怖的意识波动笼罩了整个双生宇宙，正是暗黑主君的气息！
“24小时……提前了！主君提前降临了！”精密者的声音带着绝望，“他的意识已锁定界蚀主域的暗黑祭坛，正在向母印靠近，他要吸收母印的能量，增强自身！”
光痕看着界蚀主域方向的暗黑色光芒，又看了看手中的双生本源珠，心中做出了决定：“我们立刻去界蚀主域！就算主君提前降临，也要摧毁母印！李锐、虚空领主，你们敢跟我一起去吗？”
“有什么不敢的！”李锐的信念光痕重新变得明亮，“叶的信念说，‘真正的守护，是明知不可为而为之’。我们一起去，就算是死，也要守住双生宇宙！”
虚空领主的意识体泛起坚定的黑色光芒：“我陪你们去！空间能量虽少，但能帮你们避开主君的意识探测。我们……出发吧。”
三人登上晶体战舰，向着界蚀主域的暗黑祭坛疾驰而去。虚空中，暗黑色的能量越来越密集，主君的气息如同乌云般笼罩，每靠近祭坛一步，就感受到更强的压迫感。当他们看到祭坛时，却发现主君的身影已出现在祭坛上空，暗黑色的能量正顺着他的手掌注入母印，母印的光芒越来越亮，分裂的子印也越来越多。
“你们终于来了。”主君缓缓转过身，暗黑色的眼眸中没有丝毫情绪，“渺小的共生者，你们以为能阻止我？今天，我会吸收母印的能量，再吞噬双生宇宙的本源，成为整个混元的唯一主宰！”
光痕将双生本源珠和平衡本源石举过头顶，四色能量再次爆发：“我们不会让你得逞！双生宇宙的生命，不会成为你的养料！”
主君冷笑一声，暗黑色的能量挥出，直奔三人而来。光痕、李锐、虚空领主同时爆发能量，挡住攻击，却被震得连连后退。光痕的嘴角溢出淡金色的能量血液，却依旧死死盯着主君：“李锐，准备共鸣！虚空领主，帮我们锁定母印核心！”
“收到！”李锐的信念光痕展开，与双生本源珠共鸣；虚空领主的空间能量凝聚成一道细针，锁定母印核心。就在共鸣即将启动时，主君的能量突然增强，一道巨型暗黑光刃直奔李锐——“小心！”光痕猛地推开李锐，自己却被光刃擦中，身体瞬间被暗黑能量缠绕，意识开始模糊。
“光痕！”李锐的声音带着绝望，信念光痕爆发，试图清除光痕身上的暗黑能量，却被主君的能量挡住。
主君一步步走向光痕，暗黑色的能量在掌心凝聚：“只要吸收了你体内的共生本源，我就能彻底掌控双生能量……游戏，该结束了。”
就在这千钧一发之际，方舟的方向突然传来一阵强烈的能量波动——凌、晶、精密者、能量光体带着双生宇宙的联合防御阵能量，直奔主君而来：“光痕！我们来了！一起对抗主君！”
主君回头，眼中闪过一丝惊讶，随即冷笑：“多了几个蝼蚁而已，依旧改变不了结局。”
光痕看着赶来的伙伴，意识逐渐清醒，她握紧手中的本源石，四色能量再次泛起：“伙伴们，一起上！就算是死，我们也要拉着主君一起！”
一场关乎双生宇宙存亡的终极对决，在界蚀主域的暗黑祭坛前正式打响。而没有人注意到，虚无域的裂缝中，无数道暗黑能量流正缓缓涌向主君的方向——那是虚无域的“暗黑军团”，它们的到来，将让这场战斗的天平，彻底倒向主君一方。