凌霄则几乎将所有时间都投入到了与艾拉博士领导的科研团队的合作中。工作的核心，是建立一个极其精密而稳定的“三角锚定系统”：以经过改造强化的“深渊潜航”引擎为动力源和维度破壁器，以凌霄手腕上“共生之种”散发出的、蕴含着强大生命本源法则的独特波动为空间坐标信标和稳定基座，再以凌霄自身不断淬炼、与飞船某种底层代码（或许就是“秘纹”）产生共鸣的“剑魂”能量为引导和微调手段。三者必须达到近乎完美的和谐共振，才能在计划启动时，于狂暴的“深渊”（高维空间乱流或暗能量潮汐）中，为“不屈号”这艘孤舟开辟出一条狭窄却相对安全的航道，并确保其不会迷失方向或被时空乱流撕碎。
这个过程极其繁复、精细且充满风险。凌霄需要持续不断地调整自身能量的输出频率和强度，小心翼翼地引导“剑魂”之力与引擎能量流进行耦合，同时还要保持“共生之种”波动的绝对纯净与稳定。他配合科研团队进行了成百上千次的模拟测试，每一次都如同在刀尖上跳舞，对精神力和能量控制力是极大的考验。然而，凌霄对能量那种近乎本能的精妙掌控，以及他对“秘纹”远超当前科技理解层次的感悟，屡屡让艾拉博士等遗民科学家感到震惊不已，也极大地加速了整个校准进程，许多之前卡住的技术难关迎刃而解。
与此同时，在与艾拉博士的交流中，凌霄也如饥似渴地吸收着关于上一个纪元“擎天文明”的浩瀚知识。尽管许多尖端的科技造物已经失落，但其关于宇宙常数、维度结构、能量本质的基础理论，却为凌霄打开了一扇全新的大门。许多他之前凭借直觉和“秘纹”感悟到的模糊概念，在这里找到了严谨的理论支撑和数学表达，两者相互印证，使得他的修为境界和对力量本质的认知，都在以一种惊人的速度深化和提升，仿佛进行着一次认知层面的“跃迁”。
当然，他也清晰地感受到了“不屈号”所面临的严峻内外部压力。内部，能源短缺是悬在头顶的达摩克利斯之剑，尤其是驱动“深渊潜航”引擎所需的那种超高纯度能量晶体，库存已经见底，寻找替代能源或新的矿脉是当务之急。外部，除了需要像幽灵一样时刻警惕可能扫过星域的“净化者”探测波，他们还长期受到一股被称为“掠夺者”的太空流寇势力的骚扰。根据情报，这些“掠夺者”成分复杂，主要由不同纪元幸存者中的逃亡者、罪犯和极端分子组成，他们像宇宙中的蝗虫，专门袭击像“不屈号”这样防御相对薄弱、资源匿乏的避难所，烧杀抢掠，无恶不作。
“最近，‘掠夺者’的活动信号在附近星域出现的频率和强度都异常增高。”一次在简陋的食堂共进晚餐时，身材魁梧、脸上带疤的防卫官雷克斯，忧心忡忡地向诺克顿长老汇报，粗犷的眉毛紧紧拧在一起，“我们的被动侦测阵列捕捉到多次未经识别的短途跃迁信号，模式很像是掠夺者的侦察舰。我担心……他们是不是已经锁定了我们的位置，或者在策划一次大规模突袭。”
诺克顿长老放下手中的合成营养膏，眉头锁成了川字，苍老但依旧锐利的目光中闪过一丝厉色：“‘深渊潜航’计划已到最关键阶段，绝不容许任何干扰！雷克斯，将警戒等级提升至最高！所有防御平台充能待命，巡逻队加倍！如果那些宇宙渣滓敢来触碰‘不屈号’的逆鳞，就让他们用鲜血来忏悔自己的愚蠢！”
凌霄默默地将这些信息记在心中，一股强烈的紧迫感油然而生。必须在外部威胁彻底爆发、将避难所拖入战火之前，完成所有的准备工作，启动“深渊潜航”！
时间在高度紧张和忙碌中飞速流逝。在全体避难所成员不分昼夜的共同努力下，“深渊潜航”引擎的最终调试和至关重要的能量同步校准工作，终于接近了尾声。
这一天，艾拉博士拖着疲惫却兴奋异常的身躯，在指挥中心向诺克顿长老和凌霄宣布了激动人心的消息：“同步率稳定在98.73%！远超我们理论模型的最高预期值！‘三角锚定系统’的稳定性曲线完美！凌霄提供的生命坐标信标清晰度极高！我们可以开始进行最后的全系统整合与联动测试了！”
胜利的曙光仿佛已经穿透了避难所厚重的金属外壳，照射在每个人的脸上。长久压抑的气氛中，终于注入了一股名为希望的活力，整个“不屈号”都弥漫着一种 hopeful 的、带着紧张期待的兴奋。
然而，命运的转折往往发生在最接近成功的时刻——
就在全系统整合测试即将开始的前夜，当大部分居民已经进入梦乡，只有值班人员和核心团队还在进行最后检查时——
呜——！！！呜——！！！
尖锐、凄厉、足以刺穿耳膜的全面战斗警报声，毫无征兆地，如同死神的镰刀划破寂静，骤然响彻了“不屈号”避难所的每一条通道、每一个舱室！红色的应急灯疯狂闪烁，将一切染上不祥的血色！
危机，不期而至！