朱棣与凌云缔结的同盟，如同一剂猛药，强行注入大明这台古老而沉疴的躯体。药性猛烈，自然伴随着剧烈的排异反应。“天工统筹局”虽有权柄，终究难以在短时间内穿透千年积淀的官僚沉疴与思想壁垒。
南京国子监，数百名头戴方巾、身着襕衫的监生，聚集在贡院门前，捶胸顿足，哭声震天。他们并非为科场失意，而是为那“格物学堂”公然招收工匠贱籍子弟，并与国子监并列为“官学”而痛心疾首。
“圣贤之道不存矣！奇技淫巧祸国矣！”一名老监生以头抢地，额角见血，状若疯魔。“此乃亡国之兆！吾等宁死，不与此辈同列！”
类似的场景，在各地官学、书院时有发生。读书人固有的优越感与对未知领域的恐惧结合在一起，形成了强大的阻力。尽管有皇帝严旨，有“天工局”强力推行，但阳奉阴违、消极怠工者比比皆是。许多被指派到格物学堂担任副职或教习的落魄秀才，自身都对所谓“格物”嗤之以鼻，教学敷衍了事。
军事改革的阻力同样不小。天津卫新军训练基地内，来自边镇的老兵油子对那枯燥的队列训练和复杂的枪械保养条例怨声载道，几次险些酿成营啸。若非李参将调来的吕宋教导队弹压得力，以及朱棣狠心处置了几名带头闹事的军官，局面几乎失控。
资源的调配更是牵扯着无数神经。当“天工局”的勘探队在一处被某位致仕阁老家族视为祖产的山地中发现高品质钨矿时，当地官府竟以“破坏风水龙脉”为由，阻挠开采，双方对峙月余，直至郑和亲自持皇帝金牌令箭赶到，才强行压服。
这一切的纷扰、抵制与内耗，都清晰地呈现在凌云和朱棣面前。
“陛下，旧疾沉疴，非猛药与时间不能根治。然……我等最缺的，便是时间。”凌云在每日的联席会议上，语气沉重。他能感觉到，宝贵的时光正在这些无谓的内耗中飞速流逝。
朱棣面沉如水，他何尝不知？但他能以铁腕压服明面的反抗，却难以瞬间改变千万人根深蒂固的观念。他看着凌云，这个他曾经无比忌惮的“臣子”，此刻却成了他唯一能倚仗的、通往未来的桥梁。
“朕知道。”朱棣的声音带着一丝疲惫，更多的却是帝王的狠厉，“非常之时，行非常之事。传朕旨意，凡阻挠新政、阳奉阴违者，无论官职高低，背景如何，一律拿下，交有司严办！空出的位置，由‘天工局’考核选拔干练之人接任！朕，要用人头，为这新政铺路！”
血腥的清洗开始了。数名四品以上官员、十几位地方豪强被迅速问罪，家产抄没，人头落地。朝野震怖，反对的声音暂时被压制了下去，但那股怨气与不解，却如同地火，在暗处默默燃烧。
外部压力巨大，内部整合艰难，但吕宋自身的核心研发，却在近乎孤注一掷地疯狂推进。
格物院地下深处，一座代号“烛龙”的巨型建筑内，气氛紧张到了极点。这里是“凌霄殿”项目的核心实验区。中央，一个庞大而复杂的金属结构正在组装，其核心部位，是一个被层层铅壳和特殊合金包裹的圆柱体——人类历史上第一个旨在可控条件下运行的核裂变反应堆原型机！
陈默和团队成员们穿着厚重的防护服，如同行走在刀尖上，进行着最后的检查。每一根管路，每一个接头，都关乎着成败，更关乎着在场所有人的生死。核辐射的危险，他们从理论中早已深知。
“燃料棒装载完毕！”
“控制棒系统校准完成！”
“冷却回路压力正常！”
“辐射屏蔽层最后检测通过！”