与此同时，京城的暗流并未停息。天津卫格物分苑的建立，触动了许多人的神经。保守派文官们无法公开反对皇帝首肯、利在漕运的事情，便转而攻击格物分苑“招收生徒，不分良贱，有教无类，败坏礼法”，甚至有人捕风捉影，弹劾分苑“夜间常有异光闪烁，恐行巫蛊厌胜之事”。
这些攻击虽然暂时无法动摇格物分苑的根基，但却成功地在朱棣心中埋下了一丝疑虑。皇帝一方面享受着技术带来的便利和军事优势，另一方面也对这种脱离儒家经典、自成体系的知识传承方式感到本能的不安。他下了一道中旨给凌云，措辞温和但意图明显，询问格物之学“其理源于何典？其法可合于王道？” 这无异于要求凌云为“科学”寻找一个符合传统意识形态的“名分”。
这是一个比应对深海怪物更加棘手的挑战。科学与儒家思想的根本范式不同，强行附会只会不伦不类。但皇权的压力必须回应。
凌云沉思数日，召集了吕宋基地内几位学问渊博、思想相对开明的原儒生出身的技术官员和学生，进行了一次秘密会议。
“格物致知，本出自《大学》。”凌云开宗明义，“吾等所为，不过是将‘格物’二字，做得更彻底些。昔日朱子格竹，七日不得其理而病倒。今吾等格一草一木、一格一石，乃至格这电光火石之力，皆需观测、实验、演算、验证，此乃‘即物穷理’之实学，正是为了探求天工造物之真谛，何尝背离圣贤之道？”
他定下基调：不直接挑战儒家意识形态，而是将其中的某些概念（如“格物致知”、“经世致用”、“天工开物”）进行重新诠释和扩展，将科学技术包装成一种更务实、更深入的“实学”或“新学”，是儒家思想在新时代的发展和补充。
在此基础上，他亲自执笔，开始撰写一篇名为《格物真源疏》的长篇奏章。文中，他极力避免使用过于离经叛道的词汇，而是用“体察天工”、“穷究物理”、“利国惠民”、“强兵富国”等儒家能接受的语言，来阐述科学技术的重要性。他将电光解释为“阴阳相搏之精微显化”，将蒸汽动力解释为“水火既济之力巧驭”，将数学、物理视为“度量天地之准绳”，试图在传统的话语体系内，为科学争取一席之地。
这是一次艰难的思想嫁接。他知道这并非长久之计，科学的思维方式终将与儒家传统发生更激烈的冲突。但在羽翼未丰之前，他需要这层保护色。
奏章写成，用快船送往京城。能否说服朱棣，或者至少暂时安抚住他，凌云心中并无十足把握。
就在奏章发出的第二天，“深渊应对特种舰队”的训练海域传来紧急消息：他们在一次模拟对抗中，声呐发现了多个高速、小体积目标集群，其运动模式与之前遭遇的变异体高度相似，但更加灵活，而且……似乎具备某种简单的战术配合！
“圣主”的深渊军团，并未留给凌云太多准备时间。它们在学习，在进化。
吕宋基地内，灯火通明。一边是实验室里，玄玑子与陈默团队废寝忘食地探索着意识与场域的奥秘；一边是造船厂中，焊花四溅，工人们日夜不停地为战舰加装新型武器和防护；另一边，凌云的书房里，关于意识形态和未来道路的思考与论辩也从未停止。
科技、军事、思想，三条战线同时承受着压力。而遥远的南方深海，那孕育着恐怖的黑潮，正在缓缓涌动。