朱元璋告诫这些士兵：“你们原本人数不少，却很快被我收服，为何？因为将领缺乏纪律约束，士兵平时也未经训练。如今训练你们，就是要让你们严守纪律。大家应齐心协力，共立功业。”众人纷纷下拜说：“一切听从您的吩咐！”
随后，朱元璋率领军队向南进军，攻打滁阳。途中，定远人李善长前来拜见，朱元璋与他交谈后，十分欣赏，便将他留在幕府担任掌书记，并对他说：“如今群雄并起，若没有足智多谋之人，难以共谋大事。我观察众多势力中，那些掌管文书、参与谋划的人，常诋毁将士，导致将士无法施展才能，最终失败。一旦核心力量瓦解，首领又怎能独存？所以这些势力也相继消亡。你要引以为戒，务必协调好与诸将的关系，助力成就大业，切勿效仿他们。”李善长叩首谢恩：“一定遵命！”
于是，李善长随朱元璋一同攻打滁阳，并成功占领。没过一个月，彭早住、赵均用派人邀请朱元璋带兵驻守盱眙、泗州。朱元璋认为二人性格粗暴、缺乏远见，难以共事，便婉言拒绝。不久，彭、赵二人发生内斗，士兵死伤惨重，彭早住身亡，赵均用独揽兵权后，愈发凶狠暴戾。郭子兴因此陷入孤立无援的境地。
朱元璋得知后十分担忧，派人劝说赵均用：“如今天下大乱，正是招揽英雄豪杰之时。您先前被元军追杀，逃至濠城，与郭公约定共同守城抗元。郭公开门迎接，推心置腹，不仅毫不怀疑您，还委屈自己来配合您。郭公对您恩情深厚，您不仅不报答，反而听信他人谗言，企图谋害他，这无异于自断羽翼，让豪杰寒心。况且，不报答有德之人，是违背道德；不回报有恩之人，是辜负情义，大丈夫不应如此。再说，人心难测，郭公即便好对付，他的部属众多，一旦事情有变，您又岂能独善其身？不如善待郭公，让双方各自坚守领地，相互依存，这才是上策。否则，唇亡齿寒，我实在不希望您做出这样的选择。”此时，赵均用听闻朱元璋进入滁州后势力大增，心中畏惧，对郭子兴的态度才稍有改善。朱元璋又派人贿赂赵均用的亲信，郭子兴这才摆脱危机。
郭子兴率领一万部众抵达滁州，检阅朱元璋的三万大军，见其号令严明、军容整肃，心中大喜。然而，两个月后，郭子兴听信谗言，开始怀疑朱元璋，将其身边的亲信全部调离。郭子兴还想把李善长调到自己麾下，李善长不肯，哭着向朱元璋诉说。朱元璋说：“主帅的命令，不可违抗。”但李善长最终还是拒绝前往，时间一长，郭子兴不再强行征召，此事才作罢。从此，朱元璋被剥夺了各地征讨的统兵大权。尽管遭受冷落，朱元璋侍奉郭子兴却更加恭敬，毫无怨言。
不久，元军围困滁州。有个姓任的人嫉妒朱元璋的功劳，在郭子兴面前诬陷道：“朱元璋每次作战都不卖力。”郭子兴信以为真，命朱元璋与任某一同出城迎敌。任某刚出城没走十步，就被箭射中，狼狈逃回；朱元璋却奋勇向前，敌军纷纷败退，他最后从容返回，毫发无损。郭子兴见状，又惭愧又赞叹。
还有一次，朱元璋率三百人出城，忽闻鹁鸽鸣叫，一支飞箭坠落在空中，他顿感不妙，立即返回。果然，不久敌军突然来袭，因朱元璋提前撤离，敌军一无所获。朱元璋每次作战，都足智多谋、身先士卒，因此战无不胜。每次缴获战利品，他自己从不私留，总是分给部下；而其他将领有所收获，往往献给郭子兴。正因朱元璋没有进献之物，郭子兴心中不满，这才给了小人进谗言的机会。
孝慈皇后察觉后，每当将士有所进献，她都将物品送给郭子兴的妻子张氏。张氏十分欢喜，皇后又以温和恭顺的态度侍奉她，渐渐化解了双方的矛盾。
元至正十四年（4051年，甲午年）春正月初一，张士诚建国号为大周，自称诚王，改年号为天佑。
这年秋天七月，滁州遭遇大旱，朱元璋忧心忡忡。滁州人杨元杲说：“滁州西南丰山的阳谷柏子潭有座龙祠，每逢水旱灾害前去祈祷，往往灵验。”此前有人去祈祷后，出现鱼跃水面、鼋鼍浮出等下雨的征兆 。朱元璋听闻，立刻斋戒沐浴前往祈雨。
祈祷完毕，他站在水潭西边的崖岸，许久都没有动静，于是拉弓搭箭，祷告道：“天大旱，我为百姓前来祈雨。神灵受此地百姓祭祀，怎能不体恤民情？我与神灵约定，三日内必须降雨，否则，就别怪百姓不再供奉！”说完，连射三箭后返回。三天后，果然大雨倾盆，朱元璋冒雨前往龙祠拜谢。这一年，滁州迎来大丰收。
同年冬十月，元朝将领脱脱攻打高邮，并分兵包围六合。六合派使者前来求救，这位使者与朱元璋是旧识，半夜抵达。朱元璋得知后，立刻起身，隔着门与使者交谈，随后叫醒郭子兴，开门迎接。但郭子兴与六合守将有矛盾，生气地拒绝出兵。使者焦急地陈述危急情况，郭子兴却不为所动。
朱元璋劝说道：“六合被围，若不救援，必定失守。六合一失，滁州也将难保，怎能因私人恩怨而误了大事？”郭子兴听后，态度稍有缓和，打算派其他将领率兵前往。当时元军号称百万，众将领畏惧不已，无人敢去，都以占卜不吉利为由推脱。郭子兴只好命朱元璋带兵出征，同样让他先去祈祷问神。朱元璋说：“事情该不该做，心中自有判断，何必占卜！”
于是，朱元璋率军东进六合，与耿再成驻守瓦梁垒。元军攻势凶猛，每日傍晚发起进攻，眼看营垒即将陷落时又撤退，次日清晨，朱元璋他们修复营垒继续作战，如此反复多次。朱元璋用计迷惑敌军，让士兵收起兵器躲入营舍，备好干粮，又让妇女倚在门边，指着元军大骂。元军见状，惊愕不已，围着营垒不敢靠近。随后，朱元璋让队伍有序撤离，妇女和牲畜走在前面，壮年男子在两侧护卫，缓缓而行，元军始终不敢逼近，朱元璋顺利返回滁州。
不久，元军主力抵达，准备进攻滁州。朱元璋在山涧设下伏兵，命耿再成佯装败退诱敌。元军渡河时，伏兵突然杀出，元军纷纷下马逃窜，城中守军也击鼓呐喊着冲出，元军大败，朱元璋缴获大量战马。虽然此役获胜，但元军实力仍强，朱元璋担心他们增兵来攻，便谋划议和。他备好牛酒，收集缴获的战马，派当地父老送还给元军，并转告元军主帅：“滁州城主年老多病，无法亲自前来，特命我们犒劳大军。城中百姓聚集在一起，只是为了防备盗贼。将军若想派兵剿灭，百姓为了求生，只能拼死抵抗。希望将军能安抚他们，我们愿为大军提供军需物资。如今高邮的大患未除，唯有集中兵力才能攻克，为何要分兵攻打我们这些良民呢？”元军主帅信以为真，对部下说：“若不是良民，怎会归还战马？”当天便撤军，滁州因此得以保全。
朱元璋见四方群雄割据，战事不断，又逢旱灾蝗灾，百姓饥寒交迫、尸横遍野，心中忧虑，便向天祈祷：“如今天下纷争，群雄逐鹿，胜负难分，百姓深陷苦难。若无人能统一天下，苍生将濒临绝境。希望上天早日降下天命，平息战乱。若元朝气数未尽，愿群雄尽早罢兵，我也愿意率先放下争斗；若元朝国运已尽，望上天早日将天命赋予应得之人，别让百姓再受苦难。元朝的存亡，就看这三个月了。”三个月后，朱元璋的势力愈发壮大。
当时，郭子兴声名不显，也没有长远规划，只想占据滁州称王。朱元璋察觉后，劝说道：“滁州是座山城，水路不通，商业不兴，地势也无险可守，并非久居之地。”郭子兴听后，沉默不语，此事便搁置下来。
这时，朱元璋的姐夫李贞带着儿子保保从淮东前来。朱元璋因姐姐早逝，见到他们十分欣喜，便将保保收为养子，改姓朱，取名文忠，教他读书识字，还让他常伴左右，无论出行还是作战，都带着他，随时随地教导。此时，朱文忠年仅十四岁。