创世号突击舰驶离创世星轨道时，苏瑶站在基地的观测台上，挥手送别。她手中的培育舱里，一株新的 “熵能净化藤” 正在生长 —— 这是她用创世灵脉能量与熵族能量样本，培育出的能专门对抗熵能的灵植，藤蔓表面的紫色纹路能吸收熵能，转化为淡绿色的生机能量。“林羽，一定要平安回来，我会在这里，为你们准备好对抗双反派的灵植武器。”
创世号在星空中疾驰，林羽站在观测窗前，手中的星盟秘录与传承戒同时亮起。他知道，前往遗弃空间站的旅程，将充满未知与危险 —— 埃尔德的陷阱、熵族的追击、虚空族的窥探，还有激活生机核心的终极抉择，都在前方等待着他。但他也明白，这是守护宇宙生机的唯一希望，无论付出什么代价，他都必须完成这个使命。
当创世号靠近遗弃空间站时，林羽的传承戒突然发烫，戒面投射出灵脉密室的位置 —— 就在空间站的最底层，被厚厚的星盟合金与灵脉封印保护着。空间站的周围，隐约能看到黑色的虚空裂隙与紫色的熵能云在缓慢汇聚，显然，埃尔德的残余势力与熵族的先遣队，已在空间站周围布下了天罗地网，等待着林羽的到来。
“准备战斗！” 林羽握紧雷电长矛，创世号的反虚空主炮与熵能净化炮同时启动，“我们的目标是灵脉密室，找到本源之心后，立刻撤离，不要与敌人恋战！”
突击舰突破空间站的外层防御时，无数道黑色的虚空战舰与紫色的熵族战舰突然从裂隙与云层中冲出，朝着创世号发起猛攻。林羽下令启动舰身的灵脉护盾，同时释放出苏瑶提前准备的 “熵能净化藤” 种子，淡绿色的藤蔓在舰身周围快速生长，形成一道坚固的防御层，将袭来的熵能与虚空能量快速净化。
“灵脉密室就在前方！” 星启长老指着屏幕上的坐标，“但通道被一道星盟封印挡住，需要传承戒与星盟核心钥同时激活才能打开！”
林羽立刻将传承戒与星盟核心钥按在封印上，金色的能量顺着封印蔓延，通道的大门缓缓打开。当两人进入密室时，眼前的景象让他们震撼 —— 密室中央的石台上，一颗比灵脉之心小一号的 “本源之心” 悬浮在半空，通体呈淡金色，表面环绕着与传承戒同源的符文，散发出能让人心境平和的生机能量。
但就在林羽伸手去拿本源之心时，密室的大门突然关闭，埃尔德的虚影再次出现在石台上空：“恭喜你，林羽，成功落入我的陷阱！这颗本源之心是假的，真正的本源之心，早已被我藏在熵寂深渊 —— 只有当你带着这颗假的本源之心，前往熵寂深渊时，熵寂君主才能吸收你身上的传承者灵脉，完成最终的复活！”
虚影大笑着消失，密室的墙壁开始释放出紫色的熵能与黑色的虚空能量，朝着林羽与星启长老的方向袭来。林羽的心中一沉，他握紧手中的假本源之心，突然意识到，这或许是埃尔德与熵寂君主的 “双重陷阱”—— 他们不仅要夺取创世灵脉，还要利用林羽的传承者身份，完成熵寂君主的复活。
“星启长老，我们必须立刻突围！” 林羽将假本源之心收入储物盒，“即使这颗是假的，也能从它的能量波动中，追踪到真正本源之心的位置！”
林羽挥动雷电长矛，金色的星盟能量与星启长老的灵脉能量融合，形成一道巨大的能量刃，劈开密室的墙壁，朝着创世号的方向冲去。空间站外，联盟的支援舰队已赶到，石心长老与澜语女王带领舰队，与虚空族、熵族的战舰展开激烈战斗，为林羽的突围创造机会。
当创世号终于冲出包围圈，朝着创世星的方向驶去时，林羽看着手中的假本源之心，心中明白，第三阶段的终极危机已全面爆发 —— 熵寂君主即将集齐复活所需的生机，虚空主母正在集结力量，埃尔德的阴谋层层嵌套，而真正的本源之心，还隐藏在最危险的熵寂深渊中。
“赵凯，通知苏瑶，分析假本源之心的能量波动，寻找真正本源之心的位置；石心长老、澜语女王，你们带领舰队，在熵寂深渊外围集结，做好战斗准备。” 林羽的声音通过通讯器传遍联盟，“这一次，我们不再被动防御，而是主动出击，在熵寂君主复活前，找到本源之心，激活星盟生机核心，彻底终结这场危机！”
创世号的引擎爆发出耀眼的金色光芒，朝着创世星的方向疾驰。林羽站在观测窗前，看着远处逐渐清晰的星球轮廓，手中的传承戒与假本源之心同时亮起 —— 他知道，接下来的旅程，将是他与联盟伙伴们最艰难的挑战，但只要守护生机的信念不灭，他们就一定能战胜所有反派，让宇宙的生机永远延续。而这场终极危机的结局，终将在熵寂深渊的决战中，正式揭晓。