萨迦派——花教，因寺院围墙涂红白黑三色花纹得名，注重显密两教传承，代表寺院为萨迦寺。
噶举派?——白教，以“口授传承”为特色，僧人戴白色僧帽，代表寺院包括楚布寺、止贡寺。 ?
宁玛派?——红教，以传承吐蕃时期密咒为主，僧人戴红色僧帽，代表寺院包括多吉扎寺、敏珠林寺等。 ?
格鲁派?——黄教，强调戒律传承，僧人戴黄色僧帽，以甘丹寺、哲蚌寺等为代表。 ?
四大教派在教义、传承方式上差异显着：
宁玛派红教，注重伏藏传承，
萨迦派花教，以“道果法”为核心，
噶举派白教，强调口传心授，
格鲁派黄教，则以戒律和《菩提道灯论》为基础。
因萨迦派花教干预，止贡派白教的内务，
故，公元1285年，止贡派白教引来蒙古四大汗国之一的伊儿汗国军队进攻萨迦派花教，
公元1290年，萨迦派花教支持的萨迦政权，政府首脑本钦.阿琏，引元军以及其他十二万户军队，
攻破止贡派白教支持的止贡万户，史称“止贡之变”。
“止贡之变”，虽然被萨迦派花教支持的萨迦政权，引来元军平息，
但萨迦政权的势力，也变弱！
公元1322年，萨迦款氏家族的四个拉章（八思巴于1265年设立的侍从官职），发生了分裂萨迦派的叛乱活动，
萨迦派白教势力开始走向衰弱 。
公元1329年，白教派支持的朗氏家族的帕竹万户长——绛曲坚赞与雅桑万户发生纠纷，
由于绛曲坚赞不愿受制于担任调解的花教萨迦派，
于是白教帕竹万户与花教萨迦派，之间也爆发矛盾，
此后绛曲坚赞利用萨迦款氏家族分裂衰弱的时机，开始兼并前藏地区。
公元1346年，帕竹万户战胜雅桑万户，
萨迦本钦，将帕竹万户长绛曲坚赞逮捕，
但此时萨迦四拉藏争端再起导致本钦换人，
绛曲坚赞也因此得以获得释放返任。
公元1348年，帕竹万户长绛曲坚赞打败了由萨迦本钦率领的万户联军并派人入京，被元顺帝重新封为万户长，巩固了其政治地位。
公元1349年，绛曲坚赞利用萨迦家族四拉章的矛盾消灭了雅桑和止贡万户，并统领了前藏。
公元1353年，帕竹万户再次打败萨迦和万户联军，并利用萨迦朗氏家族再次发生内乱之机，支持萨迦内部一派，并联合乌思藏宣慰司的军队进兵萨迦控制了后藏地区。
之后，帕竹万户——绛曲坚赞，遣人进京朝贡，
被元顺帝封为“大司徒”，并赐予世代掌管西藏地方政权的诏书和金印。
公元1357年，绛曲坚赞再次利用萨迦内部矛盾进兵萨迦，
并收缴了末代萨迦本钦的大印，
至此，西藏地方政府，从花教派支持的萨迦政权，变为白教支持的帕竹政权！