“城门已破！天佑大明！”前线观察哨激动地回报。
“进攻！”早已等得不耐烦的张献忠，猛地拔出他那柄血迹未干的斩马刀，须发戟张，发出如同受伤猛虎般的狂吼，“儿郎们！跟老子杀进去！剁了那群窝囊废！第一个冲进御殿的，官升三级，赏银千两！”
“杀——！”
他麾下那些如狼似虎的川陕精锐步兵，发出野兽般的嚎叫，如同决堤的狂潮，从坍塌的唐门缺口处，汹涌澎湃地冲入了二条城！他们眼神赤红，战意沸腾，渴望用敌人的鲜血和最后的战功来洗刷征尘！
与此同时，孔有德、尚可喜等同样以勇悍着称的将领，也各率本部精锐，从其他被炮火轰开的缺口或架设云梯攀爬，向城内发起了排山倒海般的猛攻。
城内的抵抗，比预想的还要微弱和混乱。留守的幕府旗本和临时征召的浪人武士，虽然其中不乏深受幕府恩宠、决心以死报效的死硬分子，试图依托御殿、橹楼等建筑进行最后的、绝望的顽抗，但在明军绝对优势的兵力、火力以及那滔天的气势面前，他们零星而散乱的抵抗，如同萤火之于皓月，瞬间便被淹没、碾碎。
战斗迅速由城墙争夺转为城内激烈的巷战和逐屋逐院的建筑争夺。明军士兵以熟练的小队为单位，相互掩护，交替前进。他们用手铳精准地点杀着从门窗后、角落里冒头的敌人，用震天雷炸开紧闭的房门和聚集的守军，用雪亮的刺刀和战刀解决最后的顽抗者。惨叫声、火铳的轰鸣声、爆炸声、兵刃碰撞的铿锵声……在昔日庄严肃穆、代表着日本最高权力的御所庭院和殿舍内激烈地回荡、碰撞，谱写出一曲旧时代覆灭的挽歌。
战斗最激烈、也最具象征意义的一处，发生在“二之丸”御殿。这里是幕府在二条城的核心办公区域。近百名德川家的最核心死士，在家老酒井忠胜的亲自督战下，据守殿内，凭借复杂的结构和门窗负隅顽抗，做困兽之斗。张献忠部与之展开了血腥无比的白刃战，双方在长廊、在房间内殊死搏杀，鲜血染红了精美的榻榻米和拉门。最终，明军以伤亡数十人的代价，全歼了这批最后的抵抗者，酒井忠胜本人也在混战中被一名明军火铳手精准射杀，倒在了他誓死效忠的幕府旗帜下。
临近午时，炽热的阳光驱散了硝烟的一部分，明军那面象征着征服与胜利的赤底龙旗，已经由一名矫健的士兵，牢牢地插上了二条城本丸最高大殿那宏伟的屋脊！旗帜在风中猎猎作响，俯瞰着脚下已被彻底控制的城池。
残余的、零星的抵抗被迅速肃清。二条城，彻底易主。
在众多被俘武士、公卿惊恐、麻木或隐含仇恨的目光注视下，卢象升和俞咨皋在一队盔明甲亮、杀气腾腾的精锐士兵护卫下，大步走入二条城最核心、最神圣的“本丸”御殿。
大殿内，光线昏暗，气氛凝滞。后水尾天皇面色惨白如纸，眼神空洞，仿佛被抽走了灵魂，瘫软在最高的御座上，连保持坐姿似乎都耗尽了全力。周围是几名吓得瑟瑟发抖、面无人色的宫女和少数早已放弃抵抗、跪伏在地的公卿。那象征着天皇神权、被无数日本人顶礼膜拜的“三种神器”——草薙剑、八尺琼勾玉、八咫镜，被随意地、甚至有些狼藉地放置在御座旁的特制案几上，在此时此地，它们似乎彻底失去了往日那神秘而崇高的光环，变得黯淡无光。
卢象升与俞咨皋对视一眼，彼此看到了对方眼中那历史性的凝重。他们上前数步，按照大明军礼，微微躬身，既保持了天朝上将的威严，也未失对一方君主（哪怕是傀儡）的基本礼节。卢象升声音沉稳，如同磐石，通过通译，清晰地宣告，每一个字都如同重锤，敲打在殿内每一个日本人的心上：
“大明帝国宣大总督卢象升、海军提督俞咨皋，奉大明皇帝陛下旨意，跨海东征，讨伐不臣之倭国！今，王师已克定尔国全境，扫穴犁庭！尔等伪朝君臣，需即刻束手就擒，听候我皇陛下发落！天兵至此，顺者生，逆者亡！”
后水尾天皇嘴唇剧烈地翕动着，想要说些什么，或许是求饶，或许是维持最后一丝体面，但最终，极度的恐惧和彻底的绝望压倒了一切，他未能发出任何有意义的音节，只是无力地、彻底地垂下了曾经高贵的头颅，如同一个被抽去了所有提线的木偶。
同日，在二条城附近的公家府邸和隐秘居所中，潜藏的部分幕府核心成员，如板仓重昌、土井利胜等人，也相继被明军精锐小队搜捕擒获，无一漏网。
持续了二百六十余年的德川江户幕府统治，在这一天，伴随着二条城的陷落、象征性天皇的被俘以及其核心成员的覆灭，宣告彻底、无可挽回的灭亡！
消息如同插上了翅膀，迅速传遍整个东瀛列岛。四国、九州、乃至最偏远的北海道地区，所有尚在观望或心底还存有一丝侥幸的地方大名、豪族，彻底放弃了任何形式的抵抗念头。大明对日本的军事征服，至此，画上了一个沉重而圆满的阶段性句号。