当时张光辅还在豫州，将士们凭借军功，大肆索取财物，狄仁杰一概不予回应。张光辅大怒说：“州刺史敢轻视元帅吗？”狄仁杰说：“扰乱河南的，只有一个越王李贞而已，如今一个李贞死了，却生出一万个李贞！”张光辅追问他这话的意思，狄仁杰说：“明公统领三十万大军，所诛杀的不过是越王李贞一人。城中百姓听说官军到来，纷纷翻越城墙出城投降，道路都被踩成了小路，而明公却放纵将士残暴抢掠，杀死已经投降的人来邀功，鲜血流遍原野，这不是一万个李贞又是什么！我恨不得拿到尚方斩马剑，架在明公的脖子上，即便死了也心甘情愿！”张光辅无法反驳，返回京城后，上奏说狄仁杰傲慢无礼，狄仁杰被降职为复州刺史。
丁卯日，左肃政大夫骞味道、夏官侍郎王本立一同担任同平章事。
太后召集宗室成员前往明堂朝见时，东莞公李融秘密派使者询问成均助教高子贡，高子贡说：“一来必定会死。”李融于是声称生病没有前往。越王李贞起兵后，派使者邀约李融，李融仓促之间无法回应，被下属官员逼迫，逮捕了使者并上报朝廷，因此被提拔为右赞善大夫。不久，李融被同党牵连，冬十月己亥日，在集市上被斩首，家产被登记没收。高子贡也受牵连被诛杀。
济州刺史薛顗、薛顗的弟弟薛绪、薛绪的弟弟驸马都尉薛绍，都与琅邪王李冲勾结谋划。薛顗听说李冲起兵后，制造兵器、招募人手；李冲战败后，薛顗杀死录事参军高纂来灭口。
十一月辛酉日，薛顗、薛绪被处死，薛绍因为是太平公主的丈夫，被杖打一百，最终饿死在狱中。
十二月乙酉日，司徒、青州刺史霍王李元轨因与越王李贞勾结谋反，被废黜王位后迁徙到黔州，用囚车押送，走到陈仓时去世。江都王李绪、殿中监成公裴承先都在集市上被斩首。裴承先是裴寂的孙子。
朝廷命令裴居道留守西京长安。
左肃政大夫、同平章事骞味道一向对殿中侍御史周矩无礼，多次说他办事不力。恰逢有人告发骞味道，太后下令让周矩审理此案。周矩对骞味道说：“您常责备我办事不力，如今我来为您办这件事。”乙亥日，骞味道和他的儿子骞辞玉都被处死。
己酉日，太后前往洛水祭拜并接受“天授圣图”，皇帝、皇太子一同随行，朝廷内外的文武百官、蛮夷部落酋长各自按方位排列站立，珍禽异兽、奇珍异宝陈列在祭坛前，礼仪的隆重、仪仗的盛大，是唐朝建立以来从未有过的。
辛亥日，明堂建成，高二百九十四尺，宽三百尺。总共三层：下层象征四季，各自按照方位的颜色装饰；中层象征十二时辰，上面是圆形顶盖，由九条龙支撑；上层象征二十四节气，也有圆形顶盖，上面安放一只铁凤，高一丈，用黄金装饰。明堂中间有一根十围粗的巨大木柱，上下贯通，斗拱、横梁等都以这根木柱为基础。下方设置铁渠，模仿古代的辟雍形制。明堂被命名为万象神宫。太后设宴赏赐群臣，大赦天下，允许百姓进入明堂参观。将河南县改名为合宫县。又在明堂北面建造五层天堂，用来存放巨大的佛像；天堂建到第三层时，从上面就可以俯视明堂了。僧人怀义凭借功劳被任命为左威卫大将军、梁国公。
侍御史王求礼上书说：“古代的明堂，茅草屋顶不加修剪，柞木椽子不加砍削。如今的明堂用珠玉装饰，用丹青彩绘，铁凤高耸入云，金龙隐现于云雾之中，即便是商纣王的琼台、夏桀的瑶室，也无法与之相比。”太后没有回应。太后打算征调梁州、凤州、巴州的獠族百姓，从雅州开山修路，出兵攻打生羌，进而袭击吐蕃。正字陈子昂上书认为：“雅州边境的羌人，从唐朝建立以来从未做过盗贼。如今无故诛杀他们，他们必定会心怀怨恨；而且害怕被灭族，一定会纷纷起兵做盗贼。西山盗贼兴起，蜀地的边境城镇就不得不接连出兵防守，战事长期不能平息，我认为西蜀的祸患，从此就要开始了。我听说吐蕃贪图蜀地的富饶，想要夺取它已经很久了，只是因为山川阻隔、关隘不通，才没能采取行动。如今国家却骚扰边境的羌人，开辟关隘通道，让吐蕃得以收纳逃亡的羌人，作为向导来攻打边境，这是借给敌人兵器、为盗贼清除道路，把整个蜀地拱手送给吐蕃啊。蜀地是国家的宝库，能够接济中原地区。如今掌权者却贪图侥幸之利，去征讨西羌，即使得到他们的土地也不能耕种，得到他们的财富也不能使国家富足，只是白白浪费钱财，对陛下的圣德没有任何益处，更何况成败还不可知呢！蜀地所依靠的是地势险要，百姓之所以安居乐业是因为没有徭役；如今国家却开辟它的险要之地，役使它的百姓，险要之地被开辟就方便了敌人入侵，百姓被役使就会耗费财力，我担心还没见到羌人和吐蕃的军队，蜀地内部就已经出现奸贼盗贼了。况且蜀地百姓体弱，不熟悉打仗，山川辽阔遥远，距离中原很远，如今无故招致西羌、吐蕃的祸患，我预见不到一百年，蜀地就会被异族占据。国家近来废除安北都护府、撤销单于都护府、放弃龟兹、疏勒，天下人都一致称赞这是盛德之举，因为陛下致力于休养百姓，而不是扩张土地。如今山东地区饥荒，关陇地区疲惫，却听从贪婪之人的建议，谋划动用军队、发动大规模徭役，自古以来国家灭亡、家族衰败，没有不是因为穷兵黩武的，希望陛下慎重考虑。”后来，这项徭役最终没有实施。
永昌元年己丑（公元689年）
春正月乙卯朔日，太后在万象神宫举行盛大祭祀，太后身穿帝王的衮袍礼帽，腰插大圭，手持镇圭，作为初献者；皇帝作为亚献者，太子作为终献者。祭祀先祭拜昊天上帝的神位，接着是唐高祖、唐太宗、唐高宗，然后是魏国先王，最后是五方帝的神位。太后亲临则天门，大赦天下，更改年号。丁巳日，太后驾临明堂，接受群臣朝贺。戊午日，太后在明堂宣布政令，颁布九条训诫来教导百官。己未日，太后再次驾临明堂，设宴款待群臣。
二月丁酉日，太后追尊魏忠孝王为周忠孝太皇，追尊其妻子为忠孝太后，将文水的陵墓命名为章德陵，咸阳的陵墓命名为明义陵。设置崇先府官员。戊戌日，追尊鲁公为太原靖王，北平王为赵肃恭王，金城王为魏义康王，太原王为周安成王。
三月甲子日，张光辅代理纳言一职。
壬申日，太后询问正字陈子昂当今治理国家的关键。陈子昂退朝后，上书认为：“应当放宽刑罚、尊崇道德，停止战争，减轻赋税徭役，抚慰宗室成员，让他们各自安心。”奏疏言辞委婉、情意恳切，议论十分精辟，将近三千字。
癸酉日，朝廷任命天官尚书武承嗣为纳言，张光辅代理内史。
夏四月甲辰日，朝廷处死辰州别驾汝南王李炜、连州别驾鄱阳公李謓等十二名宗室成员，将他们的家属迁徙到巂州。李炜是李恽的儿子，李謓是李元庆的儿子。
己酉日，朝廷处死天官侍郎蓝田人邓玄挺。邓玄挺的女儿是李謓的妻子，他又和李炜关系友好。李謓谋划从庐陵迎接唐中宗回京，向邓玄挺询问意见，李炜也曾对邓玄挺说：“想要采取紧急行动，你看怎么样？”邓玄挺都没有回应。因此他以“知道谋反却不告发”的罪名，与李炜、李謓一同被诛杀。
五月丙辰日，朝廷任命文昌右相韦待价为安息道行军大总管，率军攻打吐蕃。浪穹州蛮人酋长傍时昔等二十五部，之前归附吐蕃，到这时前来投降；朝廷任命傍时昔为浪穹州刺史，让他统领本部部众。
己巳日，朝廷任命僧人怀义为新平军大总管，北上讨伐突厥。大军走到紫河，没有遇到突厥军队，于是在单于台刻石记功后返回。
诸王起兵时，只有贝州刺史纪王李慎没有参与谋划，但也被牵连入狱；秋七月丁巳日，李慎用囚车迁徙到巴州，改姓虺氏，走到蒲州时去世。他的八个儿子，包括徐州刺史东平王李续等人，相继被诛杀，家属被迁徙到岭南。
李慎的女儿东光县主李楚媛，自幼以孝顺恭谨闻名，嫁给司议郎裴仲将为妻，夫妻相敬如宾；婆婆生病时，她亲自尝药喂饭；对待妯娌，都能赢得她们的欢心。当时宗室的各位女子都以骄奢为荣，讥讽李楚媛独自坚守节俭朴素，说：“富贵的可贵之处，在于能随心所欲；如今你独自忍受劳苦，想要追求什么呢？”李楚媛说：“我自幼喜爱礼仪，如今践行礼仪，这难道不是随心所欲吗！纵观自古以来的女子，都以恭敬节俭为美，以放纵奢侈为恶。我只是害怕玷污亲人的名声，还有什么可追求的呢；富贵是偶然得到的东西，有什么值得骄傲的！”众人都感到惭愧并佩服她。等到李慎的死讯传来，李楚媛悲痛大哭，呕血数升；守丧期满后，将近二十年不施粉黛、不穿华丽衣服。
韦待价的军队抵达寅识迦河，与吐蕃交战，大败。恰逢天降大雪，粮草运输中断。韦待价本就没有将领的才能，此时陷入狼狈境地、失去凭据，士兵们又冻又饿，死亡众多，于是率军返回。太后大怒，丙子日，韦待价被撤销官职，流放到绣州，副大总管安西大都护阎温古被斩首。安西副都护唐休瓃收拢残余兵力，安抚安西的土地，太后任命唐休瓃为西州都督。
戊寅日，朝廷任命王本立为同凤阁鸾台三品。
徐敬业战败后，他的弟弟徐敬真被流放到绣州，后来逃回，打算逃往突厥，路过洛阳时，洛州司马弓嗣业、洛阳令张嗣明资助他逃走；到达定州时，被官吏抓获，弓嗣业上吊自杀。张嗣明、徐敬真牵连出许多海内有交往的人，声称这些人都有谋反的图谋，希望借此免除死罪；于是朝野上下被牵连定罪处死的人很多。张嗣明诬告内史张光辅，说他“征讨豫州时，私下议论图谶、天文，心怀二心”。八月甲申日，张光辅与徐敬真、张嗣明等人一同被诛杀，家产被登记没收。
乙未日，秋官尚书太原人张楚金、陕州刺史郭正一、凤阁侍郎元万顷、洛阳令魏元忠，都被免去死罪，流放到岭南。张楚金等人都是被徐敬真牵连，说他们与徐敬业勾结谋划。临刑前，太后派凤阁舍人王隐客骑马快速传来赦免的命令。命令传到集市时，即将受刑的人都欢呼跳跃，不停翻滚；只有魏元忠安然静坐，有人让他起身，魏元忠说：“真假还不知道。”王隐客到达后，又让他起身，魏元忠说：“等宣布敕令后再说。”敕令宣布完毕，他才慢慢起身，行舞蹈礼后再拜，始终没有露出忧愁或喜悦的神色。这一天，天空阴云密布，赦免张楚金等人后，天气立刻转晴。
九月壬子日，朝廷任命僧人怀义为新平道行军大总管，率领二十万军队讨伐突厥骨笃禄。
起初，唐高宗在位时，周兴以河阳县令的身份被召见，高宗想要提拔任用他，有人上奏说他不是出身清流官员，于是作罢。周兴不知道内情，多次在明堂等候任命。各位宰相都没有告诉他实情，地官尚书、检校纳言魏玄同当时担任同平章事，对他说：“周县令可以回去了。”周兴认为魏玄同排挤自己，心怀怨恨。魏玄同一向与裴炎关系友好，当时的人因为他们的友谊始终不变，称他们为“耐久朋”。周兴上奏诬告魏玄同说：“太后老了，不如侍奉继位的君主才能长久。”太后大怒，闰九月甲午日，赐魏玄同在家中自尽。监刑御史房济对魏玄同说：“您为什么不告密，希望能得到召见，从而为自己辩白！”魏玄同叹息说：“被人杀死和被鬼杀死，又有什么区别，我怎能做告密的人呢！”于是从容就死。太后又在隐蔽的地方杀死了夏官侍郎崔詧。除此之外，朝廷内外的大臣被处死、流放贬官的有很多。
彭州长史刘易从也被徐敬真牵连；戊申日，在彭州被诛杀。刘易为人仁爱孝顺、忠诚谨慎，即将在集市受刑时，官吏百姓怜悯他无辜，远近的人都赶来，争相脱下衣服扔在地上说：“为长史祈求阴间的福分。”有关部门估算，这些衣服的价值超过十万钱。
周兴等人诬告右武卫大将军燕公黑齿常之谋反，将他征召入狱。冬十月戊午日，黑齿常之上吊自杀。
己未日，朝廷处死宗室鄂州刺史嗣郑王李璥等六人。庚申日，嗣滕王李修琦等六人被免去死罪，流放到岭南。
丁卯日，春官尚书范履冰、凤阁侍郎邢文伟一同担任同平章事。
己卯日，太后下诏，太穆神皇后、文德圣皇后应当配祭皇地只，忠孝太后陪同配祭。
右卫胄曹参军陈子昂上书认为：“《诗经·周颂》称颂成王、康王，汉朝称赞文帝、景帝，都是因为他们能够搁置刑罚。如今陛下的政令，虽然已经十分完善，但太平盛世里，君臣百姓都乐于接受教化，不应该有乱臣贼子天天触犯天意被诛杀。近来大案增多，叛逆之徒越来越广，我愚昧无知，起初以为他们都是确实有罪的，直到上月十五日，陛下特意查明囚犯李珍等人无罪，百官欢庆喜悦，都祝贺陛下圣明，我才知道也有无辜之人被网罗入狱。陛下致力于宽缓刑罚，而狱官却急于施行重刑，这损害了陛下的仁爱之心，玷污了太平盛世的政治，我私下感到惋惜。另外，九月二十一日陛下下令赦免张楚金等人死罪时，起初阴雨密布，随后转为祥云。我听说阴沉凄惨是刑罚的象征，阳和舒展是德行的象征；圣人效法上天，上天也会帮助圣人。天意如此，陛下怎能不顺从呢！如今又阴雨连绵，我担心过错在于狱官。凡是关押在监狱里的囚犯，大多面临死刑，路上的人们议论纷纷，有的认为他们有罪，有的认为他们无辜，陛下何不全部召见他们，亲自询问他们的罪行。确实有罪的就公开执行刑罚，被冤枉的就严厉惩罚狱官，让天下人都信服，让人们了解政令和刑罚，这难道不是最高的德行和明察吗！”