永淳元年壬午（公元682年）
春季二月，朝廷在蓝田建造万泉宫。
二月二十二日，更改年号，大赦天下。
五月二十八日，册立皇孙李重照为皇太孙。皇上想让他开设府署、设置下属官员，询问吏部郎中王方庆。王方庆回答：“晋朝和齐国都曾立过太孙，当时太子的官属直接成为太孙的官属，没听说过太子还在东宫时另立太孙并单独设官属的情况。”皇上说：“从我开始创立先例，不行吗？”王方庆回应：“三王不沿用前代礼仪，有何不可！”于是上奏请求设置太师、太傅等官职。但后来皇上担心这不符合旧制，最终没有任命官员。王方庆是王裒的曾孙，本名王綝，以字行世。
西突厥阿史那车薄率领十姓部落反叛。
夏季四月初一，发生日食。
皇上因关中遭遇饥荒，一斗米价格涨到三百钱，准备前往东都洛阳；四月初三，从京城出发，留太子监理国政，让刘仁轨、裴炎、薛元超辅佐他。当时出行仓促，随从官员有人饿死在途中。皇上担心沿途有强盗，派监察御史魏元忠负责巡查车驾前后安全。魏元忠接到诏令后，立即查阅长安县监狱，找到一名盗贼，此人神情谈吐与众不同，便下令解开他的枷锁，让他穿戴官服，乘坐驿车跟随，与他同吃同住，托付他查防盗贼，盗贼笑着答应了。等到了东都，随行的士兵马匹数以万计，却没丢失一文钱。
四月初八，任命礼部尚书闻喜宪公裴行俭为金牙道行军大总管，率领右金吾将军阎怀旦等三位总管分路讨伐西突厥。军队尚未出发，裴行俭去世。
裴行俭有识别人才的眼光。起初他担任吏部侍郎时，前科进士王勮、咸阳县尉栾城人苏味道都还没出名。裴行俭一见他们，就说：“二位日后会相继担任选拔官员的要职，我有年幼的子女，希望托付给你们照顾。”当时王勮的弟弟王勃与华阴人杨炯、范阳人卢照邻、义乌人骆宾王都因文章而享有盛名，司列少常伯李敬玄尤其器重他们，认为他们必定会显贵。裴行俭却说：“士人要想长远发展，应当先有器量见识，再谈才华技艺。王勃等人虽有文采，却浮躁浅薄，怎能成为享受爵位俸禄的人才！杨炯稍微沉稳些，或许能做到县令；其余几人能善终就不错了。”后来王勃渡海时落水身亡，杨炯死于盈川县令任上，卢照邻因重病不愈投水而死，骆宾王参与谋反被诛杀，王勮、苏味道都担任了掌管选拔官员的职务，正如裴行俭所言。裴行俭担任将帅时，提拔的副将如程务挺、张虔勖、王方翼、刘敬同、李多祚、黑齿常之等人，后来大多成为名将。
裴行俭曾让手下人去取犀角、麝香，结果丢失了。又有一次，皇上赏赐他马匹和马鞍，令史骑马疾驰，导致马摔倒、马鞍破损。这两个人都逃走了，裴行俭派人把他们召回来，说：“你们都是无心之失，何必这么过分地轻视自己！”依旧像以前一样对待他们。打败阿史那都支后，缴获一个二尺多宽的玛瑙盘，裴行俭拿给将士们看，军吏王休烈捧着盘子上台阶时，不慎摔倒把盘子摔碎了，吓得磕头流血。裴行俭笑着说：“你不是故意的，何必如此！”脸上没有丝毫惋惜的神色。皇上诏令赏赐他缴获的阿史那都支等人的资产金器三千多件，各类牲畜数量相当，他全都分给了亲戚朋友和手下将领，几天就分完了。
阿史那车薄包围弓月城，安西都护王方翼率军救援，在伊丽水打败敌军，斩杀一千多人。不久，三姓咽面部落与阿史那车薄合兵抵抗王方翼，王方翼与他们在热海交战。流箭射中王方翼的手臂，他用佩刀截断箭杆，手下人都没发觉。他率领的胡人士兵密谋活捉他来响应阿史那车薄，王方翼得知后，召集所有士兵开会，假装拿出军用物资赏赐他们，趁机按顺序把谋反的士兵拉出去斩首。当时正刮大风，王方翼敲击金鼓来掩盖斩首的声音，杀了七十多人，其余士兵都没察觉。之后，他分别派遣副将袭击阿史那车薄和咽面部落，大败敌军，生擒三百多名酋长，西突厥叛乱于是平定。阎怀旦等人最终没有出兵。王方翼不久后升任夏州都督，后来被征召入朝商议边事。皇上看到他衣服上有血迹，询问原因，王方翼详细讲述了热海苦战的情况，皇上看着他的伤口叹息不已；但最终因为他是废后王氏的近亲，没有重用他，让他返回了夏州。
四月二十二日，皇上抵达东都洛阳。
四月二十四日，任命黄门侍郎颍川人郭待举、兵部侍郎岑长倩、秘书员外少监兼检校中书侍郎鼓城人郭正一、吏部侍郎鼓城人魏玄同，都与中书门下共同接受皇上的旨意、参与处理政务（即同平章事）。皇上想任用郭待举等人，对崔知温说：“郭待举等人资历还浅，暂且让他们参与政事，不能和你们用同样的名号。”从此，四品以下的京外官员参与政事的，开始用“平章事”作为名号。岑长倩是岑文本哥哥的儿子。
在此之前，魏玄同担任吏部侍郎时，上书指出选拔官员的弊端，认为：“君主的治国之道，应当委任官员并要求他们做出成效，所委任的人得当，所用的下属自然就精良。所以周穆王任命伯冏为太仆正时，说：‘谨慎挑选你的下属。’这是让各个部门自行寻找下属官员，而天子只任命主要官员。到了汉朝，有才能的人都是从州县官员中提拔，经过五府征召举荐后，才升入朝廷任职；从魏晋以来，才开始专门委托吏部选拔官员。天下如此之大，士人如此之多，却把选拔大权交给几个人，用文书案卷来衡量才能，依据档案记录来考察品行，即便这些人公平得像秤、明察得像镜子，也有能力局限和视野穷尽的时候，更何况所委托的人不称职，还存在愚昧偏私的弊端呢！希望能大致依照周、汉的制度，来弥补魏晋以来的失误。”奏疏呈上后，皇上没有采纳。
五月十四日，东都洛阳下了连阴雨。五月二十三日，洛水泛滥，淹没了一千多家百姓的房屋。关中地区先是水灾，接着是旱灾、蝗灾，随后又爆发瘟疫，一斗米价格涨到四百钱，东西两京之间的道路上饿死的人相互枕藉，甚至出现人吃人的现象。
皇上封禅泰山后，想遍封五岳，秋季七月，在嵩山南面建造奉天宫。监察御史里行李善感上书劝谏：“陛下封禅泰山，宣告天下太平，招致各种祥瑞，功绩可与三皇五帝相媲美。但近几年来，粮食歉收，饿死的人随处可见，四方异族不断入侵，军队连年出征；陛下应当恭敬沉默地思考治国之道，来消除灾祸，却反而大肆建造宫殿，劳役不停，天下百姓无不失望。我有幸担任国家的监察官员，私下为此感到忧虑！”皇上虽然没有采纳他的意见，但也宽容对待了他。自从褚遂良、韩瑗死后，朝廷内外都忌讳直言进谏，没人敢违背皇上的意愿，这种情况持续了将近二十年；等到李善感开始劝谏，天下人都很高兴，称他的劝谏为“凤鸣朝阳”（比喻贤才逢时发声）。
皇上派遣宦官沿着长江运送奇异的竹子，想种植在皇家园林中。宦官征用船只装载竹子，在所到之处肆意横行、暴虐无道；经过荆州时，荆州长史苏良嗣把他们囚禁起来，上书极力劝谏，认为：“索取远方的奇异之物，烦扰沿途百姓，恐怕不符合圣人爱护百姓的本意。此外，小人擅自作威作福，会损害皇上的英明。”皇上对天后武则天说：“我约束不严，果然被苏良嗣指责。”亲手写下诏书慰问苏良嗣，下令把竹子丢弃在长江中。苏良嗣是苏世长的儿子。
黔州都督谢佑迎合天后的心意，逼迫零陵王李明自杀，皇上对此深感惋惜，黔州都督府的官员都因此被免职。后来谢佑在平阁睡觉，与十多个婢妾共处一室，夜里被人砍下了头颅。垂拱年间，李明的儿子零陵王李俊、黎国公李杰被天后杀死，官府查抄他们家产时，发现了谢佑的头颅，被涂上油漆做成了便壶，上面还写着“谢佑”二字，这才知道是李明的儿子派刺客杀了他。
太子留守京城期间，经常外出打猎，薛元超上书劝谏；皇上听说后，派遣使者慰问薛元超，还召他前往东都洛阳。
吐蕃将领论钦陵入侵柘州、松州、翼州等地。朝廷诏令左骁卫郎将李孝逸、右卫郎将卫蒲山征调秦州、渭州等地的军队分路抵御。
冬季十月初五，黄门侍郎刘景先担任同中书门下平章事。
这一年，突厥残余势力阿史那骨笃禄、阿史德元珍等人召集逃亡离散的部众，占据黑沙城反叛，入侵并州和单于都护府的北部边境，杀死岚州刺史王德茂。右领军卫将军、检校代州都督薛仁贵在云州率军攻打阿史德元珍，敌军询问唐朝大将是谁，薛仁贵的部下回答：“是薛仁贵！”敌军说：“我们听说薛仁贵被贬到象州，早就死了，何必欺骗我们！”薛仁贵摘下头盔露出面容，敌军互相看着大惊失色，纷纷下马列队跪拜，渐渐退兵。薛仁贵趁机奋勇追击，大败敌军，斩杀一万多人，俘虏两万多人。
吐蕃入侵河源军，军使娄师德率军在白水涧迎战，八战八捷。皇上任命娄师德为比部员外郎、左骁卫郎将、河源军经略副使，说：“你兼具文武才能，不要推辞！”
弘道元年癸未（公元683年）
春季正月初一，皇上前往奉天宫。
二月初七，突厥入侵定州，刺史霍王李元轨击退了他们。二月十二日，突厥再次入侵妫州。三月二十八日，阿史那骨笃禄、阿史德元珍包围单于都护府，活捉司马张行师并杀死了他。朝廷派遣胜州都督王本立、夏州都督李崇义率军分路救援。
太子右庶子、同中书门下三品李义琰改葬父母，让他的舅舅家迁移旧墓；皇上听说后，大怒说：“李义琰依仗权势，欺凌舅舅家，不能再让他参与政事！”李义琰得知后，内心不安，以脚病为由请求退休。三月初九，任命李义琰为银青光禄大夫，允许他退休。
三月二十二日，代理中书令崔知温去世。
夏季四月二十五日，皇上返回东都洛阳。
绥州步落稽部落的白铁余，把铜佛埋在地下，过了很久，上面长出了草，他欺骗同乡说：“我在这里多次看到佛光。”挑选日子召集众人挖地，果然挖出了铜佛，于是说：“能见到圣佛的人，百病都会痊愈。”远近的人都赶来朝拜。白铁余用彩色的袋子把铜佛包裹了几十层，得到丰厚的施舍后，才解开一层袋子。几年间，信奉他的人越来越多，他于是图谋作乱。占据城平县，自称光明圣皇帝，设置文武百官，进攻绥德、大斌二县，杀死官吏，焚烧百姓房屋。朝廷派遣右武卫将军程务挺与夏州都督王方翼率军讨伐，四月二十二日，攻下城平县城，活捉白铁余，残余党羽全部被平定。
五月初三，皇上前往芳桂宫，走到合璧宫时，遇到大雨就返回了东都。
五月十八日，突厥阿史那骨笃禄等人入侵蔚州，杀死刺史李思俭，丰州都督崔智辩率军在朝那山北截击敌军，作战失利，被敌军活捉。朝廷商议想废除丰州，把当地百姓迁移到灵州、夏州。丰州司马唐休璟上书，认为：“丰州凭借黄河作为屏障，地处敌军必经的战略要地，从秦汉以来，就设立郡县，土地适宜耕种放牧。隋朝末年天下大乱，把百姓迁移到宁州、庆州，导致胡虏深入入侵，把灵州、夏州变成了边境。贞观末年，招募百姓充实丰州，西北边境才得以安定。现在废除丰州，那么黄河沿岸的土地就会再次被敌军占据，灵州、夏州等地的百姓也不能安居乐业，这对国家不利！”废除丰州的提议于是搁置。
六月，突厥另一支部落入侵岚州，偏将杨玄基击退了他们。
秋季七月初四，册立皇孙李重福为唐昌王。
七月二十五日，朝廷诏令今年十月在嵩山举行封禅大典；不久因皇上生病，改到明年正月举行。
七月二十九日，改封相王李轮为豫王，改名李旦。
中书令兼太子左庶子薛元超患病失声，请求退休；皇上批准了。
八月初四，因即将在嵩山封禅，召太子前往东都洛阳；留唐昌王李重福留守京城，任命刘仁轨为他的副手。冬季十月二十六日，太子抵达东都。
十月初十，皇上前往奉天宫。十一月初三，诏令取消明年正月的嵩山封禅大典，因为皇上病情加重。皇上被头痛困扰，无法视物，召来侍医秦鸣鹤诊治，秦鸣鹤请求刺破头部放血，可以痊愈。天后武则天在帘后，不想让皇上病愈，大怒说：“此人该杀！竟敢在天子头上刺血！”秦鸣鹤磕头求饶。皇上说：“只管刺吧，说不定能好。”于是秦鸣鹤刺破百会、脑户两个穴位。皇上说：“我的眼睛好像能看清东西了。”天后举手抚额说：“这是上天赐予的福分！”亲自赏赐秦鸣鹤一百匹彩帛。
十一月十五日，任命右武卫将军程务挺为单于道安抚大使，招抚讨伐阿史那骨笃禄等人。
朝廷诏令太子监理国政，任命裴炎、刘景先、郭正一兼任东宫平章事。
皇上从奉天宫病重，宰相们都无法见到他。十一月二十四日，返回东都洛阳，百官在天津桥南拜见皇上。
十二月初四，更改年号，大赦天下。皇上想亲自到则天门楼宣布赦令，但气息不顺无法骑马，于是召集百姓到殿前宣布。当天夜里，召裴炎入宫，接受遗诏辅佐朝政，皇上在贞观殿驾崩。遗诏命令太子在灵柩前即位，军国大事如果有不能决断的，同时听取天后的意见。废除万泉宫、芳桂宫、奉天宫等宫殿。十二月初七，裴炎上奏说太子还未即位，不应发布诏书，若有紧急事务需要处理，希望发布天后的命令，由中书省、门下省执行。十二月十一日，中宗李显即位，尊天后武则天为皇太后，国家政事都由她决断。太后因泽州刺史韩王李元嘉等人地位尊贵、威望深厚，担心他们发动变乱，于是都加封三公等官职来安抚他们。
十二月十九日，任命刘仁轨为左仆射，裴炎为中书令；十二月二十三日，任命刘景先为侍中。
按照旧例，宰相在门下省商议政事，称为政事堂，所以长孙无忌担任司空、房玄龄担任仆射、魏征担任太子太师时，都掌管门下省事务。等到裴炎升任中书令，开始把政事堂迁到中书省。
十二月二十七日，派遣左威卫将军王果、左监门将军令狐智通、右金吾将军杨玄俭、右千牛将军郭齐宗分别前往并州、益州、荆州、扬州四大都督府，与都督府的官员共同负责镇守。
中书侍郎同平章事郭正一被任命为国子祭酒，不再参与政事。
光宅元年甲申（公元684年）
春季正月初一，改年号为嗣圣，大赦天下。
册立太子妃韦氏为皇后；将皇后的父亲韦玄贞从普州参军提拔为豫州刺史。
正月初十，任命左散骑常侍杜陵人韦弘敏为太府卿、同中书门下三品。
中宗想任命韦玄贞为侍中，还想授予乳母的儿子五品官；裴炎坚决反对，中宗大怒说：“我把天下让给韦玄贞都可以！难道还舍不得一个侍中职位吗！”裴炎害怕，禀报太后，密谋废黜中宗。二月初六，太后在乾元殿召集百官，裴炎与中书侍郎刘祎之、羽林将军程务挺、张虔勖率领军队入宫，宣布太后的命令，废黜中宗为庐陵王，搀扶他走下大殿。中宗说：“我有什么罪？”太后说：“你想把天下让给韦玄贞，怎么会没罪！”于是将他幽禁在别的地方。二月初七，册立雍州牧豫王李旦为皇帝。国家政事由太后决断，让睿宗住在别殿，不能参与政事。册立豫王妃刘氏为皇后。刘皇后是刘德威的孙女。有十多名飞骑士兵在街巷里饮酒，其中一人说：“早知道没有额外的功劳赏赐，不如拥戴庐陵王复位。”另一人起身，跑到北门告发了这件事。酒席还没散，这十多人就全被逮捕，关押在羽林监狱。说话的人被斩首，其余的人因知情不报被处以绞刑，告发者被授予五品官。告密的风气从此兴起。
二月二十七日，立永平郡王李成器为皇太子，他是睿宗的长子。大赦天下，改年号为文明。
二月初八，废黜皇太孙李重照为平民，命令刘仁轨专门负责西京留守事务。将韦玄贞流放到钦州。
太后写信给刘仁轨说：“从前汉朝把关中的事务托付给萧何，现在我把西京的事务托付给你，也是一样的道理。”刘仁轨上书推辞，说自己年老体弱，无法胜任留守之职，同时陈述吕后祸乱败亡的事情，来委婉劝谏太后。太后派秘书监武承嗣携带加盖玉玺的诏书慰问他说：“现在皇帝正在守丧，不处理政事，我暂且代替他亲政；劳烦你远道而来劝谏，又以年老多病推辞。你还说‘吕氏被后代嘲笑，吕禄、吕产给汉朝带来灾祸’，引用的比喻很深刻，我既惭愧又欣慰。你的忠贞操守，始终不变，刚正不阿的作风，古今少有。起初听到你的话，我怎能不迷茫；冷静思考后，觉得这是很好的借鉴。况且你是先朝的元老，天下人都敬仰你，希望你以匡扶国家为念，不要以晚年为由请求退休。”
二月初九，太后命令左金吾将军丘神积前往巴州，检查原太子李贤的住宅，防备意外情况，实际上是暗中指使他杀死李贤。丘神积是丘行恭的儿子。
二月十二日，太后亲临武成殿，皇帝率领王公以下官员为太后上尊号。二月十五日，太后亲临殿前平台，派礼部尚书武承嗣册封继位的皇帝。从此太后经常在紫宸殿临朝听政，悬挂深紫色的帐幕。
二月二十五日，任命太常卿、检校豫王府长史王德真为侍中；中书侍郎、检校豫王府司马刘祎之为同中书门下三品。
三月初五，改封杞王李上金为毕王，鄱阳王李素节为葛王。
丘神积抵达巴州，将原太子李贤幽禁在别的房间，逼迫他自杀。太后于是把罪责推到丘神积身上，三月十六日，在显福门为李贤举哀，将丘神积贬为叠州刺史。三月十七日，追封李贤为雍王。不久，丘神积又被召回京城，担任左金吾将军。
夏季四月，开府仪同三司、梁州都督滕王李元婴去世。
四月十一日，改封毕王李上金为泽王，任命为苏州刺史；葛王李素节为许王，任命为绛州刺史。
四月二十三日，将庐陵王迁移到房州；四月二十七日，又迁移到均州原濮王的住宅。
五月十五日，高宗的灵柩向西返回长安。
闰五月，任命礼部尚书武承嗣为太常卿、同中书门下三品。
秋季七月初四，广州都督路元睿被昆仑人杀死。路元睿昏庸懦弱，下属官员肆意横行。有商船到达后，下属官员不断侵吞掠夺财物。外国商人向路元睿投诉，路元睿却索要枷锁，想关押处置他们。众商人愤怒，有一名昆仑人袖藏宝剑，径直闯入厅堂，杀死路元睿和他身边的十多个人后离去，没人敢靠近。他们登上船只驶入大海，追兵没能追上。
温州发生大水灾，冲走四千多家百姓。
突厥阿史那骨笃禄等人入侵朔州。八月初七，将天皇大帝安葬在乾陵，庙号高宗。
起初，尚书左丞冯元常受到高宗的信任，高宗晚年多病，各部门上奏事务时，他常常说：“我身体不舒服，可以和冯元常商量后再上报。”冯元常曾秘密进言：“皇后的权势太重，应该稍加抑制。”高宗虽然没有采纳，但深深认可他的话。等到太后临朝称制，天下人争相上报吉祥的征兆；嵩阳县令樊文进献吉祥的石头，太后命令在朝堂上展示给百官看，冯元常上奏说：“这看起来是谄媚欺诈之举，不能欺骗天下人。”太后不高兴，将他外放为陇州刺史。冯元常是冯子琮的曾孙。
八月二十三日，太常卿、同中书门下三品武承嗣被罢官，改任礼部尚书。
括州发生大水灾，冲走两千多家百姓。
九月初一，大赦天下，改年号为光宅。旗帜都改用金色。八品以下官员，原来穿青色官服的，改穿碧色官服。将东都洛阳改为神都，宫殿命名为太初宫。又将尚书省改为文昌台，左、右仆射改为左、右相，六部改为天、地、春、夏、秋、冬六官；门下省改为鸾台，中书省改为凤阁，侍中改为纳言，中书令改为内史；御史台改为左肃政台，增设右肃政台；其他省、寺、监、率的名称，都按照相关的意义进行更改。