永徽六年乙卯（公元655年）
冬季十月己酉日，皇帝下诏说：“王皇后、萧淑妃图谋用毒酒害人，现将她们废为平民，她们的母亲、兄弟全部削除官爵，流放岭南。”许敬宗上奏：“已故特进赠司空王仁佑的官爵凭证仍在，让叛乱余孽还能凭借它获得荫庇，请求一并削除。”皇帝批准了他的请求。
乙卯日，文武百官上表请求册立皇后，皇帝于是下诏：“武氏家族功勋卓着，门第显贵，先前因才德被选入后宫，在妃嫔中享有美誉，品德光照后宫。朕当年还是太子时，承蒙先帝慈爱，常能侍奉左右，朝夕不离，她在宫中始终谨言慎行，与其他妃嫔相处从无矛盾，先帝深知其贤，时常赞赏，于是将武氏赐给朕，此事与汉宣帝封王政君为后相似，可册立为皇后。”
丁巳日，大赦天下。当天，皇后上表说：“陛下之前想封我为宸妃，韩瑗、来济在朝堂上直言反对，这既极为困难，难道不是出于对国家的深厚情义！请求加以褒赏。”皇帝把奏表拿给韩瑗等人看，韩瑗等人更加担忧恐惧，多次请求辞官，皇帝不允许。
十一月丁卯朔日，皇帝亲临殿前，命司空李积携带玺印、绶带册封武氏为皇后。当天，文武百官在肃义门朝拜皇后。
前任皇后王氏、前任淑妃萧氏，都被囚禁在别宫，皇帝曾思念她们，私下前往囚禁之地，见她们的房间封闭得极为严密，只在墙上凿了个洞递送食物，心中怜悯伤感，呼喊说：“皇后、淑妃在哪里？”王氏哭泣着回答：“我们获罪沦为宫婢，怎能再用这样的尊称！”又说：“陛下如果念及往日情分，让我们重见天日，请求将这座院子命名为回心院。”皇帝说：“朕马上会处置。”武后得知后，大怒，派人将王氏、萧氏各杖打一百下，砍去手脚，扔进酒瓮中，说：“让这两个老妇人骨头都醉掉！”几天后她们死去，武后又下令斩首。王氏起初听到敕令时，拜了两拜说：“愿陛下万岁！昭仪受宠，我死是本分。”萧淑妃骂道：“阿武妖猾狡诈，竟然到了这种地步！愿来生我做猫，阿武做老鼠，世世代代扼住她的喉咙。”从此宫中不再养猫。不久，武后又将王氏改姓为蟒氏，萧氏改姓为枭氏。武后多次梦见王、萧二人作祟，披头散发、浑身流血，如同死去时的模样。后来她迁居蓬莱宫，仍能见到她们的鬼魂，因此大多住在洛阳，终身不再返回长安。
己巳日，许敬宗上奏：“永徽初年，国家没有嫡长子，暂且拥立庶子，如同引入彗星替代太阳。近来正宫皇后诞下皇子，嫡子降临，光辉普照，旁支的微弱光芒应当熄灭。怎能颠倒主次，长期让庶子占据太子之位；如同颠倒衣裳，让庶子违背嫡长之序！况且父子之间的事，旁人难以言说，若触犯陛下，必遭重罚，但即便粉身碎骨，臣也心甘情愿。”皇帝召见他询问，他回答说：“皇太子是国家的根本，根本尚未端正，天下人就没有归附之心。而且现在的太子出身低微，如今知道国家已有嫡子，必然心怀不安。占据太子之位却心存疑虑，恐怕不是国家之福，希望陛下慎重考虑。”皇帝说：“李忠已经主动谦让。”许敬宗回答：“他能像太伯那样让贤，希望陛下尽快批准。”
西突厥颉苾达度设多次派使者请求派兵讨伐沙钵罗可汗。甲戌日，皇帝派遣丰州都督元礼臣册封颉苾达度设为可汗。元礼臣抵达碎叶城时，沙钵罗发兵抵抗，元礼臣无法前进。颉苾达度设的部落大多被沙钵罗吞并，剩余部众势单力薄，不被其他部落依附，元礼臣最终未能册封便返回了。
中书侍郎李义府参预朝政。李义府外表温和恭敬，与人交谈时必定面带微笑，但内心狡猾阴险、嫉妒刻薄，因此当时人说他“笑中有刀”；又因他表面柔顺却害人不浅，称他为“李猫”。
显庆元年丙辰（公元656年）
春季正月辛未日，皇帝封皇太子李忠为梁王、梁州刺史，册立皇后的儿子代王李弘为皇太子，李弘当时四岁。李忠被废后，他的属官都惧怕获罪而逃亡隐匿，无人敢去拜见；只有右庶子李安仁等候李忠，哭泣着拜别后离去。李安仁是李纲的孙子。
壬申日，大赦天下，更改年号。
二月辛亥日，追赠武士彟为司徒，赐爵周国公。
三月，任命度支侍郎杜正伦为黄门侍郎、同三品。
夏季四月壬子日，矩州人谢无灵起兵反叛，黔州都督李子和讨伐并平定了叛乱。
己未日，皇帝对侍臣说：“朕思考养育百姓的方法，尚未找到关键，你们为朕陈述一下。”来济回答：“从前齐桓公出游，见到年老饥寒的人，下令赐给他食物，老人说：‘希望赐给全国的饥民。’赐给他衣服，老人说：‘希望赐给全国的寒民。’齐桓公说：‘我的粮仓府库怎能满足全国的饥寒需求！’老人说‘君主不耽误农时，百姓就都会有富余的粮食；不耽误养蚕的关键时节，百姓就都会有富余的衣服！’因此君主养育百姓，关键在于减少征役。如今山东的服役壮丁，每年多达数万人，服役则百姓过于劳苦，出钱代役则百姓负担过重。希望陛下除了国家必需的征役外，其余全部免除。”皇帝采纳了他的建议。
六月辛亥日，礼官上奏请求停止太祖、世祖的配祭，在圜丘以高祖配祭昊天上帝，在明堂以太宗配祭五帝；皇帝批准了。
秋季七月乙丑日，西洱蛮酋长杨栋附、显和蛮酋长王罗祁，以及郎、昆、梨、盘四州酋长王伽冲等人率领部众归附唐朝，朝廷在他们的领地设置柘州、栱州。
癸未日，任命中书令崔敦礼为太子少师、同中书门下三品。
八月丙申日，固安昭公崔敦礼去世。
辛丑日，葱山道行军总管程知节进攻西突厥，在榆慕谷与歌逻、处月二部交战，大败敌军，斩首一千余级。副总管周智度在咽城攻打突骑施、处木昆等部，攻克城池，斩首三万级。
乙巳日，龟兹王布失毕入朝觐见。
李义府依仗宠信专权行事。洛州妇人淳于氏容貌美丽，被关押在大理寺监狱，李义府嘱托大理寺丞毕正义枉法将她释放，打算纳为妾室，大理卿段宝玄心生疑虑并上奏。皇帝命给事中刘仁轨等人审讯此事，李义府担心事情泄露，逼迫毕正义在狱中自缢身亡。皇帝得知后，宽恕了李义府的罪行，不予追究。
侍御史涟水人王义方打算上奏弹劾李义府，先告知母亲：“我身为御史，见到奸臣不弹劾就是不忠，弹劾则自身危险且会连累亲人，是为不孝，两者难以抉择，该怎么办？”母亲说：“从前王陵的母亲，牺牲自己成就儿子的名声。你能尽心忠君，我死而无憾！”王义方于是上奏说：“李义府在京城之内，擅自杀害六品寺丞；即便说毕正义是自杀，也是因畏惧李义府的威势而灭口。如此一来，生杀大权就不在陛下手中，这种风气不能助长，请求进一步核查！”于是在朝堂上，王义方呵斥李义府退下；李义府观望不退。王义方三次呵斥，皇帝始终未开口，李义府才快步退出，王义方随后宣读弹劾奏文。皇帝宽恕了李义府，不予追究，反而说王义方诋毁侮辱大臣，言辞不逊，将他贬为莱州司户。
九月，括州遭遇暴风，海水泛滥，淹没四千余户人家。
冬季十一月丙寅日，生羌酋长浪我利波等人率领部众归附唐朝，朝廷在他们的领地设置柘州、栱州。
十二月，程知节率军抵达鹰娑川，遭遇西突厥二万骑兵，另外鼠尼施等部二万余骑兵随后赶到，前军总管苏定方率领五百骑兵疾驰出击，西突厥大败，苏定方追击二十里，杀敌俘获一千五百余人，缴获的马匹和器械遍布山野，数不胜数。副大总管王文度嫉妒他的功劳，对程知节说：“如今虽然说打败了敌人，但官军也有死伤，冒着危险轻率冒进，是兵法大忌，何必急于求成！从今往后应当结成方阵，把辎重放在阵中，遇到敌人再交战，这才是万全之策。”又谎称另外得到圣旨，认为程知节恃勇轻敌，委派王文度指挥军队，于是收兵不许深入敌军腹地。士兵们终日骑马披甲列阵，疲惫不堪，很多马匹瘦弱而死。苏定方对程知节说：“出兵是为了讨伐敌人，如今却只是自守，坐等疲惫困乏，如果遇到敌人必败无疑；如此怯懦，怎能立功！况且主上任命你为大将，怎能再派副将专擅号令，事情必定不是这样。请求囚禁王文度，飞递奏表上报朝廷。”程知节没有听从。抵达恒笃城时，有一群胡人前来归附，王文度说：“这些人等我们撤军后，还会再次反叛，不如全部杀掉，夺取他们的财物。”苏定方说：“这样做我们就成了贼寇，还能称得上讨伐叛乱吗！”王文度最终还是杀了他们，瓜分了财物，只有苏定方没有接受。军队返回后，王文度因假传圣旨被判死罪，特赦削除官爵；程知节也因逗留不前、未能追击敌军，减死免官。
这一年，任命太常卿驸马都尉高履行为益州长史。
韩瑗上疏，为褚遂良诉冤说：“褚遂良为国忘家，舍身处事，节操如风霜般坚贞，内心如铁石般坚定，是国家的旧臣，陛下的贤能辅佐。没有听闻他有什么罪状，就被驱逐出朝廷，朝野百姓都为这一举措叹息。臣听说晋武帝宽宏大量，不诛杀刘毅；汉高祖仁德深厚，不怨恨周昌的直言。而褚遂良被流放已经一年，他违背陛下的罪过，惩罚已经足够。希望陛下缅怀无辜之人，稍微宽恕无罪者，体恤他的忠诚，以顺应民心。”皇帝对韩瑗说：“褚遂良的情况，朕也知道。但他桀骜不驯，喜欢犯上，所以才责罚他，你为何说得如此严重！”韩瑗回答：“褚遂良是国家的忠臣，被奸邪谄媚之人诋毁。从前微子离去后殷商灭亡，张华在世时国家纲纪不乱。陛下无故抛弃旧臣，恐怕不是国家之福！”皇帝没有采纳。韩瑗因进言不被采纳，请求辞官回乡，皇帝不允许。
刘洎的儿子为父亲诉冤，称贞观末年，刘洎被褚遂良诬陷而死，李义府也出面相助。皇帝询问身边大臣，众人都迎合李义府的意思，都说刘洎冤枉。只有给事中长安人乐彦玮说：“刘洎是大臣，君主一时生病，怎能仓促自比伊尹、霍光！如今为刘洎昭雪，难道是说先帝用刑不当吗！”皇帝认为他说得对，于是搁置了此事。
显庆二年丁巳（公元657年）
春季正月癸巳日，分割哥逻禄部设置阴山、大漠二都督府。
闰月壬寅日，皇帝前往洛阳。
庚戌日，任命右屯卫将军苏定方为伊丽道行军总管，率领燕然都护渭南人任雅相、副都护萧嗣业，征发回纥等部落的军队，从北道讨伐西突厥沙钵罗可汗。萧嗣业是萧钜的儿子。
起初，右卫大将军阿史那弥射和他的族兄左屯卫大将军阿史那步真，都是西突厥酋长，太宗时期率领部众前来投降；到这时，皇帝下诏任命阿史那弥射、阿史那步真为流沙安抚大使，从南道招集西突厥旧部。
二月辛酉日，皇帝抵达洛阳宫。
庚午日，册立皇子李显为周王。壬申日，改封雍王李素节为郇王。
三月甲辰日，任命潭州都督褚遂良为桂州都督。
癸丑日，任命李义府兼任中书令。
夏季五月丙申日，皇帝前往明德宫避暑。皇帝自即位以来，每天处理朝政；庚子日，宰相上奏称天下太平无事，请求改为隔日处理朝政；皇帝批准了。
秋季七月丁亥朔日，皇帝返回洛阳宫。
王玄策打败天竺时，俘获方士那罗迩娑婆寐带回唐朝，他自称有长生不老之术。太宗颇为相信他，对他礼遇优厚，让他炼制长生药。派遣使者前往各地寻求奇药异石，又派人前往婆罗门各国采药。他的话大多荒诞不实，只是想拖延时间，药最终没有炼成，于是将他遣送回国。皇帝即位后，他再次来到长安，皇帝又派人把他送走。当时王玄策担任道王友，辛亥日，上奏说：“这个婆罗门确实能炼制长生药，他自己保证一定能成功，如今遣送他回去，实在可惜。”王玄策退下后，皇帝对侍臣说：“自古以来哪里有神仙！秦始皇、汉武帝寻求神仙，使百姓疲惫不堪，最终一无所成。如果真有不死之人，现在都在哪里呢！”
李积回答说：“确实如陛下所言。这个婆罗门如今再次前来，容貌头发都已衰老花白，和之前大不一样，怎么能长生不老呢！陛下遣送他回去，朝廷内外都会高兴。”那罗迩娑婆寐最终死在了长安。
许敬宗、李义府迎合皇后的旨意，诬告上奏侍中韩瑗、中书令来济与褚遂良暗中图谋不轨，称桂州是军事要地，任命褚遂良为桂州都督，是想让他作为外援。八月丁卯日，韩瑗因罪被贬为振州刺史，来济被贬为台州刺史，终身不许入朝觐见。又将褚遂良贬为爱州刺史，荣州刺史柳奭贬为象州刺史。
褚遂良抵达爱州后，上奏表为自己辩解：“从前濮王李泰与李承乾争夺太子之位时，臣不顾生死，一心归附陛下。当时岑文本、刘洎上奏称‘李承乾的罪状已经显露，他身在别处，东宫不可片刻空缺，请暂且派濮王前往东宫居住。’臣又直言极力反对，这些都是陛下亲眼所见。最终臣与长孙无忌等四人共同定下拥立陛下的大计。到先帝病危时，只有臣与长孙无忌一同接受遗诏。陛下在守丧期间，悲痛万分，臣以国家大义宽慰陛下，陛下曾亲手抱住臣的脖颈。臣与长孙无忌处理各项事务，毫无遗漏，数日之内，朝野安定。臣能力微薄却责任重大，行事难免犯错，如今已是风烛残年，恳请陛下怜悯。”奏表呈上后，皇帝没有理会。
己巳日，礼官上奏：“四郊迎接节气时，保留太微五帝的祭祀；南郊明堂祭祀时，废除纬书所记载的六天之说。方丘祭祀地神之外，另设有神州祭祀，请求合并为一次祭祀。”皇帝批准了。
辛未日，任命礼部尚书许敬宗为侍中，兼度支尚书杜正伦为兼中书令。
冬季十月戊戌日，皇帝前往许州。乙巳日，在滍水南岸打猎。壬子日，抵达祀水弯曲处。十二月乙卯朔日，皇帝返回洛阳宫。
苏定方进攻西突厥沙钵罗可汗，抵达金山以北，先攻打处木昆部，大败该部，其酋长懒独禄等人率领一万多帐前来投降，苏定方安抚他们，并征调其中一千名骑兵一同进军。
右领军郎将薛仁贵上奏说：“泥孰部向来不服从贺鲁，被贺鲁打败后，妻子儿女都被俘虏。如今唐军攻破贺鲁各部时，若俘获了泥孰部的妻子儿女，应当归还他们，并加以赏赐，让他们清楚知道贺鲁是叛贼而大唐是他们的父母之邦，这样他们就会拼死效力，不遗余力。”皇帝采纳了他的建议。泥孰部大喜，请求随军共同攻打贺鲁。
苏定方抵达曳哸河西岸时，沙钵罗率领十姓部落的军队近十万人前来抵抗。苏定方率领唐军及回纥军一万余人迎击。沙钵罗轻视苏定方兵力稀少，径直进军包围唐军。苏定方命令步兵占据南岸高地，密集排列长矛向外防御，自己率领骑兵在北岸列阵。沙钵罗先攻打步兵阵地，三次冲锋都未能攻破，苏定方率领骑兵发起反击，沙钵罗大败，苏定方追击三十里，杀敌俘获数万人；第二天，整顿军队继续前进。于是胡禄屋等五弩失毕部落全部前来投降，沙钵罗仅与处木昆屈律啜率领数百名骑兵向西逃窜。当时阿史那步真从南路进军，五咄陆部落得知沙钵罗战败，都前往阿史那步真处投降。苏定方于是命令萧嗣业、回纥首领婆闰率领胡兵奔赴邪罗斯川，追击沙钵罗，自己与任雅相率领新归附的部众随后跟进。恰逢天降大雪，积雪达二尺深，军中众人都请求等天晴后再进军，苏定方说：“敌人依仗雪深，认为我们无法前进，必定会让士兵马匹休息。迅速追击就能赶上，若拖延时日，他们就会逃得更远，再也追不上了，节省时间、事半功倍，就在此时！”于是踏雪日夜兼程，沿途收编西突厥部落，抵达双河时，与阿史那弥射、阿史那步真的军队会合，距离沙钵罗的营地还有二百里，大军列阵长驱直入，径直抵达沙钵罗的牙帐。沙钵罗正与部下打猎，苏定方乘其不备，下令军队发起攻击，杀敌俘获数万人，缴获了他的战鼓和旗帜，沙钵罗与儿子咥运、女婿阎啜等人逃脱，逃往石国。苏定方于是停止进军，让各部返回自己的居所，开通道路，设置驿站，掩埋骸骨，慰问疾苦，划分疆界，恢复生产，凡是被沙钵罗掠夺的财物，全部搜括归还，十姓部落恢复了往日的安定。苏定方命令萧嗣业率军继续追击沙钵罗，自己则率领大军返回。
沙钵罗抵达石国西北的苏咄城时，人马饥饿疲惫，派人携带珍宝进城买马。城主伊沮达官假意用酒食出城迎接，引诱沙钵罗入城后，关闭城门将其擒获，押送到石国。萧嗣业抵达石国后，石国人将沙钵罗交给了他。
乙丑日，唐朝分割西突厥的领地，设置蒙池、昆陵二都护府，任命阿史那弥射为左卫大将军、昆陵都护、兴昔亡可汗，统领五咄陆部落；任命阿史那步真为右卫大将军、蒙池都护、继往绝可汗，统领五弩失毕部落。派遣光禄卿卢承庆持符节前往册封，还命令阿史那弥射、阿史那步真与卢承庆根据各部落投降首领的部落大小、地位声望高低，授予刺史以下的官职。
丁卯日，唐朝将洛阳宫定为东都，洛州官员的品级与雍州相同。
这一年，皇帝下诏：“从今以后，僧尼不得接受父母及尊长的礼拜，有关部门要明确制定法令加以禁止。”
任命吏部侍郎刘祥道为黄门侍郎，仍负责吏部选官事务。刘祥道认为：“如今吏部选官过于泛滥，每年进入仕途的人数超过一千四百人，各类非科举出身的入仕者，从未经过严格选拔。当前朝廷内外文武官员从一品到九品，共一万三千四百六十五人，大约三十年时间，这一万三千余人就会几乎耗尽。如果每年入仕的人数控制在五百人，就足以满足所需。希望能加以改革。”不久后杜正伦也上奏称入仕人数过多。皇帝命令杜正伦与刘祥道详细商议，但大臣们害怕改革，此事最终搁置。刘祥道是刘杜甫的儿子。
显庆三年戊午（公元658年）
春季正月戊子日，长孙无忌等人献上所修订的新礼；皇帝下诏令朝廷内外施行。此前，议论者认为贞观年间的礼仪条文不够完备，因此命令长孙无忌等人修订。当时许敬宗、李义府专权，修订过程中对礼仪的增减大多迎合皇后旨意，学者们对此颇有非议。太常博士萧楚材等人认为，预先准备丧葬礼仪，不是臣子所应谈论的；许敬宗、李义府深表赞同，于是烧毁了《国恤》一篇，从此丧葬礼仪便残缺不全。
起初，龟兹王布失毕的妻子阿史那氏与他的宰相那利私通，布失毕无法禁止，因此君臣之间相互猜忌，各自结成党派，互相前来唐朝告发对方。皇帝两次召见他们，抵达长安后，将那利囚禁，派遣左领军郎将雷文成护送布失毕回国。抵达龟兹东境的泥师城时，龟兹大将羯猎颠发动部众抵抗，还派遣使者向西突厥沙钵罗可汗投降。布失毕据城自守，不敢前进。皇帝下诏命令左屯卫大将军杨胄发兵讨伐羯猎颠。恰逢布失毕病逝，杨胄与羯猎颠交战，大败敌军，擒获羯猎颠及其党羽，全部诛杀，随后将龟兹之地设置为龟兹都督府。戊申日，册立布失毕的儿子素稽为龟兹王兼都督。
二月丁巳日，皇帝从东都出发；甲戌日，抵达京城长安。
夏季五月癸未日，唐朝将安西都护府迁移到龟兹，将原来的安西改为西州都督府，镇守高昌故地。
六月，营州都督兼东夷都护程名振、右领军中郎将薛仁贵率军进攻高丽的赤烽镇，攻克该镇，斩首四百余级，俘获一百余人。高丽派遣大将豆方娄率领三万部众抵抗，程名振派契丹军队迎击，大败高丽军，斩首二千五百级。
秋季八月甲寅日，播罗哀獠酋长多胡桑等人率领部众归附唐朝。
冬季十月庚申日，吐蕃赞普前来唐朝请求通婚。
中书令李义府受到皇帝的宠信，他那些还在襁褓中的儿子都位居清贵官职。而李义府贪婪无度，他的母亲、妻子以及儿子、女婿，都卖官鬻狱，家中门庭若市，还大量培植党羽，权势震动朝野。中书令杜正伦常常以资历深厚自居，李义府依仗皇帝的恩宠，不愿位居其下，因此二人产生矛盾，在皇帝面前争执不休。皇帝因大臣不和，对两人都进行了责备。十一月乙酉日，杜正伦被贬为横州刺史，李义府被贬为普州刺史。杜正伦不久后在横州去世。
阿史那贺鲁被擒获后，对萧嗣业说：“我本是逃亡的俘虏，承蒙先帝收留，先帝对我恩重如山，我却背叛了他，如今战败，是上天发怒惩罚我。我听说中原处死犯人必定在闹市，希望能在昭陵之前将我处死，以向先帝谢罪。”皇帝得知后怜悯他。贺鲁被押送到京城后，甲午日，在昭陵举行献俘仪式。皇帝下诏赦免他的死罪，将他的部落分为六个都督府，他所统治的各国都设置州府，西至波斯，全部隶属于安西都护府。贺鲁不久后去世，葬在颉利可汗的墓地旁边。
戊戌日，任命许敬宗为中书令，大理卿辛茂将为兼侍中。
开府仪同三司鄂忠武公尉迟敬德去世。尉迟敬德晚年闲居在家，研习延年益寿之术，修建池台园林，演奏清商乐自娱自乐，不与宾客交往，长达十六年。享年七十四岁，因病去世，朝廷给予的恩宠礼遇十分优厚。
这一年，爱州刺史褚遂良去世。
雍州司士许祎与来济关系友好，侍御史张伦与李义府有怨恨，吏部尚书唐临上奏任命许祎为江南道巡察使，张伦为剑南道巡察使。当时李义府虽然被贬在外，但皇后常常保护他，认为唐临是出于私心选拔官员。
显庆四年己未（公元659年）
春季二月乙丑日，唐临被免去官职。