丁酉日，改封河南王杨昭为晋王。
突厥步迦可汗侵犯边境，在恒安击败代州总管韩弘。
任命晋王杨昭为内史令。
二月乙卯日（初一），发生日食。
夏季五月己丑日，突厥男女九万人前来归降。
六月乙卯日，隋文帝派遣十六名使者巡视各地风俗。
乙丑日，隋文帝下诏，因天下学校学生数量多但质量差，只挑选保留国子学学生七十人，太学、四门学及州县学校全部废除。前殿内将军河间人刘炫上书恳切劝谏，隋文帝不听。秋季七月戊戌日，改国子学为太学。
起初，隋文帝接受北周禅让后，担心民心不服，因此常常宣称有吉祥征兆来炫耀，伪造吉祥征兆献上的人，多得数不清。冬季十一月己丑日，隋文帝在南郊举行祭祀，仪式如同封禅大典，祭文详细叙述了前后出现的吉祥征兆，以报答上天的保佑。
山獠发动叛乱，朝廷任命卫尉少卿洛阳人卫文昻（名玄，以字行世）为资州刺史，前去镇守安抚。卫文昻刚到任时，獠人正在攻打大牢镇，他单人独骑来到獠人军营，说：“我是刺史，奉天子诏令来安抚你们，不要惊慌！”群獠没人敢轻举妄动。卫文昻接着向他们陈述利害，獠人首领感动喜悦，撤兵离去，前后归附的獠人有十多万。隋文帝非常高兴，赏赐他两千匹缣。壬辰日，任命卫文昻为遂州总管。
潮州、成州等五州的獠人反叛，高州酋长冯盎快马赶到京城，请求讨伐叛军。隋文帝命令杨素与冯盎讨论叛军情况，杨素感叹说：“没想到蛮夷中还有这样的人才！”立即派遣冯盎调发长江、岭南的军队攻打叛军。叛乱平定后，任命冯盎为汉阳太守。
隋文帝下诏任命杨素为云州道行军元帅，长孙晟为受降使者，挟持启民可汗向北攻打步迦可汗。
仁寿二年（壬戌年，公元602年）
春季三月己亥日，隋文帝前往仁寿宫。
突厥思力俟斤等人向南渡过黄河，劫掠启民可汗的部众六千人和各种牲畜二十多万后离去。杨素率领各军追击，转战六十多里，大败突厥，突厥人向北逃走。杨素继续追击，到了夜里追上突厥军队，担心他们逃脱，命令骑兵稍稍落后，自己带领两名骑兵和两名归降的突厥人，与突厥军队并行，突厥人没有察觉；等到突厥人扎营还没稳定时，杨素催促后面的骑兵突袭，大败突厥，将俘获的人畜全部归还给启民可汗。从此，突厥人远远逃走，沙漠以南不再有突厥劫掠。杨素因功封儿子杨玄感为柱国，赐杨玄纵淮南公的爵位。
兵部尚书柳述，是柳庆的孙子，娶了兰陵公主，他依仗宠信，意气用事，连杨素这样的大臣都要屈居他之下。隋文帝问符玺直长万年人韦云起：“外面有什么不利的事情，可以说出来。”当时柳述正在旁边侍奉，韦云起上奏说：“柳述骄横自大，从未经历过大事，军事机要这样的重任，不是他能胜任的。他只因是公主的丈夫，就占据重要职位。臣担心众人会议论陛下‘任官不选贤才，只偏爱自己亲近的人’，这是最大的不利之事。”隋文帝非常赞同他的话，回头对柳述说：“韦云起的话，是治疗你的良药，你应该把他当作老师和朋友。”秋季七月丙戌日，隋文帝下诏让朝廷内外官员各自举荐自己了解的贤才。柳述举荐了韦云起，朝廷任命韦云起为通事舍人。
益州总管蜀王杨秀，容貌魁梧，有胆识勇气，喜好武艺。隋文帝常对独孤皇后说：“杨秀最终一定会因作恶而死，我在世时还不用担心，等他的兄弟继位，他一定会谋反。”大将军刘哙讨伐西爨时，隋文帝命令上开府仪同三司杨武通率军随后跟进。杨秀任命自己的宠臣万智光为杨武通的行军司马。隋文帝认为杨秀任用不当，谴责了他，并对群臣说：“破坏我的法令的，是我的子孙。就像猛虎，其他动物不能伤害它，反而会被身上的小虫损害侵蚀。”于是分割了杨秀统领的部分兵力。
自从长史元岩去世后，杨秀逐渐变得奢侈僭越，制作浑天仪，抓捕很多山獠充当宦官，车马服饰都模仿皇帝的规格。
等到太子杨勇因谗言被废，晋王杨广被立为太子，杨秀心中非常不满。太子杨广担心杨秀最终会成为后患，暗中让杨素寻找杨秀的过错，诋毁他。隋文帝于是征召杨秀入朝，杨秀犹豫不决，想以生病为由不去。总管司马源师劝谏，杨秀脸色一变说：“这是我的家事，和你有什么关系！”源师流着泪回答说：“我有幸在王府任职，怎敢不尽心！圣上有诏令征召大王，已经拖延了几个月，现在还迟迟不去。百姓不了解大王的心意，倘若产生猜疑，朝廷内外都会惊慌，圣上若下严厉诏令，派使者前来，大王怎么证明自己清白？希望大王仔细考虑！”朝廷担心杨秀发动叛乱，戊子日，任命原州总管独子瓜楷为益州总管，乘驿马前去接替杨秀。独子瓜楷到达后，杨秀仍不肯动身；独子瓜楷劝说了很久，杨秀才上路。独子瓜楷察觉杨秀有后悔的神色，于是部署军队防备；杨秀走了四十多里，想返回袭击独子瓜楷，侦察到对方有防备，才停止。
八月甲子日，独孤皇后去世。太子杨广在隋文帝和宫人面前悲痛欲绝，好像无法承受丧母之痛；但在自己的住处，却饮食说笑如同平常。另外，他每天在朝堂上让人进献两溢米（古代容量单位，两溢约等于现代两升多），假装节俭守丧，却暗中让人从外面取来肥肉、干肉和腌鱼，放在竹筒里，用蜡封口，再用布包裹着带进住处。
着作郎王劭上书说：“佛经上说：‘人应当升上天界或往生无量寿国时，上天和佛祖会放出大光明，用香花、歌舞乐器来迎接。’已故皇后的福分善举和吉祥征兆，各种秘籍中都有记载，都说她是妙善菩萨转世。臣查考，八月二十二日，仁寿宫内两次降下金银花；二十三日，大宝殿后方夜里出现神光；二十四日卯时，永安宫以北自然响起各种音乐，声音传遍天空；到了夜里五更，皇后安然离世，这与佛经记载的情景，全部相符。”隋文帝看后又悲又喜。
九月丙戌日，隋文帝从仁寿宫返回京城。
冬季十月癸丑日，任命工部尚书杨达为纳言。杨达是杨雄的弟弟。
闰十月甲申日，隋文帝下诏让杨素、苏威与吏部尚书牛弘等人修订吉、凶、军、宾、嘉五种礼仪。
隋文帝让上仪同三司萧吉为独孤皇后选择墓地，萧吉找到一块吉地，说：“占卜显示这块地能保隋朝两千年国运，传二百代君主。”隋文帝说：“吉凶由人决定，不在于墓地。高纬埋葬他的父亲，难道没有占卜吗！不久后北齐就灭亡了。就像我家的祖坟，如果说不吉利，我就不该成为天子；如果说吉利，我弟弟就不该战死。”但最终还是听从了萧吉的建议。萧吉退下后，对族人萧平仲说：“皇太子派宇文左率（宇文述）来向我深表感谢，说：‘您之前说我会成为太子，最终应验了，我永远不会忘记。现在为皇后选墓地，务必让我早点继位。我继位后，会用富贵报答您。’我对他说：‘四年后，太子会执掌天下。’如果太子掌权，隋朝大概就要灭亡了！我之前谎称‘占卜得两千年国运’，其实是‘二十’年的意思；‘传二百代’，是指传两代君主。你要记住这件事！”
壬寅日，将文献皇后（独孤后）安葬在太陵。隋文帝下诏说：“杨素办理皇后的葬礼，尽心尽力寻找吉地，看他这份心意，极其忠诚孝顺，这份功劳难道能和平定叛乱相比吗！可另外封他的一个儿子为义康公，食邑一万户。”还赏赐杨素三十顷田地、一万段绢、一万石米，以及数量相当的金珠绫锦。
蜀王杨秀到达长安，隋文帝见到他，不跟他说话；第二天，派使者严厉斥责他。杨秀谢罪，太子杨广和其他王弟在朝堂上流泪为杨秀求情。隋文帝说：“之前秦王杨俊浪费财物，我用父亲的身份教导他。现在杨秀残害百姓，我要以君主的身份制裁他。”于是把杨秀交给执法官员处理。开府仪同三司庆整劝谏说：“庶人杨勇已被废黜，秦王杨俊已去世，陛下的儿子不多了，何必做到这个地步！蜀王性格耿直，现在受到重罚，恐怕他无法保全自己。”隋文帝大怒，想割掉庆整的舌头，接着对群臣说：“应当把杨秀在街市上斩首，来向百姓谢罪。”于是命令杨素等人审理杨秀的案件。
太子杨广暗中制作了一个木偶，绑住木偶的手、钉住心脏，给木偶戴上枷锁镣铐，在木偶上写上隋文帝和汉王杨谅的名字，还写着“请西岳慈父圣母派神兵收走杨坚、杨谅的魂魄，让他们保持这种状态，不要魂魄消散”。杨广秘密把木偶埋在华山下，被杨素挖了出来；杨素又说杨秀胡乱引用图谶，声称京城有妖异，编造蜀地有吉祥征兆；还伪造了一篇檄文，写着“约定日期讨伐朝廷”，放在杨秀的文集里，把这些都上报给隋文帝。隋文帝说：“天下难道有这样的事吗！”十二月癸巳日，废黜杨秀为庶人，囚禁在内侍省，不许他和妻子儿女见面，只派两名獠人婢女侍奉他，受牵连获罪的有一百多人。杨秀上表忏悔谢罪说：“希望陛下开恩，怜悯我，在我气息未尽之时，让我和儿子瓜子见一面；请赐我一块墓地，让我的骸骨有地方安葬。”瓜子是杨秀的爱子。隋文帝于是下诏列举杨秀的十条罪状，还说：“我不知道杨坚、杨谅是你的什么亲人？”后来才允许杨秀和儿子住在一起。
起初，杨素曾因轻微过失被隋文帝下令送到南台（御史台），命令治书侍御史柳彧审理。杨素依仗地位尊贵，坐在柳彧的坐床上。柳彧从外面进来看到后，在台阶下手持笏板，整理好衣冠，对杨素说：“奉陛下诏令审理您的罪状！”杨素急忙下床。柳彧靠着案几坐下，让杨素站在庭院中，盘问案情。杨素因此怨恨柳彧。蜀王杨秀曾向柳彧索要李文博撰写的《治道集》，柳彧给了他；杨秀赠给柳彧十名奴婢。等到杨秀获罪，杨素上奏说柳彧作为内臣与诸侯交往，柳彧被削除官籍贬为平民，发配到怀远镇戍边。
隋文帝派司农卿赵仲卿前往益州彻底追查杨秀的案件，杨秀的宾客所经过的地方，赵仲卿必定刻意罗织罪名，治罪的州县长官超过一半。隋文帝认为赵仲卿能干，赏赐他很多财物。
过了很久，贝州长史裴肃派使者上书，说：“高颎有天赋的良才，是辅佐陛下开国的元勋，因被众人嫉妒，才被废黜；希望陛下记着他的大功，忘掉他的小过。另外，杨勇、杨秀两位庶人获罪已久，难道不会改过自新吗！希望陛下发扬君主和父亲的慈爱，顾念父子天性，给他们各自封一个小国，观察他们的行为：如果能向善，再逐渐增加封地；如果仍不悔改，再贬削也不晚。现在他们自新的道路永远断绝，看不到他们愧疚悔改的心意，难道不可悲吗！”奏书呈上后，隋文帝对杨素说：“裴肃关心我的家事，这也是出于一片诚心。”于是征召裴肃入朝。太子杨广听说后，对左庶子张衡说：“让杨勇自新，想干什么？”张衡说：“看裴肃的意思，是想让杨勇像吴太伯、汉朝东海王那样（主动让贤或安分守己）。”裴肃到了京城，隋文帝当面告诉他杨勇不能再被任用的意思，然后让他回去了。裴肃是裴侠的儿子。
杨素的弟弟杨约、叔伯兄弟杨文思、杨文纪、同族叔父杨忌，都担任尚书、列卿之职；他的儿子们没有立下战功，却官至柱国、刺史；杨素大肆经营产业，从京城到各地的繁华都市，他的府邸店铺、水磨、肥沃田宅，多到数不清；家中奴仆几千人，后庭穿着华丽丝绸的妓妾有上千人；住宅奢华，规格堪比皇宫；亲信和旧部下遍布朝廷要职。自从废黜了一位太子和一位藩王后，杨素的权势更加显赫。朝臣中违背他心意的人，有的甚至被诛杀全家；依附他或与他有亲戚关系的人，即使没有才能，也必定会被提拔，朝廷上下风气败坏，没有人不畏惧并依附他。敢于与杨素对抗而不屈服的，只有柳彧、尚书右丞李纲和大理卿梁毗三人。
起初，梁毗担任西宁州刺史，共任职十一年。当地蛮夷酋长都以拥有黄金多的人为豪杰，互相攻夺，几乎没有安宁的年份，梁毗对此感到忧虑。后来趁各酋长争相送黄金给梁毗的机会，梁毗把黄金放在座位旁，对着黄金痛哭，对酋长们说：“这东西饿了不能吃，冷了不能穿，你们却因它互相残杀，死伤无数，现在把它送来，是想害死我吗！”最终没有接受任何黄金。蛮夷酋长们由此醒悟，不再互相攻击。隋文帝听说后很赞赏他，征召他担任大理卿，梁毗审理案件公正适当。
梁毗见杨素专权，担心成为国家祸患，就呈上密封奏疏说：“臣听说臣子不能作威作福，否则会危害家族、祸乱国家。臣私下观察左仆射越国公杨素，受到的宠幸越来越重，权势日益显赫，士大夫们都要看他的眼色行事。违背他心意的人，如同夏天遭遇严霜般衰败；迎合他心意的人，如同冬天得到甘雨般兴盛；官员的升降由他一句话决定，朝政的废兴听他指挥；他所亲信的都不是忠诚正直之人，所提拔的都是亲戚，子弟遍布各地，占据多个州县。天下太平之时，他或许还会收敛野心；一旦天下有变故，他必定会成为祸乱的开端。奸臣专权，都是逐渐发展而来的，王莽凭借多年积累的权势篡汉，桓玄利用改朝换代的机会夺权，最终灭亡了汉朝，颠覆了晋朝。陛下若把杨素当作辅佐重臣，臣担心他的心思未必像伊尹那样忠诚。希望陛下借鉴古今教训，酌情处置，使国家基业永远稳固，天下百姓幸运！”奏疏呈上后，隋文帝大怒，将梁毗关进监狱，亲自审问他。梁毗极力陈说“杨素凭借宠信玩弄权术，率领军队时，随意杀戮。而且太子、蜀王被废黜时，百官无不震惊恐惧，只有杨素眉飞色舞，面露喜色，把国家的灾祸当作自己的幸事。”隋文帝无法反驳，只好释放了他。
此后，隋文帝也逐渐疏远猜忌杨素，于是下敕令说：“仆射是国家的宰辅，不必亲自处理琐碎事务，只需每隔三五天到尚书省一次，讨论重大事务即可。”表面上是优待尊崇杨素，实际上是剥夺他的权力。从此，杨素在仁寿年间剩余的时间里，不再参与尚书省的事务决策。朝廷又调出杨约，任命他为伊州刺史。
杨素被疏远后，吏部尚书柳述更加有权势，兼任兵部尚书，参与掌管机密要务；杨素因此怨恨柳述。
太子杨广问贺若弼：“杨素、韩擒虎、史万岁都被称为良将，他们的优劣如何？”贺若弼说：“杨素是猛将，不是谋将；韩擒虎是斗将，不是领将；史万岁是骑将，不是大将。”太子问：“那么谁是大将呢？”贺若弼跪拜说：“全凭殿下选择！”贺若弼的意思是自认为是大将。
交州俚人首领李佛子发动叛乱，占据越王故城，派他哥哥的儿子李大权占据龙编城，另一位首领李普鼎占据乌延城。杨素推荐瓜州刺史长安人刘方有将帅之才，隋文帝下诏任命刘方为交州道行军总管，统领二十七营军队进军平叛。刘方军令严明，有违反军令的人必斩；但他爱护士兵，士兵生病时，他亲自安抚照料，士兵们也因此真心归附他。军队抵达都隆岭，遭遇叛军，将其击败。进军到李佛子的军营前，刘方先向李佛子陈述利害。李佛子恐惧，请求投降，刘方将他押送到长安。
仁寿三年（癸亥年，公元603年）
秋季八月壬申日，隋文帝赐幽州总管燕荣自杀。燕荣性格残酷严苛，鞭打侍从，动辄就打上千下。他曾看到路边从生的荆棘，认为可以做刑杖，命令手下取来，立即用它试打路人。有人自称无罪，燕荣说：“以后你若犯罪，就赦免你。”不久后这人真的犯了罪，燕荣准备用杖打他，这人说：“前些天被打时，您答应以后犯罪就赦免我。”燕荣说：“无罪尚且要打，何况有罪呢！”照样鞭打他。
观州长史元弘嗣调任幽州长史，担心被燕荣侮辱，坚决推辞。隋文帝敕令燕荣：“元弘嗣犯了该打十杖以上的罪，都必须上奏朝廷。”燕荣愤怒地说：“这小子竟敢戏弄我！”于是派元弘嗣监管粮仓收粮，哪怕粮食里夹杂一粒糠、一颗秕谷，都要惩罚元弘嗣。每次鞭打虽然不满十下，但一天之内，有时会打三四次。这样过了几年，两人的怨恨越来越深。燕荣最终将元弘嗣逮捕入狱，断绝他的粮食，元弘嗣只好抽出衣服里的棉絮，混着水吞咽充饥。他的妻子到皇宫喊冤，隋文帝派使者调查核实，使者上奏燕荣暴虐无道、贪污受贿声名狼藉；隋文帝征召燕荣回京城，赐他自杀。元弘嗣接替燕荣治理幽州，手段比燕荣更残酷。
九月壬戌日，朝廷设置常平官（掌管调节粮价、储备粮食的官员）。
这一年，龙门人王通到皇宫献上《太平十二策》，隋文帝没有采纳，王通辞官回乡。于是王通在黄河、汾水之间讲学，从远方来求学的弟子很多，朝廷多次征召他做官，他都拒绝了。杨素非常敬重他，劝他做官，王通说：“我家有祖先留下的破旧房屋，足够遮风挡雨；薄田足够提供粥饭；读书论道足够自我娱乐。希望您端正自身来治理天下，让时节和顺、年成丰收，我得到的恩赐就已经很多了，不愿做官。”有人向杨素诋毁王通说：“他其实很轻视您，您为什么还敬重他？”杨素拿这话问王通，王通说：“如果您可以被轻视，那是我对了；如果您不可被轻视，那是我错了：对错都在我，与您有什么关系！”杨素仍像以前一样对待他。弟子贾琼问王通如何平息诽谤，王通说：“不用辩解。”又问如何消除怨恨，王通说：“不要争执。”王通常说：“不轻易赦免罪犯的国家，刑罚必定公正；过度征收赋税的国家，财力必定枯竭。”又说：“听到诽谤就发怒的人，是谗言的媒介；看到赞誉就高兴的人，是谄媚的温床；断绝媒介、去除温床，谗言和谄媚就会远离。”隋炀帝大业末年，王通在家中去世，弟子们给他追谥“文中子”。
突厥步迦可汗的部落发生大乱，铁勒仆骨等十多个部落，都背叛步迦可汗，归降启民可汗。步迦可汗的部众溃散，向西逃奔吐谷浑；长孙晟护送启民可汗到碛口，启民可汗于是完全占有了步迦可汗的部众。