隋文帝又派遣员外散骑侍郎何稠招募士兵讨伐李光仕，何稠劝降了李光仕的党羽莫崇等人，并秉承皇帝旨意任命部落首领为州县官员。何稠是何妥哥哥的儿子。
隋文帝因岭南夷人、越人多次反叛，任命汴州刺史令狐熙为桂州总管，掌管十七州军事，允许他根据实际情况自行处理事务，刺史以下的官员可以由他秉承旨意补任。令狐熙到任后，大力推行恩德信义，当地溪洞的首领们相互说道：“以前的总管都用武力威胁我们，如今的总管却用亲笔书信开导我们，我们怎能违背他呢！”于是相继归附。此前，岭南的州县局势混乱，官吏大多无法到任，只能把政务委托给总管府。令狐熙将官吏全部派遣到任，为当地修建城邑，开办学校，汉人和夷人都受到感化。俚人首领宁猛力，在南陈时就已占据南海，隋朝因此对他采取安抚政策，任命他为安州刺史。宁猛力凭借地势险要傲慢不顺，从未参拜过朝廷官员。令狐熙用恩德信义开导他，宁猛力深受感动，前往总管府参拜，不敢再做违法之事。令狐熙上奏朝廷，请求将安州改为钦州。
隋文帝因地方所属官员不敬畏上司，事务难以推行，三月丙辰日，下诏：“各部门审议下属官员的罪行时，若出现法律条文量刑较轻但情节严重的情况，允许在法律规定之外酌情处以杖刑。”于是上下级相互逼迫，不断施行杖刑，把残暴当作能干，把守法当作懦弱。
隋文帝因盗贼众多，下令盗窃一文钱以上的人都要被处死，有时三人共同盗窃一个瓜，事情败露后也被处死。于是赶路的人都很晚起床、很早住宿，天下人都惶恐不安。有几个人劫持了执法官员，对他们说：“我们难道是求财的人吗！只是为被冤枉的人而来。替我们上奏陛下：自古以来，治理国家制定法律，从未有过盗窃一文钱就被处死的情况。如果不把我们的话传达给陛下，我们还会再来，到时候你们就会被杀光！”隋文帝听说后，废除了这一法令。
隋文帝曾在盛怒之下，想在六月杖杀犯人，大理少卿河东人赵绰坚决劝谏说：“夏季六月，天地万物都在生长繁育，不能在这个时候杀人。”隋文帝答复说：“六月虽然是万物生长的季节，但这时也一定会有雷霆；我效法上天行事，有什么不可以的！”最终还是杀了犯人。
大理寺掌固来旷上奏说大理寺官员执法过于宽松，隋文帝认为来旷忠诚正直，让他每天早晨在五品官员的行列中参见。来旷又告发大理少卿赵绰滥用职权赦免囚徒，隋文帝派亲信大臣调查验证，发现根本没有徇私枉法的情况，隋文帝大怒，下令斩杀来旷。赵绰坚决劝谏，认为来旷罪不至死，隋文帝气得拂袖进入内殿。赵绰谎称：“我不再管来旷的事，还有其他事情，没来得及上奏。”隋文帝让他进入内殿，赵绰跪拜后请求说：“我有三项死罪：我担任大理少卿，不能约束掌固，让来旷触犯了死罪，这是第一项；囚徒罪不至死，我却不能以死相争，这是第二项；我本来没有其他事情，却谎称有事情求见，这是第三项。”隋文帝听后脸色缓和。当时独孤皇后也在座，下令赏赐赵绰两杯金杯酒，连杯子一起赏赐给他。来旷因此免于一死，被流放到广州。
萧摩诃的儿子萧世略在江南发动叛乱，萧摩诃应当受牵连治罪，隋文帝说：“萧世略年纪还不到二十岁，能有什么作为？不过是因为他是名将的儿子，被别人逼迫罢了。”于是赦免了萧摩诃。赵绰坚决劝谏，认为不能赦免，隋文帝无法说服他，想等赵绰离开后再赦免萧摩诃，于是让赵绰退下吃饭。赵绰说：“我上奏的案件还没有判决，不敢退下。”隋文帝说：“大理寺就为朕特别赦免萧摩诃吧。”于是命令侍从释放了萧摩诃。
刑部侍郎辛亶曾穿红色的裤子，民间传说这样穿有利于升官；隋文帝认为这是用邪术害人，准备斩杀他。赵绰说：“按照法律，辛亶罪不至死，我不敢遵奉诏令。”隋文帝非常愤怒，说：“你怜惜辛亶，却不怜惜自己！”下令把赵绰拉出去斩首。赵绰说：“陛下宁可杀我，也不能杀辛亶。”到了朝堂上，赵绰被脱下衣服准备处斩，隋文帝派人对他说：“你终究还是不肯让步吗？”赵绰回答说：“我一心执法，不敢吝惜性命！”隋文帝拂袖进入内殿，过了很久，才下令释放赵绰。第二天，隋文帝向赵绰道歉，慰问勉励他，赏赐他三百段布帛。
当时隋文帝禁止使用劣质钱币，有两个人在集市上用劣质钱币兑换好钱币，武侯（负责治安的官员）把他们抓起来上报，隋文帝下令将两人全部斩首。赵绰进谏说：“这两个人的罪行应当处以杖刑，杀死他们不符合法律。”隋文帝说：“这事与你无关。”赵绰说：“陛下不认为我愚昧，让我担任司法官员，却要随意杀人，怎么能与我无关！”隋文帝说：“摇动大树，摇不动就该退下。”赵绰回答说：“我希望能感动上天，何况是摇动大树。”隋文帝又说：“喝汤的人觉得烫就会放下，你是想挫败天子的威严吗！”赵绰跪拜后更加向前，隋文帝呵斥他，他也不肯退下，隋文帝最终进入内殿。治书侍御史柳彧又上奏恳切劝谏，隋文帝才停止行刑。
隋文帝因赵绰忠诚正直，常常把他召进内殿，有时遇上隋文帝和皇后同坐，就叫赵绰坐下，和他讨论朝政得失，前后赏赐的财物数以万计。赵绰和大理卿薛胄同时任职，都以公平宽恕闻名；但薛胄判案注重情理，赵绰则严格守法，两人都很称职。薛胄是薛端的儿子。
隋文帝晚年用法越发严厉，御史在元旦朝会时没有弹劾武官衣服、佩剑不整齐的人，隋文帝说：“你作为御史，却纵容放任下属。”下令杀死御史，谏议大夫毛思祖劝谏，也被杀死。将作寺丞因征收麦子延误，武库令因官署庭院荒芜，侍从出使时，有人接受地方官员赠送的马鞭、鹦鹉，隋文帝察觉后，都亲自下令将他们斩首。
隋文帝已经喜怒无常，不再依据法律条文量刑。他信任杨素，杨素又肆意偏袒，与鸿胪少卿陈延有矛盾。杨素曾路过蕃客馆，看到庭院中有马粪，还看到陈延的手下在毛毡上赌博，就把这些事报告给隋文帝。隋文帝大怒，将主客令和赌博的人都用杖打死，把陈延打得几乎丧命。
隋文帝派遣新卫大都督长安人屈突通前往陇西核查各地牧场，查出隐瞒的马匹两万多匹，隋文帝大怒，准备斩杀太仆卿慕容悉达和各牧场官员一千五百人。屈突通劝谏说：“人命至关重要，陛下怎能因牲畜的缘故杀死一千多人！我冒昧地以死请求陛下赦免他们！”隋文帝怒目呵斥他，屈突通又叩头说：“我甘愿一死，只求陛下赦免这一千多人的性命。”隋文帝醒悟过来，说：“我不明事理，竟到了这种地步！幸好有你忠诚进言。”于是慕容悉达等人都被免去死罪，屈突通被提拔为右武候将军。
上柱国彭公刘昶与隋文帝有旧交，隋文帝对他十分亲近；刘昶的儿子刘居士，行侠仗义却不遵守法度，多次犯罪，隋文帝因刘昶的缘故，每次都宽恕他。刘居士变得更加骄横放纵，挑选公卿子弟中强壮勇猛的人，把他们带到家里，用车轮套住他们的脖子再用棍棒殴打，那些差点被打死却仍不屈服的人，被他称为壮士，释放后与他们交往。刘居士的党羽有三百人，经常殴打路人，掠夺财物，甚至公卿妃嫔公主，都不敢与他们计较。有人告发刘居士图谋不轨，隋文帝大怒，将他斩首，公卿子弟因受刘居士牵连被削除官籍的人很多。
杨素、牛弘等人再次推荐张胄玄的历法。隋文帝让杨素和懂术数的人提出六十一个问题，都是旧历法长期难以解释的，让刘晖等人与张胄玄等人辩论分析。刘晖哑口无言，一个问题也答不上来，张胄玄却解释通了五十四个问题，隋文帝于是任命张胄玄为员外散骑侍郎兼太史令，赏赐他一千段布帛，让他参与制定新历法。到这时，张胄玄的历法编制完成。夏季，四月戊寅日，隋文帝下诏颁布新历法；此前编制历法的刘晖等四人都被削除官籍。秋季，七月，桂州人李世贤发动叛乱，隋文帝商议讨伐之事。有几位将领请求出征，隋文帝不同意，回头对右武候大将军虞庆则说：“你位居宰相，爵位是上公，国家有叛乱，却没有出征的想法，为什么？”虞庆则叩头谢罪，心中恐惧，隋文帝于是任命虞庆则为桂州道行军总管，平定了叛乱。
秦王杨俊，年幼时仁爱宽厚，喜好佛教，曾请求出家为僧，隋文帝没有同意。等到他担任并州总管后，逐渐变得奢侈，违反制度，大规模修建宫殿。杨俊喜好女色，他的妃子崔氏是崔弘度的妹妹，生性嫉妒，在瓜中放毒，杨俊因此中毒生病，被召回京城。隋文帝认为杨俊奢侈放纵，丁亥日，免去他的官职，让他以王爷的身份回到府第。崔妃因毒害秦王，被废除封号，赐死在家中。左武卫将军刘升劝谏说：“秦王没有其他过错，只是耗费官府财物修建官署住宅罢了，我认为可以宽容他。”隋文帝说：“法律不能违背。”杨素劝谏说：“秦王的过错，不该受到这样的处罚，希望陛下仔细考虑！”隋文帝说：“我是五个儿子的父亲，难道就不是天下百姓的父亲吗？如果按照你的意思，为什么不另外制定一部‘天子儿子律’！以周公的为人，尚且诛杀管叔、蔡叔，我确实远远比不上周公，怎能破坏法律呢！”最终没有同意赦免杨俊。
戊戌日，突厥突利可汗前来迎娶公主，隋文帝让他住在太常寺，学习六礼（古代婚礼的六个步骤），将宗室女子安义公主嫁给她。隋文帝想离间突利可汗与都蓝可汗的关系，因此对突利可汗的礼遇特别优厚，派遣太常卿牛弘、纳言苏威、民部尚书斛律孝卿相继担任使者护送公主。
突利可汗原本居住在突厥北部，娶了安义公主后，长孙晟劝说他率领部众南迁，居住在度斤山旧镇，隋朝对他的赏赐十分优厚。都蓝可汗愤怒地说：“我是大可汗，反而比不上染干（突利可汗的名字）！”于是停止向隋朝朝贡，多次派兵劫掠隋朝边境。突利可汗侦察到都蓝的动静，就派人上奏隋朝，因此隋朝边境每次都能提前做好防备。
九月甲申日，隋文帝从仁寿宫返回京城。
何稠从岭南返回时，宁猛力请求跟随他入朝。何稠见宁猛力病重，让他返回钦州，和他约定：“八九月间，你可以到京城相见。”何稠回京后，向隋文帝上奏此事，隋文帝心中不满。冬季十月，宁猛力病逝。隋文帝对何稠说：“你之前不把宁猛力带来，现在他竟然死了！”何稠说：“宁猛力和我约定，即便他去世，也会派儿子入朝侍奉。越人性格耿直，他的儿子一定会来。”宁猛力临终前，果然告诫儿子宁长真：“我和隋朝大使有约定，不能失信，你安葬我后，就立刻上路去京城。”宁长真继承刺史之职后，遵照父亲的遗言入朝。隋文帝十分高兴，说：“何稠在蛮夷中树立信义，竟到了这种地步！”
鲁公虞庆则讨伐李世贤时，任命妻弟赵什住为随府长史。赵什住与虞庆则的爱妾私通，担心事情败露，就散布谣言说虞庆则不愿出征。隋文帝听到后，对虞庆则的礼遇和赏赐变得十分微薄。虞庆则回京途中，到达潭州临桂岭，眺望山川地势，说：“这里确实险要坚固，再加上粮食充足，若有合适的人驻守，就难以攻破。”他派赵什住快马前往京城奏事，观察隋文帝的态度，赵什住却趁机告发虞庆则谋反，隋文帝下令有关部门调查核实。十二月壬子日，虞庆则因罪被处死，赵什住被任命为柱国。
高丽王高汤听说陈朝灭亡，非常恐惧，于是整训军队、囤积粮食，制定抵御隋朝的策略。这一年，隋文帝赐给高汤玺书，指责他“虽然名义上归附隋朝，但忠诚的气节还不够”，并且说：“你所在的高丽，虽然地狭人少，但若现在废黜你的王位，不能让这个职位空缺，最终还是要另选官员，到那里安抚百姓。你若能洗心革面、改变行为，遵守隋朝的法令，就是我的良臣，何必劳烦我另外派遣贤才！你认为辽水宽广，能比得上长江吗？高丽的人口，能比得过陈朝吗？我若不是心存包容，追究你过去的过失，只派一位将军出征，又何需动用太多兵力！我恳切地告知你，是允许你改过自新啊。”高汤收到玺书后，十分惶恐，准备上表谢罪。恰逢他病逝，儿子高元继位，隋文帝派遣使者任命高元为上开府仪同三司，承袭辽东公的爵位。高元上表谢恩，并请求封王，隋文帝同意了。
吐谷浑发生大乱，国人杀死世伏可汗，拥立他的弟弟伏允为可汗。伏允派遣使者向隋朝陈述废立可汗的事情，承认擅自废立的罪过，并请求依照吐谷浑习俗娶隋朝公主；隋文帝同意了。从此，吐谷浑每年都向隋朝朝贡。
开皇十八年（戊午年，公元598年）
春季二月甲辰日，隋文帝前往仁寿宫。
高丽王高元率领靺鞨部众一万多人侵犯辽西，营州总管韦冲击退了他们。隋文帝听说后大怒，乙巳日，任命汉王杨谅、王世积同为行军元帅，率领水陆大军三十万讨伐高丽，任命尚书左仆射高颎为汉王长史，周罗睺为水军总管。
延州刺史独孤陀有个婢女叫徐阿尼，信奉猫鬼，能驱使猫鬼杀人，据说每次杀人后，死者家中的财物会暗中转移到养猫鬼的人家里。恰逢独孤皇后和杨素的妻子郑氏都生病，医生都说：“这是猫鬼作祟引发的疾病。”隋文帝因独孤陀是独孤皇后的异母弟，独孤陀的妻子是杨素的异母妹，因此怀疑是独孤陀所为。下令高颎等人共同审理此案，查明了全部实情。隋文帝大怒，下令用牛车押解独孤陀夫妇，准备赐死他们。独孤皇后三天没有吃饭，为独孤陀求情说：“独孤陀若有败坏朝政、危害百姓的罪行，我不敢求情；如今他是因我而获罪，我斗胆请求陛下饶他性命。”独孤陀的弟弟、司勋侍郎独孤整到皇宫求情，隋文帝于是免去独孤陀的死罪，将他削除官籍贬为平民，把他的妻子杨氏罚为尼姑。此前，有人控告自己的母亲被猫鬼杀死，隋文帝认为这是妖言妄语，愤怒地赶走了控告者。到这时，隋文帝下诏诛杀被控告养猫鬼的人家。
夏季四月辛亥日，隋文帝下诏：“饲养猫鬼、施行蛊毒、用邪术害人的人家，一律流放到四方边远地区。”
六月丙寅日，隋文帝下诏废黜高丽王高元的官爵。汉王杨谅的军队从临渝关出发，恰逢雨季，粮草运输跟不上，军中缺粮，又遭遇瘟疫。周罗睺从东莱渡海前往平壤城，也遭遇大风，很多船只沉没。秋季九月己丑日，隋朝大军返回，死亡的士兵占了十分之八九。高丽王高元也很惶恐，派遣使者谢罪，上表自称“辽东粪土臣高元”，隋文帝于是停止用兵，对待高元像以前一样。
百济王余昌派遣使者上表，请求担任隋朝讨伐高丽的向导，隋文帝下诏告知他“高丽已经服罪，我已赦免了他们，不能再讨伐了”，并厚待百济使者后遣送回国。高丽得知此事后，派兵侵犯百济边境。
辛卯日，隋文帝从仁寿宫返回京城。
冬季十一月癸未日，隋文帝在南郊举行祭天典礼。
十二月，隋朝从京城到仁寿宫，设置了十二所行宫。
南宁夷人爨玩再次反叛。蜀王杨秀上奏说“史万岁接受贿赂、放走叛贼，导致边境又生祸患”。隋文帝斥责史万岁，史万岁极力辩解、拒不认错；隋文帝大怒，下令将他斩首。高颎和左卫大将军元旻等人坚决求情说：“史万岁雄才大略超过常人，将士们都愿意为他效力，即使是古代名将，也比不上他。”隋文帝的怒气稍有缓解，于是将史万岁削除官籍贬为平民。
开皇十九年（己未年，公元599年）
春季正月癸酉日，隋文帝大赦天下。二月甲寅日，隋文帝前往仁寿宫。
突厥突利可汗通过长孙晟上奏，说都蓝可汗正在制造攻城器械，准备攻打大同城。隋文帝下诏任命汉王杨谅为元帅，尚书左仆射高颎从朔州道出兵，右仆射杨素从灵州道出兵，上柱国燕荣从幽州道出兵，攻打都蓝可汗，军队都受汉王杨谅调度；但汉王最终没有亲临战场。
都蓝可汗听说隋朝出兵，与达头可汗结盟，联合兵力突袭突利可汗，在长城下展开大战，突利可汗大败。都蓝可汗杀死突利的兄弟子侄，然后渡过黄河进入蔚州。突利可汗的部落溃散逃亡，夜里，突利和长孙晟率领五名骑兵向南逃跑，到天亮时，已行进一百多里，收编了几百名骑兵。突利和他的部众商议说：“现在兵败后入朝，只能算是一个投降的人，大隋天子怎么会礼遇我呢！玷厥（达头可汗的名字）虽然来攻打我，但我们原本没有冤仇，若去投奔他，他一定会收留帮助我们。”长孙晟得知后，秘密派遣使者进入伏远镇，下令迅速点燃烽火。突利看到四处烽火同时燃起，问长孙晟原因，长孙晟欺骗他说：“伏远镇城墙高、地势开阔，一定是远远看到贼兵来了。我国的制度是，若贼兵人少，点燃两堆烽火；贼兵人多，点燃三堆；贼兵逼近，点燃四堆。他们这是看到贼兵又多又近啊。”突利非常恐惧，对部众说：“追兵已经逼近，暂且先去伏远镇投靠吧。”进入伏远镇后，长孙晟留下突利的高官执室统领他的部众，自己带着突利乘驿马入朝。夏季四月丁酉日，突利到达长安。隋文帝十分高兴，任命长孙晟为左勋卫骠骑将军，持节监护突厥。
隋文帝让突利可汗与都蓝可汗的使者因头特勒相互对质辩论，突利的言辞有理有据，隋文帝于是厚待他。都蓝可汗的弟弟都速六抛弃妻子儿女，与突利一同归降隋朝，隋文帝嘉奖他，让突利多送他珍宝来安抚他。
高颎派遣上柱国赵仲卿率领三千士兵担任前锋，抵达族蠡山，与突厥军队遭遇，交战七天，大败突厥；追击到乞伏泊，再次击败突厥，俘获一千多人，各种牲畜数以万计。突厥又大规模出兵前来，赵仲卿布下方阵，四面抵抗，共坚守了五天。恰逢高颎率领大军赶到，两军合力夹击，突厥军队战败逃跑，高颎等人追击越过白道，翻过秦山七百多里后返回。杨素的军队与达头可汗遭遇。此前，将领们与突厥交战，担心突厥骑兵冲锋，都用战车、步兵和骑兵相互配合，布置鹿角（防御工事）构成方阵，骑兵在方阵内部。杨素说：“这只是自我保全的方法，不足以取胜。”于是完全废除旧战术，命令各军布下骑兵阵。达头可汗听说后，大喜说：“这是上天赐予我的机会！”下马仰天跪拜，率领十几万骑兵直冲隋军。上仪同三司周罗睺说：“贼兵的阵势还没摆好，请允许我率军攻击他们。”于是率先率领精锐骑兵迎战，杨素率领大军随后跟进，突厥军队大败，达头可汗受重伤逃跑，隋军杀死和杀伤的突厥士兵不计其数，突厥部众号哭着逃走。
六月丁酉日，隋文帝任命豫章王杨暕为内史令。
宜阳公王世积担任凉州总管时，他的亲信安定人皇甫孝谐犯罪，官吏追捕他，皇甫孝谐逃到王世积那里，王世积没有收留他。皇甫孝谐被发配到桂州戍边，于是上书告发王世积谋反，说“王世积曾让道士为他看相，问自己是否会富贵，道士回答说：‘您会成为国主，还会前往凉州任职。’王世积的亲信对他说：‘河西是天下精兵聚集的地方，可以图谋大事。’王世积说：‘凉州土地辽阔、人口稀少，不是用兵的地方。’”王世积因罪被处死，皇甫孝谐被任命为上大将军。
独孤皇后生性嫉妒，后宫嫔妃没有人敢侍奉隋文帝。尉迟迥的孙女容貌美丽，此前被没入宫中。隋文帝在仁寿宫见到她后十分喜爱，于是宠幸了她。独孤皇后趁隋文帝上朝的机会，暗中杀死了她。隋文帝因此大怒，独自骑马从皇宫园林中逃出，不走正路，进入山谷二十多里。高颎、杨素等人追上隋文帝，拉住马缰绳苦苦劝谏。隋文帝叹息说：“我贵为天子，却不能自由！”高颎说：“陛下怎能因为一个妇人而轻视天下！”隋文帝的怒气稍有缓解，停马伫立了很久，直到半夜才返回皇宫。独孤皇后在宫殿内等候，隋文帝回来后，她流着泪跪拜请罪，高颎、杨素等人从中调解，于是摆酒设宴，君臣妃后尽欢。此前，独孤皇后因高颎的父亲曾是她家的门客，对高颎十分亲近礼遇，到这时，听说高颎称自己为“一个妇人”，于是心怀怨恨。
当时太子杨勇失去隋文帝的宠爱，隋文帝暗中有废黜太子的想法，他从容地对高颎说：“有神仙告知晋王妃，说晋王一定会拥有天下，该怎么办呢？”高颎长跪不起，说：“长幼有序，太子怎么能废黜呢！”隋文帝沉默不语，暂时打消了废太子的念头。独孤皇后知道高颎不会改变立场，暗中想除掉他。
恰逢隋文帝下令挑选东宫的卫士编入皇宫宿卫，高颎上奏说：“如果把东宫的强壮卫士都选走，恐怕东宫的宿卫力量就太薄弱了。”隋文帝脸色一变，说：“我有时出入皇宫，宿卫需要勇猛刚毅的人。太子在东宫修养德行，身边何须强壮卫士！这是严重的弊端。按我的意思，应在卫士轮班交接的日子，分配一部分到东宫，皇宫和东宫的宿卫队伍不加以区别，难道不是好事！我清楚地看到前代的教训，你不必再沿袭旧俗。”高颎的儿子高表仁娶了太子的女儿，因此隋文帝用这番话防备高颎。
高颎的妻子去世，独孤皇后对隋文帝说：“高仆射年纪大了，又失去妻子，陛下怎能不为他再娶一位妻子呢！”隋文帝把独孤皇后的话告诉高颎。高颎流着泪辞谢说：“我现在已经年老，退朝后只愿在家斋戒读佛经罢了。即使陛下深切关怀我，娶妻子的事，也不是我的愿望。”隋文帝于是不再提此事。不久后，高颎的爱妾生下一个儿子，隋文帝听说后非常高兴，独孤皇后却很不高兴。隋文帝问她原因，独孤皇后说：“陛下还相信高颎吗？起初，陛下想为高颎娶妻子，高颎心里却想着爱妾，当面欺骗陛下。现在他的欺诈行为已经暴露，怎么能再相信他！”隋文帝从此疏远了高颎。
隋朝讨伐高丽的战役，高颎曾坚决劝谏，隋文帝没有听从，等到大军无功而返，独孤皇后对隋文帝说：“高颎起初就不愿意出征，陛下强行派遣他，我原本就知道他会无功而返！”此外，隋文帝因汉王杨谅年轻，把军事大权都交给高颎，高颎因身负重任，凡事都以国家为重，没有避嫌的想法，杨谅的建议大多不被采纳。杨谅因此对高颎心怀怨恨，返回京城后，哭着对独孤皇后说：“我差点被高颎杀死。”隋文帝听说后，对高颎更加不满。
等到高颎攻打突厥时，率军出白道后，计划进一步深入沙漠，于是派遣使者请求增兵，隋文帝身边的大臣趁机说高颎想谋反。隋文帝还没有回应，高颎已经击败突厥返回。后来王世积被处死，调查时发现一些宫禁中的事情，据说从高颎那里得知，隋文帝大为震惊。有关部门又上奏说“高颎和左右卫大将军元旻、元胄都与王世积有交往，接受过王世积赠送的名马”。元旻、元胄因此被免去官职。上柱国贺若弼、吴州总管宇文弼、刑部尚书薛胄、民部尚书斛律孝卿、兵部尚书柳述等人证明高颎无罪，隋文帝更加愤怒，把他们都交给有关部门治罪，从此朝臣中没有人再敢为高颎说话。秋季八月癸卯日，高颎因罪被免去上柱国、左仆射的职务，以齐公的爵位回到府第。
不久后，隋文帝前往秦王杨俊的府第，召高颎陪同宴饮。高颎感慨叹息，悲伤得不能自已，独孤皇后也对着他流泪。隋文帝对高颎说：“我没有辜负你，是你自己辜负了自己。”接着对侍从大臣说：“我对高颎，比对儿子还好，即使有时不见面，也总觉得他就在眼前。自从他被免职后，我就彻底把他忘了，好像原本就没有高颎这个人。臣子不能用自身的功绩要挟君主，自称是天下第一啊。”
不久后，高颎封国的国令上报高颎的隐秘之事，称高颎的儿子高表仁对高颎说：“司马懿当初假装生病不上朝，最终夺取了天下。您现在遇到这样的处境，怎知不是福气呢！”隋文帝大怒，将高颎囚禁在内史省审问。司法部门又上奏，称僧人真觉曾对高颎说：“明年国家会有大丧事。”尼姑令晖也说：“开皇十七年、十八年，皇帝会有大灾厄，十九年恐怕熬不过去。”隋文帝听后更加愤怒，对群臣说：“帝王之位难道能靠努力争夺来吗！孔子凭借大圣之才，尚且不能得到天下。高颎和他儿子的对话，把自己比作司马懿（晋朝的实际开创者），这是什么居心！”有关部门请求将高颎斩首。隋文帝说：“去年杀了虞庆则，今年又斩了王世积，要是再杀高颎，天下人会怎么评价我！”于是将高颎削除官籍，贬为平民。
高颎当初担任仆射时，他的母亲告诫他说：“你富贵已经到了极点，接下来只会有掉脑袋的灾祸，你一定要谨慎啊！”高颎因此常常担心发生灾祸。到这时，他却坦然自若，没有怨恨的神色。此前，国子祭酒元善对隋文帝说：“杨素粗鲁草率，苏威胆小怯懦，元胄、元旻就像鸭子一样平庸无能。能把国家托付给他的人，只有高颎。”隋文帝起初同意他的说法。等到高颎获罪，隋文帝严厉斥责元善，元善又担忧又恐惧，最终去世。
九月，隋文帝任命太常卿牛弘为吏部尚书。牛弘选拔官员时，优先考虑德行，其次才是文才，办事力求谨慎，虽然导致选拔过程有些迟缓，但他所提拔任用的人，大多称职。吏部侍郎高孝基善于鉴别人才，聪慧机敏，清廉谨慎无人能比，但他性格爽朗俊逸，举止看似轻薄，当时的宰相大多因此对他有所怀疑；只有牛弘深知他的真实才能，推心置腹信任他、托付重任。隋朝选拔人才的成效，在这时达到最好，当时的舆论越发佩服牛弘见识和气度的深远。
冬季十月甲午日，隋文帝封突厥突利可汗为“意利珍豆启民可汗”，汉语意思是“意志聪慧、身体强健”。突厥部落中归附启民可汗的男女有一万多人，隋文帝命令长孙晟率领五万人在朔州修筑大利城，让启民可汗的部众居住。当时安义公主已经去世，隋文帝又派长孙晟持节护送宗室女子义成公主，嫁给启民可汗。
长孙晟上奏说：“染干（启民可汗）的部落，归附的人越来越多，虽然居住在长城以内，但仍遭到雍虞闾（都蓝可汗）的劫掠，无法安宁生活。请求将他们迁徙到五原地区，以黄河为屏障，在夏州、胜州之间，东西到黄河岸边，南北宽四百里的区域，挖掘横向壕沟，让他们居住在里面，使他们能随意放牧牲畜。”隋文帝听从了他的建议。
隋文帝又命令上柱国赵仲卿率领两万士兵，为启民可汗防备达头可汗，任命代州总管韩洪等人率领一万步兵、骑兵镇守恒安。达头可汗率领十万骑兵前来侵犯，韩洪的军队大败，赵仲卿从乐宁镇出兵截击达头可汗，斩杀俘虏一千多人。
隋文帝派遣越公杨素从灵州出兵，行军总管韩僧寿从庆州出兵，太平公史万岁从燕州出兵，大将军武威人姚辩从河州出兵，共同攻打都蓝可汗。军队还没出塞，十二月乙未日，都蓝可汗被部下杀死，达头可汗自立为步迦可汗，突厥国内大乱。长孙晟对隋文帝说：“现在官军已逼近突厥边境，多次作战都有战功，突厥内部离心离德，他们的可汗又被杀死，趁此机会招抚，可以让突厥全部归降。请求派染干的部下分路招抚慰问。”隋文帝听从了他的建议，前来归降的突厥人非常多。